È il primo ed unico pugile portoricano ad aver vinto titoli mondiali in quattro differenti categorie di peso.
Come dilettante, ha rappresentato il proprio paese in vari eventi internazionali, come le olimpiadi di Sydney 2000. Ha iniziato la sua carriera professionistica nel 2001, e l'11 settembre 2004 ha sconfitto Kelson Pinto, diventando campione WBO dei pesi welter jr. Ha difeso la sua corona con successo per 5 incontri, per poi renderla vacante dopo essere passato ai pesi welter. Ha difeso la corona WBA contro Oktay Urkal, Zab Judah, Sugar Shane Mosley e Alfonso Gomez, prima di perdere il suo titolo contro Antonio Margarito.
Il 21 febbraio 2009 ha sconfitto Michael Jennings, conquistando la corona WBO vacante dei pesi welter. Dopo averla difesa contro lo statunitense di origini ghanesi Joshua Clottey, ha perso il suo titolo nel match contro Manny Pacquiao, anch'egli campione, svoltosi il 14 novembre 2009. In seguito al match con Pacquiao, Cotto è passato alla categoria di peso successiva ed ha sconfitto l'israeliano Yuri Foreman il 5 giugno 2010, conquistando così la cintura WBA dei superwelter che ha perso successivamente contro Floyd Mayweather Jr. il 5 maggio 2012. Il 7 giugno 2014 ha sconfitto il campione argentino Sergio Martínez, conquistando i titoli WBC e The Ring dei pesi medi, che ha detenuto sino alla sconfitta con Saúl Álvarez nel 2015.
Tra i maggiori e più apprezzati pugili della sua generazione, è annoverato tra i migliori boxeur portoricani, assieme a figure come Félix Trinidad, Wilfred Benítez, Hector Camacho, Wilfredo Gomez e Carlos Ortiz.
Carriera Carriera da dilettante Gli inizi Da giovane Cotto ha frequentato la palestra di Bairoa a Caguas. Qui ha avuto la possibilità di migliorare come pugile e di diventare uno dei dilettanti più promettenti e bravi. Ha rappresentato il Porto Rico ai giochi di Sydney nel 2000. Dopo essere stato eliminato nelle prime fasi della competizione, ha deciso di passare al mondo dei professionisti.
Come pugile dilettante Cotto ha partecipato a numerosi eventi internazionali. Ha conquistato una medaglia d'argento ai 1998 Junior World Championships, che si sono svolti a Buenos Aires, Argentina, gareggiando nella divisione dei pesi leggeri. Qui ha vinto tre vittorie ai punti: l'ucraino Andrey Kolevin 15-3; il canadese Dana Laframboise 6-1, e il lituano Darius Jasevicius 9-5. Ha subito la sua unica sconfitta ai punti, contro il russo Anton Solopov con il punteggio di 8-9. Nel 1999 Cotto ha preso parte ai Pan American Games, che si sono svolti a Winnipeg. Ha lottato solo una volta, perdendo ai punti contro Dana Laframboise con il punteggio finale di 2-5. Dopo questo evento Miguel ha partecipato ai 1999 World Amateur Boxing Championships a Houston, Texas. Ha perso ai punti il suo unico incontro disputato contro Robertas Nomeikas.
Carriera da professionista Cotto ha fatto il suo debutto contro John Brown, vincendo nettamente ai punti con i seguenti cartellini: 100-89, 100-88 e nuovamente 100-89. Nell'incontro il portoricano ha dimostrato di avere un grande potenziale, stendendo l'avversario nella seconda ripresa e dominando tutto il match.
Nel 2001 Cotto ha subito un pericolosissimo infortunio che ha rischiato di porre fino alla sua carriera da pugile professionista, iniziata appena un anno prima. Mentre stava guidando la sua automobile verso una palestra alle 5 del mattino ha sentito sonno durante la guida, schiantandosi e rompendosi un braccio. Il portoricano è stato portato subito all'ospedale. Dopo l'incidente ha dichiarato di sentire dei dolori alla spalla ogni tanto, ma di non risentire altri danni collaterali.
