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La seconda stagione della serie televisiva Kyle XY è stata trasmessa negli Stati Uniti dall'emittente ABC Family, dall'11 giugno 2007 al 17 marzo 2008 divisa in due parti; la prima (ep.1-13) è andata in onda dall'11 giugno al 3 settembre 2007, mentre la seconda (ep.14-23) è andata in onda dal 14 gennaio al 17 marzo 2008.

In Italia la prima parte è stata trasmessa in prima visione sul canale satellitare Fox dal 29 novembre 2007 al 18 gennaio 2008 come Seconda stagione. La seconda parte è andata in onda dal 4 aprile al 2 maggio 2009, come Terza stagione, sempre su Fox con un doppio episodio settimanale andando in onda, quasi in contemporanea, anche in chiaro su Italia1 che ha trasmesso l'intero ciclo dal 7 aprile al 7 maggio 2009.

nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA Prima TV Italia 1 The Prophet Il profeta 11 giugno 2007 29 novembre 2007 2 Homecoming Ritorno a casa 18 giugno 2007 3 The List is Life La classifica non mente mai 25 giugno 2007 9 dicembre 2007 4 Balancing Act Equilibri precari 2 luglio 2007 5 Come to Your Senses Deprivazione sensoriale 9 luglio 2007 13 dicembre 2007 6 Does Kyle Dream of Electric Fish Visioni 16 luglio 2007 7 Free to Be You and Me Liberi di essere "noi" 23 luglio 2007 20 dicembre 2007 8 What's the Frequency, Kyle? Altri modi di comunicare 30 luglio 2007 9 Ghost in the Machine Fantasmi 6 agosto 2007 27 dicembre 2007 10 House of Cards Il castello di carte 13 agosto 2007 11 Hands on a Hybrid La verità nascosta 20 agosto 2007 3 gennaio 2008 12 Lockdown In cerca di Jessi 27 agosto 2007 10 gennaio 2008 13 Leap of Faith Chi è Kyle? 3 settembre 2007 17 gennaio 2008 14 To C.I.R., With Love Scacco alla Madacorp 14 gennaio 2008 4 aprile 2009 15 The Future's So Bright, I Gotta Wear Shades Verso il futuro 21 gennaio 2008 16 Great Expectations Grandi speranze 28 gennaio 2008 11 aprile 2009 17 Grounded Una visita inaspettata 4 febbraio 2008 18 Between the Rack and a Hard Place Il cliente ha sempre ragione 11 febbraio 2008 18 aprile 2009 19 First Cut Is the Deepest Le ferite più profonde 18 febbraio 2008 20 Primary Colors Una giornata indimenticabile 25 febbraio 2008 25 aprile 2009 21 Grey Matters Materia grigia 3 marzo 2008 22 Hello... Ciao, io sono Sarah 10 marzo 2008 2 maggio 2009 23 I've Had the Time of My Life Una magica serata 17 marzo 2008

Il profeta Titolo originale: The Prophet Diretto da: Michael Robison Scritto da: Eric Tuchman Trama Kyle comincia una nuova vita alla tenuta di Adam Baylin dove scopre come e perché è stato creato. Mentre Adam cerca di allenare le capacità mentali di Kyle, a Seattle Nicole è distrutta e continua ad avere incubi su Kyle. Quest'ultimo ha la possibilità di vedere i Trager in videochat quando vuole ma senza superare i due minuti per evitare di essere rintracciato. Durante uno di questi collegamenti Kyle viene distratto e il timer va oltre i 4 minuti e mezzo. Il giorno dopo Kyle riesce in uno dei test più difficili di Adam nel far scoppiare un bicchiere pieno d'acqua. Ma il rumore del bicchiere copre un altro rumore, quello di un vetro rotto. Un proiettile ha colpito in pieno petto Adam che muore tra le braccia di Kyle. In seguito Foss decide che è il momento di farla finita una volta per tutte e si intrufola nella Zzyzx e piazza un ordigno esplosivo. Kyle tenta di fermarlo ma mentre vaga per i corridoi della società segreta sente che dietro una porta c'è qualcosa di strano. Prima di poter entrare nella stanza viene però tramortito da Foss e portato fuori. Quando si riprende Kyle tenta di tornare dentro a fermare l'esplosione ma non riesce nell'intento e la bomba esplode. Kyle decide allora che per vivere in pace deve tornare dai Trager, così ritorna a Seattle dalla famiglia, rendendoli felici. Intanto ciò che si trovava dentro la stanza della Zzyzx si ritrova a vagare per i boschi: è il progetto 781228 ovvero Jessi XX, la "sorella" di Kyle.

Ritorno a casa Titolo originale: The Homecoming Diretto da: Pat Williams Scritto da: Tommy Thompson Trama Tornato a casa, Kyle ricomincia la sua vecchia vita, tenendo all'oscuro i Trager e, con rammarico, anche Declan di ciò che ha scoperto sulle sue origini nonostante le pressioni di quest'ultimo. Intanto nel bosco viene ritrovata una giovane, nuda e disorientata, che poco prima ha assassinato un cacciatore che la voleva violentare. Julian Ballantine, direttore della Madacorp (società che gestiva la Zzyzx), chiama una cacciatrice di taglie, Emily Holland, per rintracciare e catturare la ragazza. Nel farlo, scoprono che Kyle, o meglio l'esperimento XY, è ancora vivo perciò Ballantine incarica Emily di trovare anche lui.

