Biografia Allievo prediletto. di Michelangelo Schipa, Pontieri fu professore di storia medievale e moderna presso l'Università Federico II di Napoli. Oltre che come fine storicoArmando Saitta, Momenti e figure della civiltà europea, Edizioni di Storia e Letteratura, 1997 ISBN 978-88-87114-07-2, pp. 357-361, è ricordato anche per l'impegno profuso nei nove anni in cui fu Rettore dell'ateneo federiciano: dal 1950 al 1959 «realizzò uno dei più importanti e incisivi programmi nella storia moderna dell'ateneo napoletano». incidendo sull'adeguamento edilizio e strutturale e rendendosi protagonista della rivitalizzazione anche morale dell'università federiciana., attraverso investimenti che incisero profondamente sull'edilizia e sulle dotazioni strumentali, facendo leva sulla rivitalizzazione morale della struttura. Egli ricercò e promosse la collaborazione della popolazione studentesca, a cui egli riconosceva una acuita sensibilità nei confronti del «travaglio economico-sociale» derivante dalla mutata estrazione sociale, non più esclusivamente «medio e alto borghese», e dalla provenienza geografica fattasi più dispersa, tanto da toccare ormai, ampiamente, tutte le province del meridione d'Italia..
Attività accademica Attività didattica La sua immissione in ruolo, negli anni trenta, avvenne in parallelo all'ingresso di altre figure prestigiose tra le quali Ettore Majorana, Renato Caccioppoli, Corrado Barbagallo, Giulio Andreoli, in una stagione che vide consolidarsi, nell'ateneo napoletano, un'élite intellettuale di stampo liberale, che trovava in Benedetto Croce la figura di riferimento più prestigiosa e riconoscibile..
Tra i suoi allievi vi fu Giuseppe Galasso, che gli succedette nella cattedra all'Università di Napoli dalla Repubblica, sez. Napoli, 27 maggio 2007 e che, all’indomani della sua morte, avvenuta a Roma nel 1980, in un discorso commemorativo, così volle evidenziare la sua peculiarità: “Cresciuto in una prospettiva culturale ancora dominata dal pragmatismo e dall’erudizione delle scuole positivistiche, egli ne trasse una schietta adesione al concetto che la storia sia ricerca della verità, indagine scrupolosa per accertare i detti, i fatti, la mente degli uomini del passato; e sentì sempre con grande immediatezza il legame del presente col passato, la pietas storica che spinge a ravvisare nella tradizione e nelle loro vicende un momento insopprimibile della verità, al di sopra di tutto quanto è più contingente”Senatore Giovanna, Ernesto Pontieri: il rigore metodologico di uno storico, Roma: Drengo, Rivista di Storia e Cultura del Mediterraneo: 1, 2, 2012, p. 57..
Gli anni del rettorato a Napoli (1950-1959) e L'Aquila (1967-1972) Oltre che per le doti di studioso, viene ricordato per le capacità organizzative messe in campo nel periodo del rettorato, quando, nei tre mandati succedutisi consecutivamente dal 1950 al 1959, «realizzò uno dei più importanti e incisivi programmi nella storia moderna dell'ateneo napoletano» promuovendo la costruzione di nuove strutture edilizie e la ristrutturazione delle preesistenti, con ammodernamento di attrezzature, laboratori e biblioteche, perseguendo la «rivitalizzazione delle condizioni morali ed economiche» ricercando la «attiva e fattiva collaborazione degli studenti».
Successivamente Pontieri fu anche rettore dell'Università degli Studi dell'Aquila succedendo nel 1967 al deceduto Vincenzo Rivera.
Ricerca storica Come storico, il suo campo di elezione fu la storia medievale e moderna, con particolare attenzione al sorgere e al susseguirsi delle potenze normanne e sveve, alla dominazione aragonese, alla congiura dei baroni, ai conflitti e ai movimenti di religione, all'epoca della Riforma protestante e della Controriforma, con significative attenzioni al Settecento e all'Ottocento borbonico pre-risorgimentale, alle gesta rivoluzionarie del 1799, fino ai significativi contributi spazianti dalle vicende risorgimentali e post-risorgimentali, all'età contemporanea.
Il volume del 1948, Tra i Normanni nell'Italia meridionale, riedito nel 1964 dopo che la prima edizione andò subito esauritaArmando Saitta, Momenti e figure della civiltà europea, Edizioni di Storia e Letteratura, 1997 ISBN 978-88-87114-07-2, p. 357, stimolò l'interesse per la storia del meridione d'Italia prima e durante la dominazione normanna, un filone trascurato su cui iniziò a convergere l'interesse della storiografia europea.