Il 13 settembre 2003 Cotto ha sconfitto Demetrio Ceballos tramite KO alla 7ª ripresa a Las Vegas, Nevada, in un incontro dove Ceballos ha subito un infortunio a causa delle potenti combinazioni dell'avversario. Nel 7º round Cotto ha dato prova del suo stile di combattimento aggressivo, colpendo il rivale con serie di pugni micidiali che hanno costretto l'arbitro a fermare la gara a 32 secondi dal gong. Con questa vittoria Cotto è stato nominato il numero 1 della sua divisione dalla WBA.
Il suo primo match del 2004 lo ha visto trionfare contro Victoriano Sosa tramite KO alla 4ª ripresa. La settimana prima dell'incontro è stata molto movimentata per Cotto: ha dovuto aspettare 4 ore per i suoi bagagli per arrivare al McCarran International Airport di Las Vegas e ha rischiato di essere "cacciato" via dal Mandalay Bay Hotel (il luogo del match) da una guardia della sicurezza che pensava che il pugile fosse un minorenne non accompagnato.
Il 4 aprile 2004 Cotto ha sconfitto l'ex pretendente al titolo mondiale Lovemore N'dou tramite decisione unanime a Las Vegas. Le prime tre riprese del match sono state combattute in parità, in quanto nessuno dei due pugili è stato in grado di prendere il controllo della gara. Cotto ha dominato il 4º e il 5º round, riuscendo a colpire l'avversario alla testa con serie di efficaci combinazioni. La 7ª e l'8ª ripresa sono state controllate da N'dou, il quale è riuscito a mandare più pugni precisi rispetto all'avversario. Le ultime tre battute dell'incontro hanno visto entrambi i pugili stabilire brevi periodi di controllo della gara. Il verdetto finale ha visto N'dou perdere ai punti con i cartellini 117-111, 116-112 e 115-113.
Il titolo WBO L'11 settembre 2004 Cotto ha affrontato il l'imbattuto brasiliano Kelson Pinto per il titolo vacante WBO dei pesi welters junior. Questo è stato il 3º match tra i due, poiché si erano già affrontati a livelli amatoriali, con Cotto vincitore per due volte.
L'incontro è stato trasmesso dalla HBO da San Juan, Porto Rico. Durante la gara Cotto ha utilizzato una strategia diversa dal suo solito, tenendo la guardia alta e difendendosi, piuttosto che attaccare aggressivamente. Nel corso dell'incontro Miguel è riuscito ad atterrare l'avversario per ben tre volte, riuscendo a conquistare la corona World Boxing Organization dei pesi welters jr. per KO alla 6ª ripresa.
L'11 dicembre 2004 ha difeso con successo il suo titolo sconfiggendo l'ex campione del mondo Randall Bailey per KO alla 6ª ripresa, nell'undercard dello scontro Vitali Klitschko-Danny Williams a Las Vegas. La performance di Cotto è stata descritta come un insieme di velocità ed accuratezza. Durante la gara Bailey ha ricevuto molti colpi sul volto, tanto che gli si sono aperti due tagli sopra e sotto gli occhi. Come risultato le ferite di Bailey sono state subito esaminate dal medico di gara. In seguito Randall ha espresso il suo desiderio di abbandonare l'incontro, così l'arbitro ha deciso di porre fine alla disputa a poco più di 1 minuto dal termine del 6º round. Pochi giorni dopo, il 22 dicembre 2004, la commissione pugilistica portoricana ha nominato Cotto Fighter of the year di Porto Rico, per l'anno corrispondente.
Cotto ha difeso la sua cintura per la seconda volta il 26 febbraio 2005 al Rubén Rodríguez di Bayamón, Porto Rico, contro Demarcus Corley. Durante il match Cotto ha battuto uno stile più aggressivo del solito (la tattica opposta di quella del match con Bailey), scambiando colpi con l'avversario per tutto il corso del 1º round. Nel corso della gara è stato anche detratto un punto ad entrambi i combattenti, per dei low blow (colpi bassi) illegali. Cotto ha atterrato Corley per tre volte, e dopo il 3º KD l'arbitro ha deciso di terminare la contesa, a una decina di secondi dalla fine della 5ª ripresa. Corley ha dichiarato che l'arbitro ha fermato la gara troppo presto e che se avesse voluto farlo avrebbe potuto chiudere la gara mentre stava mettendo in difficoltà l'avversario. Giusto pochi giorni dopo la sua vittoria su Corley, Cotto e il suo amico Joseph Serrano, sono stati colpiti da diversi colpi di arma da fuoco. Cotto è rimasto illeso, mentre Serrano è stato colpito alla testa. Pur essendo riuscito a sopravvivere, Serrano è rimasto in condizioni critiche per un lungo periodo.
