, anche chiamata comunemente Digimon 02, è la continuazione diretta della serie precedente e si svolge tre anni dopo la fine di quest'ultima. Con la maggior parte dei personaggi principali ormai alle scuole medie, Digiworld è ora in teoria un luogo sicuro ed in pace. Tuttavia, un nuovo malvagio appare improvvisamente, definendosi l'Imperatore Digimon. Questo nuovo nemico è diverso dai precedenti - è un umano esattamente come i Digiprescelti. L'Imperatore Digimon inizia a schiavizzare qualsiasi Digimon gli capiti a tiro con Anelli del Male e Spirali di Controllo. Inoltre, tramite gli Obelischi di Controllo, impedisce ai Digimon di accedere alla regolare Digievoluzione. Tre nuovi ragazzi vengono quindi scelti per salvare il Mondo Digitale: questi, insieme a TK e Kari, compongono la nuova generazione di Digiprescelti.
Trama Una nuova generazione di bambini prescelti, composta da tre nuovi ragazzi, Davis, Yolei e Cody, e da due della precedente generazione, Kari e TK, riceve un nuovo tipo di Digivice, chiamato D-3, che consente loro di aprire un varco che conduce direttamente a Digiworld da qualsiasi terminale. Inizialmente ricorrono ad un nuovo tipo di Digievoluzione, la Armordigievoluzione, che avviene grazie a speciali oggetti chiamati Digiuova (oggetti ben diversi dalle Digiuova dalle quali nascono Digimon) e consente ai loro Digimon di digievolvere in forme più potenti anche in presenza degli Obelischi di Controllo (i livelli Armor sono ispirati a quelli campione dei Digimon protagonisti della prima serie). In questo modo, dopo numerose battaglie, riescono a fermare i folli piani dell'Imperatore Digimon, la cui vera identità è quella di Ken Ichijouji, grazie anche al sacrificio di Wormmon, il Digimon partner dello stesso Ken.
Dopo la sua sconfitta, gli Obelischi di Controllo perdono il loro potere e Veemon, Hawkmon e Armadillomon imparano finalmente la regolare Digievoluzione. A questo punto Ken, che ha rinnegato i suoi propositi malvagi e si è ricongiunto col suo Digimon partner Wormmon (anche lui in grado di digievolvere), si unisce ai Digiprescelti nella loro battaglia contro due nuovi nemici: la malvagia Arakenimon ed il suo complice Mummymon. Arakenimon dispone di un potere molto particolare: è in grado di trasformare gli Obelischi di Controllo in Digimon artificiali più forti del normale e di assumerne il controllo per scopi malvagi. Per combattere quindi questa nuova minaccia, la squadra acquisisce la tecnica della DNAdigievoluzione, che consente ai loro Digimon di fondersi tra loro in coppie per acquisire un maggiore potere.
Quando poi la battaglia si sposta nel mondo reale, si scopre che i due Digimon malvagi lavorano in realtà per un umano: Yukio Oikawa. Oikawa riesce ad estrarre il Seme delle Tenebre dal corpo di Ken e ad impiantarlo in altri bambini che desiderano la grandezza che lo stesso Ken, nei panni dell'Imperatore Digimon, aveva ottenuto grazie al Seme: all'interno di ogni bambino infettato si formano dei fiori tramite i quali viene raccolta e convogliata l'energia altrove. I Digiprescelti riescono però a questo punto a confrontarsi con Oikawa e scoprono che questi è un uomo solo, il cui unico amico era Hiroki Hida, il padre di Cody. Quando erano ragazzi, Hiroki e Yukio erano infatti soliti giocare ai videogiochi, vennero a conoscenza dell'esistenza di Digiworld, ne rimasero affascinati ed ossessionati e pertanto si promisero di trovare il modo per andarci: purtroppo però, Hiroki morì prima che potessero realizzare il loro sogno e questo causò in Oikawa un'immensa tristezza.
Alla fine, un'entità fuoriesce dal corpo di Oikawa, rivelandosi il solo e unico vero artefice di tutte le malvagità: Myotismon, già sconfitto dai bambini prescelti della precedente generazione ed ora rinato come MaloMyotismon. Lo scontro finale termina solo grazie all'aiuto di tutti i Digiprescelti del mondo e dei bambini infettati dal Seme del Male, che usando la luce che esiste dentro ognuno di loro ed i loro desideri per far tornare il mondo digitale nuovamente un posto pacifico riescono ad allontanare per sempre le tenebre.
La serie termina con l'incontro a Digiworld dei Digiprescelti di Adventure 01 e Adventure 02 a distanza di tanti anni, che ormai sono diventati adulti e genitori di bambini dotati ciascuno di un proprio Digimon partner.
