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La nona stagione della serie televisiva X-Files è andata in onda negli Stati Uniti su FOX dall'11 novembre 2001 al 19 maggio 2002.
In Italia andò in onda dal 24 giugno al 26 agosto 2002 su Italia 1.
nºTitolo originaleTitolo italianoPrima TV USAPrima TV Italia 1 Nothing Important Happened Today Niente da segnalare (prima parte) 11 novembre 2001 24 giugno 2002 2 Nothing Important Happened Today II Niente da segnalare (seconda parte) 18 novembre 2001 3 Dæmonicus Dæmonicus 2 dicembre 2001 1º luglio 2002 4 4-D 4-D 9 dicembre 2001 5 Lord of the Flies Il signore delle mosche 16 dicembre 2001 8 luglio 2002 6 Trust No 1 Trust No 1 6 gennaio 2002 7 John Doe John Doe 13 gennaio 2002 15 luglio 2002 8 Hellbound Relazioni indefinite 27 gennaio 2002 9 Provenance Provenance 3 marzo 2002 22 luglio 2002 10 Providence Providence 10 marzo 2002 11 Audrey Pauley Audrey Pauley 17 marzo 2002 29 luglio 2002 12 Underneath In fondo all'anima 31 marzo 2002 13 Improbable Improbabile 7 aprile 2002 5 agosto 2002 14 Scary Monsters Mostri 14 aprile 2002 15 Jump the Shark Modifica genetica 21 aprile 2002 12 agosto 2002 16 William William 28 aprile 2002 17 Release Intuizioni 5 maggio 2002 19 agosto 2002 18 Sunshine Days La casa dei sogni 12 maggio 2002 19 The Truth (1) La verità (prima parte) 19 maggio 2002 26 agosto 2002 20 The Truth (2) La verità (seconda parte)
Niente da segnalare (prima parte) Titolo originale: Nothing Important Happened Today Diretto da: Kim Manners Scritto da: Chris Carter e Frank Spotnitz Trama Carl Wormus, un impiegato del FBI, viene annegato da una donna conosciuta in un bar. Monica incontra il vicedirettore dell'Fbi Brad Follmer, suo ex partner, il quale gli consegna le prove dell'insabbiamento dei fatti di 48 ore prima; ciò manda su tutte le furie Dogget. In aggiunta Mulder è nuovamente sparito e non può aiutare il collega impegnato contro Kersh. Follmer si rivela detrattore di Dogget che, nel frattempo, indaga sulla morte di Wormus: arrivato ad una centrale per il trattamento delle acque, si nasconde in un serbatoio per sfuggire alla trappola tesagli da Follmer, ma viene trascinato sul fondo dalla donna del bar. Nel frattempo Dana teme che suo figlio abbia veramente poteri sovrannaturali.
Altri interpreti: Cary Elwes (Vicedirettore Brad Follmer), James Pickens, Jr. (Vicedirettore Alvin Kersh), Lucy Lawless (Shannon McMahon), Nicholas Walker (Carl Wormus), Sheila Larken (Margaret Scully), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers), Dean Haglund (Richard Langly), Tom Braidwood (Melvin Frohike), John Casino (Roland McFarland), Jane Yamamoto (giornalista televisiva), Travis Riker (piccolo William), James Riker (piccolo William), Ashley Knutson (piccolo William), Rikki Held (piccolo William), Rowdy Held (piccolo William) Note: La storia continua nel successivo episodio Niente da segnalare (seconda parte). In questo episodio la scritta "The Truth Is Out There" (La verità è là fuori) al termine della sigla è sostituita dalla scritta "Nothing important happened today" (Oggi non è accaduto nulla di importante). Il titolo originale e la scritta a fine sigla si riferiscono alla tradizione priva di fondamento della frase annotata sul proprio presunto diario dal re inglese Giorgio III il 4 luglio 1776, giorno della Dichiarazione d'indipendenza degli Stati Uniti d'America.