La classifica non mente mai Titolo originale: The List Is Life Diretto da: Pat Williams Scritto da: Julie Plec Trama La pubblicazione di una lista rischia di compromettere la reputazione di alcuni studenti del liceo mentre Kyle si esercita in un edificio abbandonato con Tom Foss per affinare le sue capacità. Ad un falò scolastico scoppia un incendio in un capanno e Kyle si accorge di poter camminare in mezzo alle fiamme rimanendo illeso e salvando la ragazza sotto lo sguardo di Nicole e Declan che lo fa scappare via. Amanda, dopo aver letto la classifica, scopre la verità su Charlie, mentre Jessie XX viene "formattata" e fatta entrare nella Madacorp con l'identità di Jessi Hollander, sorella di Emily.

Equilibri precari Titolo originale: Balancing Act Diretto da: Michael Robison Scritto da: Steven Lilien e Bryan Wynbrandt Trama Josh sta per compiere sedici anni e Stephen vuole regalargli un'auto, ma quest'ultimo perde il lavoro così lui e Kyle, per scusarsi con Josh, decidono di riparare una vecchia macchina che potrà usare finché non gliene faranno una nuova. Declan pedina Kyle e trova l'edificio in cui il ragazzo si allena con Foss, scoprendo il suo segreto, ma, qualche ora dopo, riceve delle foto che lo vedono ritratto all'esterno dell'edificio e gli viene chiesto di non impicciarsi per evitare che facciano del male a Lori.

Deprivazione sensoriale Titolo originale: Come to Your Senses Diretto da: Morgan Beggs Scritto da: Chad Fiveash e James Patrick Stoteraux Trama Emily, incaricata da Ballantine, di far interagire Jessi con Kyle la fa conoscere a Nicole come nuova paziente, che le appare come una delle tante adolescenti problematiche che ha già curato in passato. Intanto Kyle aiuta Amanda a ritrovare il bracciale che le ha regalato il padre e che la sera prima è stato rubato, ma si scopre che la madre di Amanda l'ha venduto poiché hanno problemi di soldi.

Visioni Titolo originale: Does Kyle Dream of Electric Fish Diretto da: Chris Grismer Scritto da: R.P. Gaborno e Chris Hollier Trama Josh aiutato da Andy si prepara ad uscire con una ragazza che però gli dà buca, così Andy decide di passare la serata con Josh che capisce di essere innamorato di lei. Lori cerca di instaurare un rapporto di amicizia con Declan dopo la rottura e lo invita ad una serata dove lei suona come principiante, ma qui si ritrova anche Jessi che esce dal locale con Declan sotto lo sguardo di Lori. dopodiché fuori dal locale Jessi bacia Declan. Kyle ha delle strane visioni a cui cerca di dare spiegazione e, grazie a queste, trova un messaggio di Adam Baylin in un cd nascosto in un libro con un semplice messaggio su come usare i suoi poteri, ma, decriptando il messaggio, Kyle ne scopre il vero significato: "Don't trust Foss" ovvero "non credere a Tom Foss". Così Kyle si dirige verso l'edificio abbandonato dove erano soliti incontrarsi, ma al suo interno non c'è più nulla, Tom Foss si è dileguato.

Liberi di essere noi Titolo originale: Free to Be You and Me Diretto da: Guy Norman Bee Scritto da: Julie Plec Trama

Si sta organizzando a scuola il ballo di primavera e gli studenti sono tutti entusiasti. Amanda invita Kyle ad andare al ballo con lei, Kyle accetta e ben presto si accorge che il suo è un appuntamento. Kyle è molto emozionato e ha anche molta paura, e ne parla con Nicole. Anche Amanda si accorge che a Kyle ha qualcosa che non va, e pensa che sia perché non ha voglia di andare al ballo con lei, ma egli le spiega che è perché ha una cotta per lei, e ammettono entrambi di piacersi. A scuola Andy (amica di Josh), supportata da Lori, Hilary Kyle e Amanda decide di organizzare delle proteste contro le regole del ballo. Il preside decide di punirli e precludere loro la partecipazione. Ciò non si rivela un problema, però, avendo loro organizzato un ballo parallelo, con l'ingresso a costo dimezzato rispetto a quello del ballo scolastico. Jessie sembra avere molto interesse per Declan e gli chiede alcune informazioni su Kyle e Lori che le sembrano simpatici. Alla festa vengono quasi tutti, perfino Jessie, a cui era stato proibito dalla sorella, poiché stava frequentando Declan. Anche ad Amanda era stato proibito dalla madre, come punizione per essersi ribellata contro le regole del ballo scolastico, ma lei decide di andarci ugualmente, disubbidendo. Kyle e Amanda ballano insieme, sono vicini al bacio quando le luci del locale si spengono a causa dei poteri di Jessie, che li ha usati involontariamente in un accesso di rabbia, dovuto all'ordine della sorella di tornare a casa. Alla fine della festa Kyle continua a raccontare a Declan di Foss. Inoltre Declan sospetta di Foss in quanto gli ha mandato delle foto che rappresentavano un ricatto: se non fosse stato alla larga da Kyle, egli avrebbe rapito Lori. Poco dopo quest'ultima, mentre esce dal locale, viene colpita da Jessi alla testa e sviene.

Altri modi di comunicare Titolo originale: What's the Frequency, Kyle? Diretto da: Chris Grismer Scritto da: Steven Lilien e Bryan Wynbrandt Trama Il padre di Stephen entra in stato di coma, e Kyle aiuta il suo patrigno a fare pace con lui, facendo da mediatore e facendogli capire l'importanza che aveva nella sua vita. in questo modo Kyle scopre il suo nuovo potere, quello di entrare nelle menti altrui. Nel frattempo Nicole scopre che Emily vuole interrompere la terapia di Jessi.

Fantasmi Titolo originale: Ghost in the Machine Diretto da: Guy Norman Bee Scritto da: Eric Bress e J. Mackye Gruber Trama