Studiò filosofia e teologia a Ginevra, poi l'ebreo e il greco a Orléans, presso suo zio materno, che egli difese contro il ministro Jurieu, mettendosi in pericolo presso quelli del suo partito. Per evitare le loro persecuzioni, andò in Inghilterra nel 1686 e fu fatto diacono e sacerdote del vescovo d'Ely.
Successivamente andò in Germania, predicò ad Amburgo e a Danzica, quindi si recò a Parigi e divenne cattolico, abiurando nelle mani di Jacques Bénigne Bossuet il 25 gennaio 1690. Fu cugino di Denis Papin.
Isaac Papin morì a cinquantadue anni e fu seppellito nella chiesa parigina di Saint Benoit, dove si legge il suo epitaffio.
Opere La sua opera principale è il Trattato contro il tollerantismo in materia di religione, la cui edizione migliore fu stampata in tre volumi a Parigi, presso Guerin. Papin scrisse inoltre La Vanité des Sciences ou Réflexions d'un philosophe chrétien sur le véritable bonheur.
Bibliografia Jean Baptiste Ladvocat, Dizionario Storico... , editore Remondini di Venezia Bassano 1795
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