La storia del Portogallo che va dalla Restaurazione all'Età Pombalina coincide con la riacquisizione dell'indipendenza portoghese nei confronti della Spagna, sancita nel 1668, all'ascesa politica del Marchese di Pombal, avvenuta nel 1750. Sotto la dinastia Braganza, il Portogallo fu segnato da un periodo di decadimento politico ed economico, culminati con il processo alla famiglia Távora e il catastrofico Terremoto di Lisbona.

Diversi fattori, tra cui le conseguenze dell'occupazione castigliana, la dipendenza del Portogallo verso le colonie, la corruzione del regime, il Trattato di Methuen e il Terremoto di Lisbona del 1755, concorsero ad indebolire la posizione del Portogallo in Europa nel corso del Seicento.

Da Giovanni IV a Giovanni V La dinastia dei Braganza iniziò a regnare in Portogallo con Giovanni IV. I Braganza erano imparentati con gli Aviz, poiché lo stesso Giovanni IV era pro-pronipote di Manuele I. Giovanni IV fu un monarca amato, mecenate delle belle arti. Collezionò una delle più grandi biblioteche.

Intanto, gli olandesi riuscirono a conquistare Malacca (gennaio 1641) e il Sultanato dell'Oman (1648). Tuttavia nel 1654, la maggior parte del Brasile venne riconquistata dai portoghesi. Giovanni riuscì a far sposare la figlia Caterina con Carlo II d'Inghilterra, offrendo in dote agli inglesi Tangeri e Bombay. Giovanni IV morì nel 1656. Il suo successore fu Alfonso VI.

Alfonso VI divenne Re del Portogallo all'età di tredici anni. Il giovane Re soffriva di una paralisi alla parte sinistra del suo corpo rendendolo mentalmente instabile. Dopo sei anni di reggenza di Luisa de Guzman, la Regina Madre, Alfonso assunse il controllo del paese. Il suo regno ebbe breve durata per la cospirazione di sua moglie, la regina Maria Francesca di Savoia che si congiunse al principe Pietro, ottenendo l'annullamento del matrimonio. Pietro in seguito si sposò con Maria Francesca e riuscì ad obbligare Alfonso a rinunciare il controllo del governo e di farsi nominare principe reggente.

Pietro continuò ad essere il principe reggente ma de facto fu il Re del Portogallo per i successivi 16 anni. Quando Alfonso morì nel 1683, Pietro divenne re del Portogallo de jure. Pietro II è considerato il primo monarca assolutista del Portogallo. Nel 1697 fece dimettere le Cortes governando da solo. Incoraggiò l'esplorazione del Brasile. Il regno di Pietro fu segnato anche dalla sigla del Trattato di Methuen.

Il successore di Pietro fu Giovanni V del Portogallo, che ascese al trono nel 1706. Con i continui guadagni dovuti all'arrivo dei metalli preziosi del Brasile, Giovanni V godette di una vita di lussi. I suoi soprannomi furono "il Magnanimo", "il Magnifico" o "il re sole portoghese" e fu forse il miglior esempio di monarca assolutista in Portogallo. Il suo lungo regno fu caratterizzato dal rafforzamento delle prerogative regie, rese possibile grazie anche dagli ingenti guadagni che provenivano dalle colonie, in particolare dal Brasile.

Giovanni V usò il tesoro della corona per rinforzare l'economia portoghese, creando nuove fabbriche; tuttavia la maggior parte degli investimenti fu usata per patrocinare le arti e per riguadagnare il prestigio presso le altre potenze europee. La politica estera portoghese seguì due linee principali: neutralità nei conflitti europei e amicizia con il Papa di Roma. Nel 1748 il Portogallo venne riconosciuto come stato sovrano da Papa Benedetto XIV.

Gli ultimi anni di vita di Giovanni V furono caratterizzati da atti di devozione e di asservimento verso il clero cattolico. Le sue prime misure economiche, che furono impopolari presso i ceti nobiliari, divennero inefficaci e gli affari pubblici erano diventati dipendenti dalle decisioni del monarca, ma che divennero inoperativi. Giovanni V morì nel luglio del 1750 e il suo successore fu il figlio Giuseppe.

