Studiò all'Università Ruprecht Karl di Heidelberg e all'Università di Gießen. Nel 1855 lavorò all'Università di Monaco dove nel 1870 fu nominato professore di anatomia e secondo curatore dell'istituto anatomico.
Rüdinger è ritenuto di aver introdotto un nuovo metodo di preservazione dei corpi nella stanza di dissezione. Questa procedura prevedeva l'iniezione di fenolo con glicerina e alcool. In aggiunta è ricordato per utilizzare le fotografie per le diagnosi.
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