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La seconda stagione della serie animata Scooby-Doo - Mystery, Inc. va in onda negli USA dal 30 luglio 2012 su Cartoon Network, mentre in Italia a partire dal 31 ottobre 2012 su Boomerang.

nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA Prima TV Italia1The Night the Clown CriedLa notte del Clown30 luglio 201231 ottobre 20122The House of the Nightmare WitchLa strega Baba Jaga31 luglio 20125 novembre 20123The Night the Clown Cried II: Tears of DoomLa notte del Clown II: Lacrime Fatali1º agosto 20126 novembre 20124Web of the Dreamweaver!Gioco di ruolo2 agosto 20127 novembre 20125The Hodag of HorrorIl mostro delle campane3 agosto 20128 novembre 20126Art of Darkness!Colpo della Polka6 agosto 20129 novembre 20127The Gathering GloomIl mistero s'infittisce7 agosto 201212 novembre 20128Night on Haunted MountainLa baia di cristallo8 agosto 201213 novembre 20129Grim JudgmentIl pellegrino fustigatore9 agosto 201214 novembre 201210Night TerrorsIl mistero del castello10 agosto 201215 novembre 201211The Midnight ZoneLa città sommersa13 agosto 201216 novembre 201212ScarebearIl Mostrorso14 agosto 201219 novembre 201213Wrath of the KrampusIl mostro robot15 agosto 201220 novembre 201214Heart of EvilQuest X16 agosto 20124 marzo 201315Theater of DoomIl teatro maledetto17 agosto 201216Aliens Among UsGrigi, rettiliani e affini25 marzo 20135 marzo 201317The Horrible HerdCaccia alla regina18Dance of the UndeadBallo con gli zombie26 marzo 20136 marzo 201319The DevouringLa dieta del vorace27 marzo 201320Stand and DeliverIl Brigante Gentiluomo28 marzo 20137 marzo 2013 21The Man of the MirrorAttraverso lo specchio29 marzo 201322Nightmare in RedIl segreto del sarcofago2 aprile 20138 marzo 201323Dark Night of the HuntersIl Cuore del Giaguaro3 aprile 201324Gates of GloomL'esercito dei robot4 aprile 201311 marzo 201325Through the CurtainLe porte dell'abisso 5 aprile 201326Come UndoneI misteri non finiscono mai12 marzo 2013