Impero in Brasile Una conseguenza dell'unione dinastica con la Spagna fu la perdita del monopolio del commercio delle spezie nell'Oceano Indiano. Gli inglesi, i francesi e gli olandesi conquistarono i possedimenti portoghesi in Asia. L'impero coloniale di Manuele I e Giovanni III fu ridotto alle fortezze di Goa, insieme ad altre in India, Macao nella costa cinese, e l'isola di Timor. Gli empori commerciali in Africa furono persi in favore degli inglesi (Golfo di Guinea) e degli olandesi (Natal e Africa occidentale). Di fronte a questa situazione, i portoghesi concentrarono i loro sforzi commerciali in Brasile, che nei primi decenni del Seicento fu in parte sotto controllo olandese. Dopo diversi anni di guerra, grazie anche alla mediazione inglese, gli olandesi abbandonarono il Brasile nel 1661.

La coltivazione dello zucchero venne introdotta in Brasile gli inizi del diciassettesimo secolo. L'economia coloniale fu basata sulle piantagioni e sul lavoro servile degli schiavi di origine africana. Nel tardo Seicento, gli esploratori portoghesi conosciuti come bandeirantes scoprirono l'oro nell'attuale stato di Minas Gerais. I coloni portoghesi iniziarono l'esplorazione dell'interno del Brasile, oltre i confini tracciati Trattato di Tordesillas (in seguito aggiornato Trattato di Madrid). Gli insediamenti nel Brasile sudorientale ebbero una crescita rapidissima.

La prima grande corsa all'oro mondiale iniziò con migliaia di coloni e schiavi che si riversarono nelle frastagliate montagne a nord di Rio de Janeiro. La corsa all'oro coinvolse anche le altre regioni del Brasile. Agli inizi del Settecento la corsa all'oro ebbe un altro stimolo con la scoperta dei diamanti. Alla fine del Settecento quasi l'80% dell'oro prodotto era originario dal Brasile.

L'oro proveniente dal Brasile ebbe un forte impatto sulla società portoghese. La famiglia reale, che aveva il diritto di raccogliere un quinto dell'oro brasiliano, ritornò ad arricchirsi e a guadagnare il prestigio dei secoli precedenti. La corsa all'oro provocò l'emigrazione in Brasile di una quota consistente della popolazione portoghese, tanto che Giovanni V fu costretto a proibire l'emigrazione nel 1709. In questo periodo, con l'importazione di schiavi africani, la popolazione amerindiana riuscì a ottenere più libertà.

Le condizioni per l'indipendenza del Brasile iniziarono a prendere forma. Poiché le élite portoghesi ricevevano la maggior parte dei profitti delle miniere d'oro brasiliane, i proprietari di piantagioni e di miniere iniziarono a protestare contro la riaffermazione del controllo imperiale e dell'imposizione di nuove tasse. Le prime manifestazioni dell'indipendentismo brasiliano, da cui sarebbe scaturita nel 1789 lInconfidência Mineira, si ebbero già durante l'Età Pombalina. Questa situazione fu aggravata quando scoppiarono le guerre napoleoniche all'epoca del Regno di Maria I del Portogallo e della reggenza del figlio Giovanni e quando iniziò il processo d'indipendenza dei paesi dell'America spagnola. Questi fattori crearono una situazione tesa tra Lisbona e la colonia che venne tuttavia, almeno momentaneamente attenuata con il trasferimento della corte portoghese in Brasile avvenuto nel 1808. Il principe reggente Giovanni dichiarò il Brasile come viceregno e il nome ufficiale del Portogallo divenne Regno Unito di Portogallo, Brasile e Algarve.

