La stagione 1999-2000 dei Minnesota Timberwolves fu l'11ª nella NBA per la franchigia.
I Minnesota Timberwolves arrivarono terzi nella Midwest Division della Western Conference con un record di 50-32. Nei play-off persero al primo turno con i Portland Trail Blazers (3-1).
Roster
Staff tecnico Allenatore: Flip Saunders Vice-allenatori: Greg Ballard, Jerry Sichting, Sidney Lowe
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