Il Campionato di calcio della Repubblica Socialista Sovietica d'Estonia 1946 era la massima divisione del campionato estone ed era un campionato regionale sovietico. La vittoria finale andò al BLTSK che vinse il primo titolo della sua storia.
Formula Il campionato era formato da sei squadre che si incontrarono in gironi di andata e ritorno, per un totale di 10 partite.
Classifica finale Squadra117108113110+21 2TÜM Tallinn14106221810+8 311105141710+7 4Dünamo Rakvere11104331311+2 5Dünamo Tallinn B510217922-13 6Spartak Tallinn210109833-25
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