Nel 1703 venne siglato il Trattato di Methuen tra Pietro II del Portogallo e Carlo II d'Inghilterra. Il trattato prese il nome da John Methuen, l'ambasciatore straordinario britannico in Portogallo. Il trattato cementò l'alleanza politica ed economica tra Gran Bretagna e Portogallo durante la Guerra di successione spagnola e creò un patto commerciale favorevole ad entrambe le nazioni, in particolare si stabiliva che i tessuti inglesi avrebbero avuto delle condizioni di vantaggio in Portogallo, viceversa i vini portoghesi sarebbero stati privilegiati in Inghilterra. Il Trattato di Methuen giocò un'importante parte nello sviluppo dell'industria vitivinicola della regione di Porto.

Nell'alleanza con l'Inghilterra nella guerra di successione spagnola, i portoghesi ottennero la protezione degli anglo-olandesi. Il Portogallo soffrì gli attacchi francesi a Rio de Janeiro e a Capo Verde ma riuscì a resistere. In Europa, i portoghesi stavano a fianco dell'alleanza antiborbonica e riuscirono a penetrare in Castiglia, ma vennero sconfitti nella battaglia di Almansa dell'aprile 1707. Nel 1713 venne siglato un armistizio con la Francia, mentre venne firmata la pace con la Spagna nel 1715.

Il Marchese di Pombal

Quando Giovanni V morì nel 1750, venne succeduto al trono dal Principe Giuseppe Emanuele, il quale regnò con il nome di Giuseppe I. Fu amante della vita di palazzo, dell'opera, e fu devoto verso la Chiesa cattolica. Giuseppe I poté godere delle ricchezze familiari tratte dall'oro brasiliano e poté, invece di governare direttamente, delegare tutti i suoi poteri al Sebastião José de Carvalho e Melo (), futuro Conte di Oeiras e Marchese di Pombal ().

Il Marchese di Pombal cercò di rivedere tutti gli aspetti della politica economica, sociale e coloniale per fare del Portogallo un concorrente più efficiente con le altre grandi potenze europee. Impressionato dal successo economico inglese, di cui fu testimone mentre era ambasciatore a Londra, riuscì a trapiantare anche in Portogallo alcune politiche economiche simili a quelle inglesi. Fu responsabile dell'abolizione della schiavitù nei possedimenti portoghesi in India, dello sviluppo del vino Porto e alla fine delle discriminazioni contro i cristiani non cattolici presenti in Portogallo. Riuscì anche a riorganizzare l'esercito e la marina, portando la forza portoghese a circa novantamila uomini.

Durante l'Illuminismo, il Portogallo fu considerato uno dei paesi più regrediti culturalmente; nel 1750 su una popolazione di tre milioni di abitanti, circa duecentomila erano in 538 monasteri. Il Marchese di Pombal era imbarazzato dall'oscurantismo portoghese. Avendo vissuto come ambasciatore in due maggiori centri dell'illuminismo europeo, Vienna e Londra, identificò nei gesuiti come un ostacolo alla nascita dell'illuminismo portoghese. Specialmente in Inghilterra, venne a contatto con la tradizione antigesuita di quel paese e a Vienna fece amicizia con Gerard van Swieten, un fiero avversario dei gesuiti austriaci. Come primo ministro il Marchese di Pombal si impegnò in una propaganda contro i gesuiti, lanciando una serie di teorie e presunte cospirazioni dell'ordine.

Il Marchese di Pombal utilizzò l'Affare Távora per eliminare dalla scena politica portoghese una parte dell'alta aristocrazia a lui avversa, accusando vari esponenti di tradimento e di tentato regicidio, colpendo contestualmente la Società di Gesù ostile alle sue politiche. Fu un importante precursore dell'espulsione dei gesuiti che culminò nel 1773 con la soppressione dell'ordine da parte di Papa Clemente XIV.

Ulteriori riforme furono programmate in ambito educativo, creando le basi per la scuola primaria e secondaria pubblica e laica, introdusse la formazione professionale, creò centinaia di nuovi posti per insegnanti, aggiunse dipartimenti di matematica e scienze naturali all'Università di Coimbra e introdusse nuove tasse per sostenere queste riforme.