La notte del Clown 7 settimane dopo la separazione della Mystery Incorporated a Crystal Cove si aggira un feroce criminale che si fa chiamare "Clown Gne-Gne Bebè", che sparge in giro per la città delle bombe distruttive, arrivando a far saltare in aria l'auto dello sceriffo Stone, che fortunatamente riesce a salvarsi. Janet Nettles, la nuova sindaca di Crystal Cove, dopo che Fredrick Jones Sr. è stato arrestato in qualità di colpevole della sparizione dell'originaria Mystery Inc, all'interno del suo ufficio, viene avvicinata da una figura incappucciata dalla voce soffocata, che suggerisce alla donna di ritrovare il più in fretta possibile Fred, Daphne, Velma, Shaggy e Scooby, se vuole che Crystal Cove viva ancora. Nel frattempo, Scooby abita oramai in una desolata fattoria dove le razzie nei confronti del cane sono all'ordine del giorno. Una notte, Scooby riesce a scappare, e a metà strada, viene prelevato da Janet, la quale chiede aiuto nella ricerca degli altri membri della Mystery Inc. Scooby porta via Shaggy dall'accademia militare servendosi di un carro armato, e sono vani i tentativi del comandante di fermarli, e successivamente, i due amici, si ricongiungono. Intanto, Fred sta ancora continuando a perlustrare Crystal Cove nella speranza di incontrare i suoi veri genitori, Brad Chiles e Judy Reeves, ma si riduce ad essere un barbone vagabondo. Shaggy e Scooby riabbracciano l'amico, e lo persuadono a dar loro una mano con il Clown Gne-Gne Bebè. Fred è d'accordo, ma una volta risolto l'arcano, ritornerà alle sue ricerche. In città, i 3 ragazzi si imbattono nel mostro, e mentre Shaggy e Scooby salgono a bordo della Mystery Machine, Fred inizia a svignarsela per evitare le bombe del Clown, finché, con una trappola da lui stesso creata in passato, la medesima sagoma incappucciata non lo salva. Fred, dal sarcasmo utilizzato dall'individuo, capisce che si tratta proprio di Velma, che finalmente riabbraccia l'amico, per poi ritornare nella Mystery Inc. assieme anche a Shaggy e Scooby. Velma spiega ai ragazzi che da quando la squadra si è sciolta, è stato il caos a regnare a Crystal Cove, ed è rimasta alquanto ferita dalla partenza di Fred. Velma racconta inoltre che, dall'incarcerazione di Jones, non si sono avute più notizie di Mr. E, così come per Pericles, che è fuggito con i pezzi del Disco Planisferico. In quanto ad Angel, Velma dice che la donna ha provato a presentarsi da lei per delle scuse, ma non volle riceverla. Fred, per il momento, mira solamente alla cattura del Clown Gne-Gne Bebè, ma non possono farlo senza Daphne, l'unica assente all'appello. Velma pensa che questo possa essere un problema, dal momento che Daphne ha completamente gettato dietro di sé il passato, la Mystery Incorporated e l'amore per Fred, tanto da essersi fidanzata con il famoso attore Baylor Hotner, che alberga a Crystal Cove per delle ricerche sul suo prossimo film. Daphne si scontra con Fred, ma dal trasandato aspetto del giovane, non lo riconosce, e anzi, lo scambia per un senzatetto, dopodiché, va via con Baylor. Fred, Velma, Shaggy e Scooby vengono convocati in municipio per un incontro con gli abitanti di Crystal Cove per decidere sul da farsi, e scoprono che non corre buon sangue tra Janet e lo sceriffo Stone, visto che Bronson aspirava all'incarico di sindaco della città. La riunione dura poco quando, inaspettatamente, compare il Clown, che offre un ultimatum a Crystal Cove: dargli 5 milioni di dollari, e abbandonare così il ruolo di pagliaccio cattivo, o continuare a seminare il panico. La Mystery Inc. lotta per il bene della città, ma Fred si spaventa perché ha un'amnesia che gli vieta di ricordare le sue capacità nel fabbricare trappole. A quel punto, il Clown fa esplodere parte del municipio, ma tutti si salvano. Anche Velma condivide con Fred il fatto di non essere più nella condizione di saper risolvere i misteri, di conseguenza, i quattro credono che la ragione di tutto sia la mancanza di Daphne. Allora, Fred fa un ultimo tentativo di riportarla nella Mystery Inc., ma Daphne ammette di essere cambiata e di aver chiuso per sempre con lui e i misteri. Nonostante la scenata di Daphne, Fred crede che la ragazza sia con loro e che abbia finto solo perché era presente Baylor. Fred, Velma, Shaggy e Scooby escogitano una trappola, e riservano un posto per Daphne, che dovrebbe dare il colpo di grazia al Clown. Al momento più opportuno, i ragazzi notano che Daphne ancora non è arrivata, dando dunque la libertà al mostro, che fa esplodere un magazzino di fuochi d'artificio, e poi, scappa via, riuscendo a farla franca. Infine, Velma, Shaggy e Scooby confortano Fred, che ha finalmente capito che Daphne non tornerà mai più.

Mostro: Clown Gne-Gne Bebè. Note: Il titolo dell'episodio e un chiaro riferimento al film di Jerry Lewis, The Day the Clown Cried. Baylor Hotner è ispirato a Taylor Lautner, il licantropo della famosa saga cinematografica Twilight che nell'episodio e chiamata "Tenebra". Tra l'altro il suo doppiatore, Matt Lanter, ha recitato nel ruolo di Edward Cullen, nella parodia di Twilight: Mordimi. Il clown menziona "Mano Tiki Tia", mostro catturato in Scooby-Doo, pensaci tu! Ma alle hawaii Daphne dice a Baylor di non essere mai andata più lontano di Gatorsburg.