Niente da segnalare (seconda parte) Titolo originale: Nothing Important Happened Today II Diretto da: Tony Wharmby Scritto da: Chris Carter e Frank Spotnitz Trama Un vascello adibito a nave ricerca, sul quale si fanno esperimenti su ovuli umani, riceve l'ordine di rientrare a terra. Intanto Doggett viene trascinato sul fondo del serbatoio dalla donna del bar, che si rivela essere l'agente Shannon McMahon; questa salva Doggett dall'essere scoperto da Follmer e poi gli confessa di essere anche lei un supersoldato: gli esperimenti al riguardo stanno scappando di mano, tanto che è in atto una sorta di avvelenamento delle risorse idriche, al fine di favorire la nascita di supersoldati. Lei vuole aiutare Doggett a smascherare la vicenda. Un redivivo Knowle Rohrer assume il vice-comando della nave ricerca quando questa attracca nel Maryland, deciso a cancellare le prove degli esperimenti sui supersoldati. Il capitano, però, era d'accordo con Warmus (ucciso nell'episodio precedente) per smascherare a sua volta gli esperimenti. Risaliti alla nave Scully, Doggett e Reyes trovano il laboratorio ma, prima di verificare un eventuale coinvolgimento del figlio di Dana, sono costretti ad abbandonare la nave, che esplode, a causa di una bomba piazzata da Rohrer. Nel rapporto che Doggett stende a conclusione non ha prove per incastrare il vicedirettore Kersh che, quindi, è riabilitato.
Altri interpreti: Cary Elwes (Vicedirettore Brad Follmer), James Pickens, Jr. (Vicedirettore Alvin Kersh), Lucy Lawless (Shannon McMahon), Nicholas Walker (Carl Wormus), Sheila Larken (Margaret Scully), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers), Dean Haglund (Richard Langly), Tom Braidwood (Melvin Frohike), John Casino (Roland McFarland), Jane Yamamoto (giornalista televisiva), Victoria Gallegos (segretaria di Follmer), Kevin E. West (Marine), Travis Riker (piccolo William), James Riker (piccolo William), Wyatt Smith (piccolo William) Note: questo episodio è il seguito di Niente da segnalare (prima parte).
Dæmonicus Titolo originale: Dæmonicus Diretto da: Frank Spotnitz Scritto da: Frank Spotnitz Trama Con Dana Scully riassegnata alla Training Academy di Quantico, Doggett e Monica Reyes indagano sul loro primo X-File, una serie di omicidi rituali satanici.
Altri interpreti: James Remar (Prof. Josef Kobold), Andi Chapman (Dott.ssa Monique Sampson), Sarah Benoit (Evelyn Mountjoy), Tim Halligan (Darren Mountjoy), James Rekart (Paul Gerlach), Troy Mittleider (Dott. Kenneth Richmond), Lou Richards (Ufficiale Custer), Robert Beckwith (cadetto F.B.I.), Rueben Grundy (tecnico forense), Shane Nickerson (fotografo della polizia), Elijha Mahar (guardia).
4-D Titolo originale: 4-D Diretto da: Tony Wharmby Scritto da: Steven Maeda Trama Un feroce assassino minaccia Doggett e Reyes, poi svanisce. Sparano a Doggett e Brad Follmer scopre che la pistola utilizzata è quella dell'agente Reyes.
Altri interpreti: Cary Elwes (Brad Follmer), Dylan Haggerty (Erwin Timothy Lukesh), Angela Paton (Miriam Lukesh), Gil Colon (Agente Rice), Ming Lo (Dott. Kim). Note: - In questo episodio la scritta "The Truth Is Out There" (La verità è là fuori) al termine della sigla iniziale è sostituita dalla medesima scritta al rovescio "ƎЯƎHT TUO ჇI HTUЯT ƎHT".
- L'episodio è in memoria di Ricky Loyd Arreguin (24 gennaio 1985 - 13 settembre 2001) figliastro di Jose Arreguin che lavora agli oggetti scena nella serie.
Il signore delle mosche Titolo originale: Lord of the Flies Diretto da: Kim Manners Scritto da: Thomas Schnauz Trama Scully, Doggett e Reyes indagano sulla morte di un ragazzo durante uno show televisivo, famoso per le imprese sciocche e pericolose fatte dai protagonisti, poco più che ventenni. Ma scopriranno che la sua morte ha origini in uno sconvolgente segreto di famiglia.
Altri interpreti: Aaron Paul (David "Winky" Winkle), Samaire Armstrong (Natalie Gordon), Jane Lynch (Anne Lokensgard), Hank Harris (Dylan Lokensgard), Erick Avari (Dott. Herb Fountain), Michael Wiseman (Dott. Rocky Bronzino), Aeryk Egan (cameraman), Branden Williams (Capitano Dare).
