Il San Diego Open 1999 è stato un torneo di tennis giocato sul cemento. È stata la 21ª edizione del torneo di San Diego, che fa parte della categoria Tier II nell'ambito del WTA Tour 1999 Si è giocato a San Diego negli USA dal 2 all'8 agosto 1999.
Campionesse Singolare
Martina Hingis ha battuto in finale Venus Williams con il punteggio di 6–4, 6–0
Doppio
Lindsay Davenport / Corina Morariu hanno battuto in finale Serena Williams / Venus Williams con il punteggio di 6–4, 6–1
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