È considerato il primo capo di Stato della repubblica del Nagorno Karabakh (oggi conosciuta come Repubblica dell'Artsakh) in quanto eletto, all'indomani della proclamazione ufficiale dell'indipendenza (6 gennaio 1992), presidente del Consiglio supremo del Nagorno KarabakhIl primo Presidente della repubblica sarà Robert Kocharyan nominato il 29 dicembre 1994. Sino ad allora il ruolo di capo dello stato verrà ricoperto dal Presidente del parlamento (Consiglio supremo).
Poche settimane dopo il suo insediamento l'Azerbaigian mosse guerra contro la neonata repubblica e Mkrtchyan si adoperò per aumentarne la capacità difensiva.
Ha espletato il suo mandato per poco più di tre mesi poiché nel successivo mese di aprile, a soli trentatré anni, fu colpito a morte nella sua abitazione in circostanze mai chiarite.
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