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La terza stagione della serie televisiva Smallville è andata in onda sul canale statunitense The WB dal 1º ottobre 2003 al 19 maggio 2004. In Italia è stata trasmessa in prima assoluta da Italia 1 dal 10 aprile al 29 maggio 2005.

Sam Jones III lascia il cast alla fine della stagione.L'antagonista principale è Lionel Luthor.

nºTitolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia1ExileLa nuova vita di Clark1º ottobre 200310 aprile 20052PhoenixInganni e segreti8 ottobre 20033ExtinctionKiller senza volto15 ottobre 200312 aprile 20054SlumberPrigioniera del mio corpo22 ottobre 20035PerryStorie di alieni29 ottobre 200317 aprile 20056RelicL'eterno ritorno5 novembre 20037MagneticMagnetismo12 novembre 200319 aprile 20058ShatteredFrammenti19 novembre 20039AsylumFollia14 gennaio 200424 aprile 200510WhisperSussurro21 gennaio 200411DeleteMessaggi assassini28 gennaio 200426 aprile 200512HereafterVisioni di morte4 febbraio 200413VelocityLa corsa illegale11 febbraio 20041º maggio 200514ObsessionOssessione18 febbraio 200415ResurrectionResurrezione25 febbraio 20048 maggio 200516CrisisLa crisi3 marzo 200417LegacyL'eredità14 aprile 200415 maggio 200518TruthIl siero della verità21 aprile 200419MemoriaRicordi perduti28 aprile 200422 maggio 200520TalismanL'uomo caduto dalle stelle5 maggio 200421ForsakenPartenze12 maggio 200429 maggio 200522CovenantIl patto19 maggio 2004

La nuova vita di Clark Titolo originale: Exile Diretto da: Greg Beeman Scritto da: Alfred Gough e Miles Millar Trama Sono passati tre mesi dalla sua fuga e da allora Clark conduce una vita mondana a Metropolis. Molto spesso, tuttavia, il simbolo sul suo petto gli provoca dei forti dolori, che vengono alleviati solo togliendosi momentaneamente l'anello di kryptonite rossa, probabilmente a causa del fatto che Jor-El disapprova ciò che sta facendo. Clark si mantiene soprattutto compiendo delle rapine e grazie ai suoi poteri viene notato da Morgan Edge, il principale boss del crimine di Metropolis, che gli propone di lavorare con lui. Lex è sopravvissuto alla caduta dell'aeroplano e si trova su un'isola deserta assieme ad un uomo, Louis; a Smallville tutti pensano che sia morto, tanto che si tiene anche il funerale durante cui Lana vede Clark. Lionel, invece, affronta Helen. Quest'ultima appare tranquilla e sicura di sé, ma Lionel l'accusa di aver ucciso Lex e che gliela farà pagare. Chloe, che già da tempo ha rintracciato Clark, gli chiede di tornare dati i problemi dei suoi genitori e di Lana, ma il ragazzo la allontana in malo modo. Lana si fa dare l'indirizzo di Clark e lo raggiunge; successivamente informa i Kent dove possono trovare Clark, il quale la allontana, dopodiché accetta l'offerta di Edge, che gli commissiona una rapina alla LuthorCorp. Lex inizia a combattere con Louis, il quale vuole ucciderlo, e sembra prevalere, quando un pescatore lo raggiunge dopo che il suo capitano ha notato il fuoco acceso dal giovane Luthor di notte. Lex si rende a quel punto conto che Louis non è mai esistito, frutto di allucinazioni dovute alla malaria. Jonathan va alle caverne con la chiave e Jor-El comunica con lui. Jor-El dice che il destino di Clark è troppo grande per l'umana comprensione e che questa fase fosse solo una prima prova per il suo viaggio, ma che per ora potrà tornare dai Kent senza problemi. Tuttavia Jor-El non ha il potere fisico di riportarlo indietro, perciò Jonathan stringe un patto con lui per poterlo fare. Jonathan lo ritrova mentre Clark stava compiendo la rapina per Edge e comincia a battersi con lui, mostrando gli stessi poteri del figlio, Clark nello scontro ha la meglio, ma Jonathan gli ricorda che non è un assassino, il ragazzo, sferrargli un pugno, distrugge l'anello: l'uomo perde i suoi poteri e il simbolo sul petto del ragazzo svanisce.

