Carriera Fu selezionato al ventesimo turno del draft 2000 dai Pittsburgh Pirates.

Terminata la stagione 2003 passò ai Baltimore Orioles, squadra con cui debuttò nella MLB il 4 aprile 2004, al Camden Yards di Baltimora contro i Boston Red Sox.

Bautista è stato miglior battitore di fuoricampo della American League nel 2010 e nel 2011 ed è il primatista nella storia dei Blue Jays in fuoricampo in una singola stagione (54).

Il 18 aprile 2018, Bautista firmò un contratto di minor league con gli Atlanta Braves. Il 4 maggio, i Braves annunciarono che Bautista, sarebbe stato impiegato in major league come terza base a partire dal primo scontro, della serie di tre contro i San Francisco Giants. Il 12 maggio 2018, Bautista colpì il suo primo fuoricampo con i Braves. Il 20 maggio fu svincolato dalla squadra. Il 22 maggio, Bautista firmò un contratto valido un anno con i New York Mets. Il 28 agosto i Mets scambiarono Bautista con i Philadelphia Phillies in cambio di un giocatore da nominare in seguito.

Nel 2023 ha siglato un contratto di un giorno con i Toronto Blue Jays per poi ritirarsi.

Nazionale Con la nazionale di baseball della Repubblica Dominicana ha disputato il World Baseball Classic 2009 e il World Baseball Classic 2017. Nel 2020 partecipò ai giochi olimpici, conquistando una medaglia di bronzo.

Palmarès Club MLB All-Star: 6 2010–2015 Silver Slugger Award: 3 2010, 2011, 2014 Hank Aaron Award: 2 2010, 2011 Leader della MLB in fuoricampo: 2 2010, 2011 Giocatore del mese dell'American League: 5 (Luglio 2010, Agosto 2010, Aprile 2011, Maggio 2011, Giugno 2012) Giocatore della settimana dell'American League: 4 (16 Maggio 2010; 1 agosto 2010; 29 agosto 2010; 3 luglio 2011)

Nazionale Giochi olimpici: Medaglia di Bronzo Team Rep. Dominicana: 2020

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