Professionista dal 1903 al 1911 prese parte alla prima storica edizione del Tour de France nel 1903 concludendo al nono posto della generale, mentre vinse una tappa al Tour de France 1904.
Anche i suoi fratelli Omer, Alexandre, Charles, Joseph e Théodore furono ciclisti, ma solo Omer Beaugendre ottenne risultati significativi fra cui la vittoria della Parigi-Tours del 1908 corsa in cui François arrivò ottavo
Palmarès 1904 (Cycles JC, una vittoria) 4ª tappa Tour de France (Tolosa > Bordeaux)
Piazzamenti Grandi Giri Tour de France 1903: 9º 1904: ritirato (5ª tappa) 1906: ritirato (8ª tappa) 1907: 5º 1908: 13º
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