L'11 giugno 2005 Cotto ha affrontato l'ultimo uomo che l'ha sconfitto come dilettante, l'ex olimpionico Mohamed Abdullaev dall'Uzbekistan. Come pugili amatoriali, Abdulaev aveva eliminato Miguel dai giochi di Sydney nel 2000. Questa volta si sono incontrati come professionisti al Madison Square Garden di New York. Prima della gara Cotto ha ricevuto un'ovazione dal pubblico, che pareva essere dalla sua parte. Miguel ha iniziato il match sull'offensiva, attaccando l'avversario che in qualche modo ha tentato di difendersi. Alla 4ª ripresa un potente gancio sinistro di Cotto ha colpito Abdullaev, che da lì in seguito si è concentrato maggiormente a colpire l'avversario nel corpo. Ciò ha cambiato la strategia di Cotto che è passato così alla difensiva, mentre Abdullaev tentava di bucare la sua difesa. Dopo l'8º round l'occhio di Abdullaev era quasi totalmente chiuso, a causa dei potenti colpi di Cotto. Nella 9ª ripresa, mentre Cotto si stava concentrando nel colpire la zona già danneggiata del viso del rivale, l'arbitro ha interrotto il match, chiedendo al dottore di controllare l'occhio di Abdullaev. Dopo l'esaminazione il medico ha ordinato all'arbitro di fermare l'incontro, poiché l'occhio del pugile uzbeco era già ridotto male. Ciò ha permesso a Cotto di conservare il suo titolo dei welters jr.
La terza difesa del titolo di Cotto ha preso posto al Boardwalk Hall in Atlantic City, New Jersey, il 24 settembre 2005, contro il colombiano Ricardo Torres. Nel 1º round Miguel è subito passato in vantaggio nei cartellini, stendendo fulmineamente al tappeto Torres. Nella 2ª ripresa tutto il contrario, è stato invece Torres ad atterrare Cotto. Il round è finito con entrambi gli atleti infortunati e in parità. Cotto era apparentemente in migliori condizioni rispetto a Torres, e ciò gli ha permesso di dominare il match dal 3º round in poi. A due minuti dal termine della 4ª ripresa, uno dei pugni di Cotto è finito sotto la cintura dell'avversario. L'arbitro è intervenuto concedendo 30 secondi di recupero a Torres. Cotto ha dominato questo round, mentre Torres il successivo. Alla fine dei conti, però, è stato Cotto a trionfare, con un gancio sinistro al 7º round che ha messo KO il rivale.
Il 4 marzo 2006 Cotto ha difeso il suo titolo WBO dei welters jr. atterrando al tappeto Gianluca Branco, che ha dovuto arrendersi a causa di un infortunio alla spalla all'8º round. L'incontro, tenutosi a Bayamón, Porto Rico, ha visto Miguel dominare la gara con serie di jab, combinazioni e pugni efficaci. In seguito Cotto ha affrontato l'imbattuto Paul Malignaggi il 10 giugno 2006 al Madison Square Garden. Nella 1ª ripresa un colpo di Cotto ha aperto un taglio sopra l'occhio sinistro di Malignaggi, fattore che secondo quest'ultimo lo ha condizionato per tutto l'incontro, impedendogli di vedere correttamente e di reagire ai colpi dell'avversario. Malignaggi ha inoltre detto di rispettare Cotto, ma di essere deluso per la sua prima sconfitta subita in carriera. Cotto ha vinto il match per verdetto unanime con i seguenti cartellini: 116-111 e 115-112. Dopo la gara Malignaggi è stato trasportato al Roosevelt Hospital, a causa di una frattura all'osso orbitale destro e ad un infortunio alla mascella.
I pesi welter