In singolare ha disputato tre semifinali nel circuito ATP, ha vinto 10 tornei Challenger, 6 tornei ITF Futures e il suo migliore ranking ATP è stata la 48ª posizione dell'ottobre 2007. In doppio ha disputato due finali ATP vincendo quella del 2007 al Chile Open in coppia con Paul Capdeville. Ha vinto inoltre in doppio 8 tornei ITF Futures e 6 Challenger, raggiungendo il 90º posto mondiale nel settembre 2004.
I suoi migliori risultati nei tornei del Grande Slam furono il terzo turno in singolare all'Open di Francia 2007 e il terzo turno in doppio agli Australian Open 2004.
Sconfisse a sorpresa il nº 20 ATP Lleyton Hewitt agli Internazionali d'Italia del 2007. Hernández annunciò il ritiro nel luglio 2011.
Tornò invece alle competizioni nei circuiti minori nel settembre 2013 in entrambe le specialità. Nel 2014 prese parte alle qualificazioni di tutti i tornei del Grande Slam in singolare, senza superarle, e alla fine di quella stagione disputò i suoi ultimi tornei in singolare, tutti del circuito ITF. In doppio prese parte ad alcuni isolati tornei ITF dal 2014 al 2016. Non giocò negli anni successivi a eccezione del 2023, quando disputò il suo ultimo incontro di doppio in un torneo ITF.
Statistiche Doppio Vittorie (1) LegendaTornei del Grande Slam (0)ATP World Tour Finals (0)ATP Masters Series (0)ATP Championship Series (0)ATP International Series (1) NºDataTorneoSuperficieCompagnoAvversari in finalePunteggio 1. Febbraio 2007Chile Open, Viña del MarTerra rossa Paul Capdeville Albert Montañés Rubén Ramírez Hidalgo4-6, 6-4, [10-6]
Finali perse (1) {| |-valign=top | LegendaTornei del Grande Slam (0)ATP World Tour Finals (0)ATP Masters Series (0)ATP Championship Series (0)ATP International Series (1) NºDataTorneoSuperficieCompagnoAvversari in finalePunteggio 1. Settembre 2004Romanian Open, BucarestTerra rossa José Acasuso Lucas Arnold Ker Mariano Hood6(5)-7, 1-6
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