La strega Baba Jaga Russia. In una gelida notte, Velma e la ragazza Hot Dog, ossia Marcie Fleach, entrano in un museo nel quale è custodita la casa di una strega del Folklore, Baba Jaga, per recuperare un oggetto bramato da Mr. E, verso cui lavorano. I piani delle ragazze vengono rovinati dall'arrivo di un custode, anche se, improvvisamente, la statua di Baba Jaga prende vita e lo assale. Mr. E contatta Velma e Marcie, dicendo loro che a questo punto, è meglio comprare la casa e spedirla a Crystal Cove. Intanto, la scuola per la gang è ricominciata, ma le cose non sono più le stesse da quando Daphne non vuole saperne più di risolvere misteri, e ignora spudoratamente la Mystery Inc. come se non fossero mai stati suoi amici. Per colmare il vuoto che ha lasciato Daphne, Velma suggerisce di aggiungere al gruppo Marcie, la cui pena per aver finto di essere una Manticora è stata condonata per aver reso il sistema di sicurezza della prigione più efficace e spietato, e ora, è sotto l'ala di Velma. Shaggy e Scooby sono d'accordo, nonostante Fred sia restio alla decisione, pensando che nessuno mai sarà in grado di sostituire Daphne. Nel frattempo, la casa di Baba Jaga, sottocommissione di Mr. E, è appena approdata a Crystal Cove. Misteriosamente, la casa si anima, facendosi spuntare due enormi zampe di gallina, davanti agli occhi sbalorditi del direttore Vronski e della vice-direttrice Anna Arkadjevna, del museo russo. Anna viene inghiottita dall'abitazione, che in seguito, si dilegua. La Mystery Inc apprende dalla radio della polizia, della casa di Baba Jaga in fuga, e decidono di iniziare le indagini. Fred, Velma, Marcie, Shaggy e Scooby si inoltrano nella radura in cui si sarebbe rifugiato lo stabile, ma Velma e Marcie continuano a far finta di nulla per mantenere nascosta la loro collaborazione con Mr. E. I ragazzi trovano l'inquietante magione, ma prima di poterci entrare, Baba Jaga scaglia la sua ira sui giovani risolutori, che se la danno a gambe, mentre la casa scompare tra gli alberi. La Mystery Inc. chiama a raccolta lo sceriffo Stone, il sindaco Nettles e il direttore Vronski, il quale racconta della terribile esperienza con la casa. Velma e Marcie si allontanano dalla scena per telefonare Mr. E, che le convince a non smettere di cercare l'abitazione. Scooby, tuttavia, ascolta la conversazione, e subito dopo, avverte Shaggy e Fred, il quale ha sempre vissuto in condizioni penose nella casa dove un tempo vi era anche il suo finto padre, l'ex sindaco Jones. A notte fonda, Velma e Marcie, seguendo lo strano liquido nero che il maniero infestato si lascia dietro, scovano la casa di Baba Jaga, apparentemente disabitata. Al suo interno, le due ragazze trovano il terzo pezzo del Disco Planisferico, oggetto desiderato da Mr. E, ma vengono colte sul fatto da Fred, Shaggy e Scooby. Dunque, Velma si giustifica, dicendo che, dopo essere stata piantata in asso dalla squadra, si è unita al team di Mr. E per recuperare i restanti pezzi del Disco Planisferico, così da impedire al Professor Pericles di raggiungere il suo scopo di entrare in possesso del tesoro maledetto. Velma dimostra di stare dalla parte dei compagni, consegnando loro il terzo frammento, ma in quel momento, la casa prende vita e aggredisce i ragazzi, sbattendoli fuori. Marcie riconosce nello strano liquido che fuoriesce dall'abitazione, lo stesso che suo padre utilizzava nel Luna Park, e Fred trova un pezzo di vetro lasciato da Baba Jaga. Fred convince Daphne a dare una mano con le investigazioni, e la ragazza comunica che il brandello di vetro è parte di un Uovo Fabergé. Vicini alla risoluzione del mistero, la gang, eccetto Daphne, raggiunge il porto, dal momento che Velma afferma il fatto che il fluido dell'abitazione della strega è usato anche per le navi. Qui, la casa di Baba Jaga li attacca ancora una volta, ma, con l'ausilio della Mystery Machine e di una fune, gli amici smascherano la strega come il direttore Vronski. Quest'ultimo, approfittando del suo incarico, ha potuto modificare la casa, in modo da utilizzarla come mezzo per spedire le Uova Fabergé, così da rivenderle, e se qualcuno lo avesse intralciato, lui avrebbe azionato l'abitazione per spaventarlo. Verso la fine della puntata, Marcie ammette di essere felice di far parte della squadra, ma Fred persegue il desiderio di riavere con loro la sua amata Daphne. I ragazzi scortano Marcie a casa, dove ad attenderla c'è Mr. E, il quale le dice che ormai non si può più fidare di Velma, poiché lo ha tradito per il suo gruppo, per cui, minaccia Marcie, obbligandola ad essere i suoi occhi e le sue orecchie in modo tale da spiare ogni mossa della Mystery Incorporated.

Mostro: Baba Jaga / Mr. Vronski. Indizi: Terzo pezzo del Disco Planisferico. Note: L'episodio è un riferimento a Bartok il magnifico.