Un esempio della sua vocazione di storico e della grande padronanza delle fonti è il saggio aggiunto alla seconda edizione del 1964 La madre di re Ruggero: Adelaide del Vasto contessa di Sicilia, regina di Gerusalemme (?-1118)Inizialmente pubblicato in Atti del Convegno Internazionale di Studi Ruggeriani. VIII centenario della morte di Ruggero (Palermo, 21-25 aprile 1954), vol. II, Società Siciliana di Storia Patria, Boccone del Povero, Palermo, 1955, pp. 327-432. in cui la «finezza d'interpretazione psicologica»Armando Saitta, Momenti e figure della civiltà europea, Edizioni di Storia e Letteratura, 1997 ISBN 978-88-87114-07-2, p. 360 dello storico, rafforzata da «scrupolosa erudizione e grande sagacia ermeneutica», fa emergere, in maniera «eccellentemente provata», la statura di donna di stato della reggente Adelaide.
In Ernesto Pontieri, anche gli elementi storici più disparati, e perfino i dati più aridi e settoriali, si compongono sempre attorno a «grossi nessi problematici»Armando Saitta, Momenti e figure della civiltà europea, Edizioni di Storia e Letteratura, 1997 ISBN 978-88-87114-07-2, p. 358, in una «sintesi vigorosa e illuminante» com'è il caso, ad esempio, del volume La Calabria a metà del secolo XV e le rivolte di Antonio Centelles, definito dal Saitta un «vero gioiello unitario».
Affiliazioni e cariche Fin dalla fondazione, per tutti gli anni della presidenza di Benedetto Croce, e fino alla morte nel 1980,Marta Herling, , nota 55, in Marta Herling (a cura di), L'istituto Italiano per gli Studi Storici nei suoi primi cinquant'anni. 1946-1996. fu tra i membri del consiglio direttivo dell'Istituto italiano per gli studi storici, insieme agli altri uomini del «sodalizio» crocianoGiovanni Pugliese Carratelli, , in Marta Herling (a cura di), L'istituto Italiano per gli Studi Storici nei suoi primi cinquant'anni. 1946-1996.: Alessandro Casati, Luigi Einaudi, Luigi Russo, Alda Croce, Arnaldo Momigliano, Dante Petaccia, Raffaele Mattioli e Donato Menichella. dell'Istituto italiano per gli studi storici.
Fu presidente della Società napoletana di storia patria, e, a più riprese, presidente dell'Accademia Pontaniana dell'Accademia Pontaniana, dal sito ufficiale.. Fu socio nazionale dell'Accademia dei Lincei.
Ha presieduto il comitato direttivo della Storia Universale, edita per Vallardi e quello della Storia di Napoli, di cui fecero parte Salvatore Battaglia, Giovanni Cassandro, Epicarmo Corbino, Roberto Pane.
Nel 1976 la Fondazione Adone Zoli gli ha consegnato la Targa Coerenza per l'impegno di una vita per la cultura.
Fondo Pontieri All'inizio degli anni settanta, Pontieri fece dono personale del suo patrimonio librario alla Biblioteca nazionale di Napoli: si tratta di un fondo bibliografico composto da «più di diecimila volumi, un considerevole quantitativo di opuscoli, decine di annate delle più importanti riviste storiche italiane, monografie italiane e straniere, numerosi estratti di saggi, codici diplomatici, carteggi, testi antichi, studi di storia locale e un consistente numero di lavori che costituiscono una vera e propria antologia di fonti d'archivio, molte delle quali straniere»Giovanna Senatore, , «InStoria», n. 51 - marzo 2012 (LXXXII).
