Studiò medicina all'Hôtel-Dieu di Parigi, all'ospedale Salpêtrière e all'ospedale Bicêtre. Nel 1771 divenne professore di chirurgia all'École pratique di Parigi e nel 1782 succedette a Toussaint Bordenave (1728–1782) alla cattedra di fisiologia.
Chopart fu un pioniere della chirurgia urologica e scrisse, assieme a Pierre Joseph Desault (1738–1795), il trattato di chirurgia Traité des maladies chirurgicales et des opérations qui leur conviennent. Esistono tre eponimi associati in suo onore all'anatomia e alla chirurgia del piede: L'amputazione dello Chopart: l'amputazione della porzione anteriore del piede eseguita all'articolazione mediotarsale. L'articolazione dello Chopart o articolazione mediotarsale: la stessa articolazione mediotarsale, che si instaura tra le ossa del tarso posteriore e del tarso anteriore. La dislocazione dello Chopart: una dislocazione del piede attraverso l'articolazione talo-navicolare e calcaneo-cuboidea associata a frattura.
François Chopart morì nel 1795 a Parigi durante una epidemia di colera.
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