Special guest star: Rutger Hauer (Morgan Edge) Altri interpreti: Emmanuelle Vaugier (dottoressa Helen Bryce), Terence Stamp (voce originale di Jor-El), Ryan Robbins (Louis Leery Jr.), Jill Teed (capitano Maggie Sawyer). Musiche: Girls and boys (Good Charlotte); Hey Mama (Black Eyed Peas); Calling All Angels (Train); Frantic (Metallica); Good Talk (Shocore); All The Stars (Eastmountainsouth).

Inganni e segreti Titolo originale: Phoenix Diretto da: James Marshall Scritto da: Kelly Souders e Brian Peterson Trama Clark riporta Jonathan esausto alla fattoria e si scusa con Martha. Lex si ripresenta da Lionel e lo incolpa dell'incidente, ma l'uomo gli parla della condotta di Helen, apparendo molto convincente. Clark e Jonathan scoprono che ciò che Edge ha chiesto al ragazzo di rubare a Lionel è la fiala col suo sangue, e il magnate intima al boss di riportargliela. Lex torna da Helen e si fa raccontare la verità, volendo tentare di nuovo una relazione, mentre Chloe e Lana si chiariscono. Edge, dopo essere stato inizialmente cacciato da Clark, rapisce Martha e Jonathan: il ragazzo è costretto a dargli un'altra fiala del suo sangue, che Edge , e successivamente viene rapito anche lui. Lana riesce a liberare Martha e Jonathan. Sull'aereo che dovrebbe portarli nella seconda luna di miele, Lex dice ad Helen di aver capito tutto poiché se Lionel l'avesse voluto morto non avrebbe fallito e di aver scoperto, dopo aver fatto dei controlli, che è stata lei a cercare di ucciderlo per i suoi soldi. Helen ammette tutto ed è armata, così i due hanno una colluttazione che porta accidentalmente alla morte del pilota. Lex deve mettersi alla guida del velivolo, così Helen fugge lanciandosi col paracadute e sparisce. Clark riesce a liberarsi prima di essere scoperto, distruggendo la fiala e fuggendo nella confusione, Lionel si rivela la persona a cui Edge doveva consegnare la fiala e a causa dell'esplosione causata dal ragazzo pensa che sia una trappola e nello scontro che ne esce Edge muore. Lex decide di lavorare con Lionel e salda i debiti dei Kent. Clark, dopo aver restituito tutto quello che ha rubato, torna ufficialmente a casa e infine allontana da sé Lana.

Special guest star: Rutger Hauer (Morgan Edge) Altri interpreti: Emmanuelle Vaugier (dottoressa Helen Bryce), Terence Stamp (voce originale di Jor-El), Françoise Yip (dottoressa Lia Teng). Musiche: Maybe Tomorrow (Stereophonics); White Flag (Dido); Salut, demeure chaste et pure (Faust, Gounod).

Killer senza volto Titolo originale: Extinction Diretto da: Michael Katleman Scritto da: Todd Slavkin e Darren Swimmer Trama Lana viene attaccata da un ragazzo, Jake Palmer, ma questi viene ucciso da un misterioso cecchino. Chloe propone a Clark di tornare al Torch e i due, assieme a Pete, scoprono che Jake aveva dei poteri derivanti dai meteoriti. Chloe comunica a Lionel di voler interrompere la loro corrispondenza, ma il magnate minaccia il licenziamento del padre della reporter. Lei e Clark scoprono che il cecchino è Van McNulty, un amico di Jake il cui padre è stato ucciso da Tina: il ragazzo, da allora, è diventato un cacciatore di soggetti esposti ai meteoriti. Clark e Pete scoprono che il suo prossimo obbiettivo è Lex: Clark lo salva, ma Van scopre la debolezza del ragazzo e fugge. Successivamente il cecchino spara a Clark un proiettile di kryptonite, e il ragazzo si salva solo grazie all'intervento di Jonathan. Van successivamente rapisce Lana e le rivela il segreto di Clark ma questi, protetto da una corazza di piombo, e la ragazza riescono a fermarlo.

Altri interpreti: Camille Mitchell (sceriffo Nancy Adams), Jesse Metcalfe (Van McNulty), Harris Allan (Jake Palmer). Musiche: Way Away (Yellowcard); Give It To Me (Vishiss); I Give, You Take (Maria); Goodbye Again (Vertical Horizon).

