Era allievo di Joseph Jules Dejerine e lavorò con Georges Guillain e Charles Foix. Ha scritto prolificamente di molti argomenti, ed era interessato specialmente all'afasìa.
Grande studioso e bibliofilo entusiasta, Alajouanine privilegiò le relazioni con gli scrittori famosi, durante la sua carriera di neurologo. La biografia e le opere di Dostoievski gli consentirono di conoscere la patologia dell'epilessia.
Eponimi associati Malattia di Foix-Alajouanine: rara patologia del midollo spinale, caratterizzata dal rammollimento della materia grigia con sclerosi obliterativa dei piccoli vasi che alimentano il midollo. Sindrome di Marie-Foix-Alajouanine: atassia cerebellare dell'età avanzata, dovuta frequentemente all'abuso di alcool.
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