Opere I "flagellati" di Nocera Terinese, in Rivista Critica di Cultura Calabrese, I, 2 (1921) I primordî della feudalità calabrese, Milano, Albrighi & Segati, 1922 , con appendice, Archivio Storico per le Province Napoletane, 1929 ripubblicato nel 1932 come Il marchese Caracciolo viceré di Sicilia ed il Ministro Acton. Lettere inedite sul governo di Sicilia (1782-1786), Il regno normanno, con prefazione di Francesco Ercole, Messina, 1933 Sul cosiddetto comune di Benevento nel mille, Benevento, 1933 La Riforma in Italia, Napoli, 1939 La Crociata contro i Valdesi di Calabria nel 1561, Tivoli, 1939 La Dinastia aragonese di Napoli e la casa de' Medici di Firenze: dal carteggio familiare, Miccoli 1941-1942 Ricerche sulla crisi della monarchia siciliana nel secolo XIII, Miccoli, 1942 2ª edizione riveduta, Edizioni scientifiche italiane, Napoli, 1950 , Sansoni, Firenze, 1943 (versione scaricabile online) L'equilibrio e la crisi politica italiana nella seconda metà del secolo XV, Libreria scientifica editrice, 1945
2ª edizione riveduta e accresciuta, Napoli, Edizioni scientifiche italiane, 1969. I barbari in Italia; appunti dalle lezioni del corso ufficiale di storia medievale, a.a. 1951-1952, Edizioni scientifiche italiane, 1952 Gli studi universitari nel Mezzogiorno d'Italia, Roma, 1952 Ferdinando il Cattolico e i regni di Napoli e di Sicilia nella storiografia italiana dell'ultimo cinquantennio, 1954 Benedetto Croce e la Società napoletana di storia patria, in Studi in memoria di Benedetto Croce, Napoli, 1955, pp. 3–20 Studi e documenti per la storia della Università degli studi di Napoli, I, L'Arte tipografica, Napoli, 1957 Camillo Porzio storico, Società napoletana di storia patria, 1958 Benevento longobarda e il travaglio politico dell'Italia meridionale nell'alto medioevo, Spoleto, 1959 Le invasioni barbariche e l'Italia del V e VI secolo, Libreria scientifica editrice, 1959-1960 Divagazioni storiche e storiografiche, Libreria scientifica editrice, 1960 , Edizioni scientifiche italiane, Napoli, 1965 - versione online (2ª edizione, 1961; 1ª edizione: Perrella, 1945) I registri della Cancelleria vicereale di Calabria (1422-1453), Napoli, 1961 Le lotte per il predominio in Europa e la fine della "libertà" d'Italia (1494-1530), Edizioni scientifiche italiane, Napoli, 1961 L'età dell'equilibrio politico in Italia (1454-1494), Libreria scientifica editrice, Napoli, 1962 La Basilicata nel risorgimento politico italiano (1700-1870), Potenza, 1962 ristampa anastatica: Arnaldo Forni Editore, Bologna, 1975 La Calabria a metà del secolo XV e le rivolte di Antonio Centelles, F. Fiorentino, Napoli, 1963 Tra i Normanni nell'Italia meridionale, Edizioni scientifiche italiane, Napoli, 1964 (2ª edizione; 1ª edizione: Morano, 1948) (curatore) La congiura de' baroni del Regno di Napoli contra il re Ferdinando primo, e gli altri scritti di Camillo Porzio, Edizioni scientifiche italiane, 1964 I movimenti religiosi del secolo XVI e l'Italia, Napoli, 1965 Nei tempi grigi della storia d'Italia. Saggi storici sul periodo del predominio straniero in Italia, Edizioni scientifiche italiane, Napoli, 1966 (3ª edizione) Gli ultimi aneliti della indipendenza politica italiana: 1530-1559, Edizioni scientifiche italiane, Napoli, 1966 Sopravvivenze pseudo-ascetiche medievali: i «battenti» di Nocera Terinese, Palermo, 1967 (con Anthony Blunt, Michele Fuiano, Pasquale Guida), Il restauro della chiesa e l'isolamento del campanile del complesso monumentale di S. Maria Maggiore alla Pietrasanta in Napoli: evoluzioni, involuzioni ed iscrizioni del tempio, Giannini, 1969 Venezia e il conflitto tra Innocenzo VIII e Ferrante d'Aragona, Società napoletana di storia patria, 1969 ISBN 978-88-8044-018-5 Federico II di Hohenstaufen e i suoi tempi, Napoli, 1970 Un arcivescovo riformatore nella Napoli post-tridentina: il cardinale Paolo Burali d'Arezzo (1576-1578), Napoli, 1971 I normanni nell'Italia meridionale, Libreria scientifica editrice, 1971 Divagazioni storiche e storiografiche. Libreria scientifica editrice, 1971 (con Ernesto Mazzetti, Roberto Almagià, Rosario La Duca), Cartografia generale del Mezzogiorno e della Sicilia, Edizioni scientifiche italiane, 1972 (con Irma Schiappoli), Napoli aragonese: traffici e attività marinare, Giannini, Napoli, 1972