Digiworld
In questa serie di Digimon viene rivelato che l'iterazione di Digiworld con il mondo reale scorre parallela con altre due "dimensioni": una è un mondo caleidoscopico di colori e forme, composto di un'energia capace di trasformare i pensieri in realtà, mentre l'altra è un oscuro ed inquietante mondo del male, caratterizzato dal suo oscuro ed enorme oceano, chiamato appunto il Mare Oscuro, che in teoria sembra essere in grado di trasformare in realtà i pensieri negativi degli esseri che lo vivono. Tre anni dopo gli eventi di Digimon Adventure, Yukio Oikawa, un umano venuto a conoscenza di Digiworld quando era un ragazzo, aveva compiuto diversi tentativi di accedervi per vivere lì i suoi sogni d'infanzia irrealizzati. Non era però a conoscenza di essere posseduto dallo spirito di Myotismon, che ne manipolava le azioni. Oikawa creò quindi Arakenimon e Mummymon e li spedì a Digiworld, dove i due manipolarono il giovane Ken Ichijouji, trasformandolo nell'Imperatore Digimon. Come Imperatore, Ken iniziò ad erigere gli Obelischi di Controllo - il cui design proveniva dall'enigmatico Mondo delle Tenebre e che era stato apparentemente impiantato nella testa di Ken, o nel Seme delle Tenebre già all'interno di Ken - per tutto Digiworld. Gli Obelischi iniziarono ad interferire con il tessuto della realtà, creando distorsioni spaziali ed indebolendo le barriere dimensionali. Oikawa sperava di poter usare questi disturbi per entrare a Digiworld, ma le azioni dei nuovi Digiprescelti, che iniziarono a distruggere gli Obelischi di Controllo, prevennero che ciò potesse accadere. Successivamente, Arakenimon e Mummymon crearono BlackWarGreymon, che iniziò a distruggere le potenti Pietre Sacre, cosa che finì di distruggere il sottile equilibrio su cui Digiworld pareva essersi assestato. Tuttavia, i Bambini Prescelti furono in grado di liberare Azulongmon dalla prigione in cui i Padroni delle Tenebre lo avevano rinchiuso anni prima, il quale riuscì ad impedire a BlackWarGreymon di distruggere l'ultima Pietra.
Il piano finale di Oikawa di entrare a Digiworld prevedeva che Arakenimon aprisse tutti i varchi digitali, permettendo ai Digimon selvaggi di arrivare sulla Terra, il che costrinse i Digiprescelti a viaggiare per il mondo per circoscrivere la catastrofe (questo perché gli unici che potevano aprire varchi digitali a piacimento erano i sei Digiprescelti della nuova generazione). Tuttavia, i bambini prescelti non sapevano che tutto ciò costituisse solo un'esca. Approfittando dell'assenza dei Digiprescelti dal Giappone, infatti, Arakenimon e Mummymon iniziarono a rapire bambini. Quando i bambini prescelti fecero ritorno, scoprirono che Demon ed i suoi tirapiedi MarineDevimon, LadyDevimon e SkullSatamon erano venuti sulla Terra alla ricerca di Ken e del Seme delle Tenebre che si annidava in lui, ma Oikawa riuscì a copiare per primo il Seme, prima che Demon potesse metterci le mani. Demon fu respinto dai Digiprescelti nel Mare Oscuro di Dragomon mentre Oikawa era impegnato ad impiantare i Semi nei bambini rapiti. La sua speranza era che i Semi convertissero l'innocenza dei bambini (che permette loro di entrare a Digiworld usando questa energia), in modo da permettergli di attraversare la barriera dimensionale. Tuttavia, Myotismon aveva altri piani e portò Oikawa in un'altra dimensione, un mondo di sogni ed incubi, dove finalmente lasciò il corpo del suo ospite ed iniziò a convogliare il potere dei Semi in sé stesso, diventando così MaloMyotismon. Dopo la sconfitta di MaloMyotismon, Oikawa usò la dimensione dei sogni per realizzare il suo desiderio: il suo corpo fu trasformato in energia nella forma di uno stormo di farfalle, che si dispersero per Digiworld, riportando la pace e l'armonia.
Il finale rivela il destino di ognuno dei personaggi quando questi si rivedono venticinque anni dopo la sconfitta di MaloMyotismon per permettere ai loro figli di giocare insieme.
TK TK è un romanziere che aveva deciso di scrivere un romanzo su tutte le avventure vissute da lui riguardanti i Digimon. Si scopre che la voce del narratore che aveva accompagnato le avventure dei Digiprescelti in Digimon Adventure e Adventure 02 era sempre stata la sua. È lui infatti a raccontare le avventure dei bambini prescelti ed ha un figlio il cui Digimon partner è un Tokomon.
Tai Tai e Agumon si diplomarono in relazioni tra il mondo reale e quello digitale. Ha un figlio il cui Digimon partner è un Koromon.
Matt e Sora Matt decise di non proseguire la sua carriera musicale e divenne invece un astronauta. Lui e Gabumon sono stati la prima coppia umano-Digimon ad andare nello spazio. Sora e Biyomon sono diventate delle stiliste specializzate in kimono. Hanno una figlia il cui partner è Yokomon ed un figlio il cui partner è Tsunomon.
Joe Joe è diventato un dottore e lavora a Digiworld. Ha un figlio il cui Digimon partner è un Bukamon.
Mimi Mimi e Palmon hanno un loro programma televisivo dedicato alla cucina. Mimi ha un figlio il cui partner è un Tanemon.
Izzy Izzy e Tentomon sono ricercatori di Digiworld. Ha una figlia il cui partner è un Motimon.
Kari Kari ha realizzato il suo sogno di diventare una maestra dell'asilo con Gatomon. Kari ha un figlio con un fischietto intorno al collo come Kari da piccola e il cui partner è Salamon.
Yolei e Ken Yolei e Ken sono sposati e hanno tre figli. Yolei fa la casalinga, Ken è un agente di polizia.
Cody Cody è un avvocato difensore. Cody ha una figlia.
Davis Davis ha messo la testa a posto ed ha avviato una linea di chioschi di spaghetti giapponesi, ed ha ottenuto un grande successo. Ha un figlio che ha ereditato gli occhiali di Tai, rendendolo quindi il nuovo leader dei Digiprescelti, ed il suo Digimon partner è un DemiVeemon.
Digiuova
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