Prigioniera del mio corpo Titolo originale: Slumber Diretto da: Terrance O'Hara Scritto da: Drew Greenberg Trama Clark e Lana si ritrovano al lago: una ragazza chiede aiuto, ma Clark non riesce a salvarla. Il giorno dopo questi ritrova la ragazza, Sarah Conroy, a scuola, ma nessuno sembra vederla. Lex lo convoca a casa sua e scopre il suo segreto, affermando di volerlo rivelare al mondo. Clark, dopo non essere riuscito a salvare Sarah ancora una volta, scopre che in realtà era tutto un sogno durato ben 36 ore. Clark chiede aiuto a Lana e i due scoprono che Sarah, trasferitasi con lo zio nella casa dove abitava la ragazza, è in coma da sei anni. Lionel chiede a Lex di sottoporsi ad un'analisi psichiatrica prima di dargli completa fiducia. Clark riesce a comunicare di nuovo con Sarah e scopre che lo zio la mantiene in coma in modo da gestirne l'eredità; Lana tenta di fermarlo invano e viene successivamente salvata da Clark. Infine Lex decide di sottoporsi al test psichiatrico e Lana propone a Clark di passare insieme il weekend.

Altri interpreti: Katharine Isabelle (Sarah Conroy), Christopher Shyer (Nicholas Conroy), John DeSantis. Musiche: At My Most Beautiful (R.E.M.); Bad Day (R.E.M.); Losing My Religion (R.E.M.); Everybody Hurts (R.E.M.); Imitation of Life (R.E.M.).

Storie di alieni Titolo originale: Perry Diretto da: Jeannot Szwarc Scritto da: Mark Verheiden Trama Clark salva da un incidente un uomo di nome Perry White. Il giorno dopo questi torna alla fattoria, dove spiega di essere un giornalista in cerca di fenomeni paranormali e che ha bisogno di Clark per esplorare i segreti di Smallville. Perry prima tenta di intervistare Lana, e poi si rivolge a Chloe. Lana chiede aiuto a Lex per cacciarlo, mentre Clark scopre il passato di Perry. Clark ha dei problemi a gestire i suoi poteri a causa di un raro fenomeno cosmico e White lo vede di nuovo usarli. Perry offre a Lex le informazioni che ha su Lionel in cambio delle notizie su Clark che Lex possiede. Perry infine tenta di scoprire i poteri di Clark con un gesto estremo ma tutto si risolve. Perry infine decide di darsi una regolata e dice a Clark che lo aspetta a Metropolis.

Special guest star: Michael McKean (Perry White) Altri interpreti: Camille Mitchell (sceriffo Nancy Adams), Lorena Gale (dott.sa Claire Foster). Musiche: I Love This Bar (Toby Keith); Blue (LeAnn Rimes); Walking In Memphis (Lonestar). Nota. Questo è l'unico episodio della serie (oltre a La regina rossa della nona stagione) in cui compare il personaggio di Perry White, il futuro capo di Clark quando quest'ultimo intraprenderà la carriera di reporter.

L'eterno ritorno Titolo originale: Relic Diretto da: Marita Grabiak Scritto da: Kelly Souders e Brian Peterson Trama Lana viene incaricata dal prozio Dexter di discolparlo dall'accusa di aver ucciso, più di quarant'anni prima, la moglie Louis. L'uomo fornisce alla ragazza l'identikit dell'assassino, che assomiglia tantissimo a Clark. Questi e Jonathan, ipotizzando che il killer possa essere Jor-El, si recano alle caverne, dove scoprono un dipinto identico al pendaglio portato dall'uomo dell'identikit. Clark vi posa la mano e ottiene proprio il medaglione, oltre a vedere cosa è successo a quei tempi: Jor-El e Louis si erano conosciuti quando il kryptoniano la salvò da una rapina per mano di Lachlan Luthor, nonno di Lex. Quest'ultimo venne poi rilasciato dallo sceriffo, oggi sindaco, Tate, dopo un paio di notti, in cambio avrebbe dovuto uccidere Jor-El, poiché lo sceriffo era innamorato di Louis e la voleva per sé. Lachlan sparò più colpi di pistola a Jor-El mentra era con Louis, Jor-El ne uscì ovviamente illeso ma un proiettile ferì a morte Louis, che morì tra le braccia di Jor-El. Hiram e Jessica Kent, i genitori di Jonathan, aiutarono il kryptoniano a far perdere le sue tracce, avendo capito che era innocente. Clark, travestendosi come Jor-El e fingendo di esserne il fantasma, riesce a far confessare Tate all'attuale sceriffo. Clark, dopo un'ultima visione, comprende che Jor-El visitò la Terra per una sorta di rito di passaggio e che in realtà i Kent non trovarono Clark per caso, Jor-El mandò Clark dai Kent quando era bambino proprio perché fossero loro a trovarlo.