Trust No 1 Titolo originale: Trust No 1 Diretto da: Tony Wharmby Scritto da: Chris Carter e Frank Spotnitz Trama Scully è in contatto con Mulder via mail. Un misterioso informatore chiede a Dogget e Reyes di incontrare Fox, ma Dana gli nega la possibilità di contattarlo. A questo punto è l'informatore a contattare Dana promettendogli informazioni estremamente interessanti riguardanti il progetto della creazione dei supersoldati. Questa decide di contattare Mulder per trovarsi ad una stazione ferroviaria. Qui l'informatore si rivela essere un supersoldato del governo ombra: prova ad uccidere Dana ma, non riuscendoci, salta sul treno dal quale doveva scendere Mulder, che però non si ferma. Grazie alle autorità ferroviarie, gli agenti rintracciano l'Uomo ombra in una miniera: qui Dana sta per essere nuovamente uccisa quando il supersoldato, esposto ad un metallo estratto, comincia a sciogliersi per poi essere attratto all'interno delle cave. Dana capisce che Mulder aveva intuito quale fosse il modo per eliminare i supersoldati e che aveva organizzato una contro-trappola per eliminare l'uomo ombra.
Altri interpreti: Terry O'Quinn (uomo ombra), Allison Smith (Patti), Kathryn Joosten (Agente Edie Boal), Fitz Houston (capostazione), Brianne Prather (donna giovane), James Riker (piccolo William), Travis Riker (piccolo William). Note: in questo episodio la scritta "The Truth Is Out There" (La verità è là fuori) al termine della sigla è sostituita dalla scritta "They're watching" (Stanno guardando).
John Doe Titolo originale: John Doe Diretto da: Michelle Maxwell MacLaren Scritto da: Vince Gilligan Trama Doggett si sveglia dopo aver perso conoscenza e non ricorda nulla della sua identità e del suo passato. Si aggira senza meta in una polverosa città messicana, cercando un modo di ricostruire la sua memoria, e si ritrova coinvolto in un giro di contrabbando. Dall'altra parte del confine intanto Scully e Reyes tentano di ritrovarlo.
Altri interpreti: James Pickens, Jr. (Alvin Kersh), Alfred De Contreras (barista), Ramón Franco (Nestor), Eduardo Antonio Garcia (Mariano Molina), Jacob Handy (Luke Doggett), Zachary Handy (Luke Doggett), Charlie Hartsock (Avvocato), Bo Kane (McCormick), Zitto Kazann (Caballero), Barbara Patrick (Barbara Doggett).
Relazioni indefinite Titolo originale: Hellbound Diretto da: Kim Manners Scritto da: David Amann Trama Reyes indaga sul caso di un uomo trovato scuoiato vivo. Quando si rende conto di aver già avuto visioni di un evento simile, chiede aiuto a Scully per portare a termine le indagini.
Altri interpreti: Don Swayze (Terrance Pruit), Katy Boyer (Dott.ssa Lisa Holland), George D. Wallace (Dott. Bertram Mueller), David Figlioli (Victor Dale Potts), James McDonnell (Detective Van Allen), Cyril O'Reilly (Ed Kelso), Kari Whitman (Roxanne), Robert Beckwith (cadetto dell'FBI), James Riker (anima rinata), Travis Riker (anima rinata).
Provenance Titolo originale: Provenance Diretto da: Kim Manners Scritto da: Chris Carter e Frank Spotnitz Trama In un tentativo di far riemergere un'astronave trovata in uno scavo sotto tutela governativa, l'FBI nasconde la sua indagine dagli X-Files. Nel frattempo, Scully è costretta a prendere misure drastiche quando scopre una minaccia per William.
Altri interpreti: James Pickens, Jr. (Alvin Kersh), Cary Elwes (Brad Follmer), Bruce Harwood (John Fitzgerald Byers), Dean Haglund (Richard Langly), Tom Braidwood (Melvin Frohike), Sheila Larken (Margaret Scully), Neal McDonough (Agente Robert Comer), Denis Forest (uomo solo), McNally Sagal (donna col cappotto), James Parks (Agente Terry Sullivan), Alan Dale (uomo con lo stecchino), Joe Colligan (agente alla guida), Brian Catalano (agente passeggero), Randy Hall (guidatore U-Haul), James Riker (William da piccolo), Travis Riker (William da piccolo), Laura Leigh Hughs (assistente di Kersh).
Providence Titolo originale: Providence Diretto da: Chris Carter Scritto da: Chris Carter e Frank Spotnitz Trama Il piccolo William è stato rapito e Scully è disperata; diffidente nei confronti sia di Skinner che di Follmer, aggira l'indagine dell'FBI sul rapimento di William e lavora da sola al caso, assistita da Monica Reyes e dai Lone Gunmen. Insieme agli amici, Dana scopre delle verità terrificanti sui rapitori di suo figlio e ancora una volta si ritrova a combattere contro le trame oscure che vogliono intromettersi nella vita di William.