L'Everton ha una storia lunga e colma di avvenimenti.

Il destino del club prese vita quando la congrega di Metodisti inglesi chiamata "New Connexion", fondata da Guto Sion Jones nel 1865, costruì nel 1868 una nuova cappella nell'area di Liverpool. L'anno seguente la chiesa acquisì delle terre su Breckfield Road North, tra St. Domingo Vale e St. Domingo Grove, queste erano localizzate vicino al quartiere Everton, che era diventato parte della città di Liverpool nel 1835. Nel 1878 fu fondato il St. Domingo's F.C. Nell'arco di un anno la popolarità della piccola squadra, impegnata contro avversarie locali, crebbe al punto tale che furono tanti i giocatori provenienti da altre zone della città che entrarono a farne parte, e fu allora deciso di cambiarne il nome, per staccarsi dalla pura rappresentatività di una parrocchia e crescere. Da allora l'Everton ha avuto una storia gloriosa, dalla vittoria in Coppa delle Coppe, ai nove titoli inglesi e le cinque FA Cup. L'Everton inoltre è uno dei club che hanno disputato più stagioni nel massimo campionato inglese.

La fondazione La Chiesa Metodista St. Domingo venne aperta nel 1871, prendendo il nome dalla strada su cui era stata costruita che a sua volta prendeva il nome dalla St. Domingo House, un edificio del 1758 costruito dal mercante di zucchero della Compagnia delle Indie Occidentali George Campbell, il quale più avanti, nel 1763, divenne sindaco di Liverpool. Sei anni dopo, il reverendo Ben Swift Chambers creò una squadra di cricket per i più giovani frequentatori della parrocchia, ma siccome veniva giocato solamente d'estate, d'inverno le stanze venivano usufruite per sport diversi. Così nacque il club di calcio chiamato St. Domingo's F.C. formatosi ufficialmente nel 1878.

L'interesse per la squadra crebbe a tal punto che molta gente al di fuori della parrocchia cominciò a parteciparvi. Si decise così che il nome avrebbe dovuto essere cambiato. Nel novembre 1879 durante un meeting al Queen's Head Hotel, il nome del team fu cambiato in Everton Football Club, dal nome del distretto, a poca distanza dalla Ancient Everton Toffee House, dalla quale venne desunto il famoso soprannome, e dalla torre del riformatorio, nota come Prince Rupert's Tower, che figura ancora oggi nello stemma della società.

Originariamente, l'Everton giocava in uno spiazzo nell'angolo sud-est dello Stanley Park, il famoso parco cittadino, oggi sito proposto per il nuovo stadio del Liverpool F.C. Il primo match ufficiale con il nuovo nome venne vinto con un sontuoso 5-0 contro il St. Peters il 20 dicembre del 1879, che vide l'Everton esordire con maglie a strisce bianche e blu. Le squadre di calcio professioniste tuttavia necessitavano di appropriate strutture, fu così che nel 1882 Mr. J. Cruit, concesse un terreno su Priory Road che divenne la casa del club per due anni. Tuttavia, quando il tifo divenne troppo ampio e rumoroso, Mr. Cruit dovette chiedere all'Everton di trasferirsi, la nuova location sarebbe stata vicino Anfield. Un anno dopo il trasferimento e dopo la costruzione di tribune coperte, l'Anfield venne comprato. Il club era così ufficialmente cresciuto da amatoriale a professionistico.

L'alba della Football League (1888 - 1915)

+ Stagioni 1888–1915 in Football League Stagione Categoria Posizione Punti 1888/89 1ª 8/12 20 1889/90 1ª 2/12 31 1890/91 1ª 1/12 29 1891/92 1ª 5/12 28 1892/93 1ª 3/16 36 1893/94 1ª 6/16 33 1894/95 1ª 2/16 42 1895/96 1ª 3/16 39 1896/97 1ª 7/16 31 1897/98 1ª 4/16 35 1898/99 1ª 4/18 38 1899/00 1ª 11/18 33 1900/01 1ª 7/18 37 1901/02 1ª 2/18 41 1902/03 1ª 12/18 32 1903/04 1ª 3/18 43 1904/05 1ª 2/18 47 1905/06 1ª 11/20 37 1906/07 1ª 3/20 45 1907/08 1ª 11/20 36 1908/09 1ª 2/20 46 1909/10 1ª 10/20 40 1910/11 1ª 4/20 45 1911/12 1ª 2/20 46 1912/13 1ª 11/20 37 1913/14 1ª 15/20 35 1914/15 1ª 1/20 46 Nel 1888 l'Everton venne ammesso come membro fondatore della neonata Football League, finendo ottava alla prima stagione e seconda nella seguente. In entrambe si laureò campione d'Inghilterra il Preston North End. La stagione 1890/91 cominciò in modo superbo con cinque vittorie di fila, con Fred Geary marcatore in tutti i primi sei match di campionato. A metà gennaio l'Everton aveva solo un'ultima partita da disputare e aveva finora accumulato 29 punti, mentre il Preston North End era dietro ad 11 punti di distanza con ancora sette partite da disputare. Entrambi i team giocarono la loro ultima partita di campionato il 14 marzo, che vide l'Everton perdere 3-2 sul campo del Burnley e il Preston crollare 3-0 a Sunderland. L'Everton poté così vincere il suo primo campionato di Football League con un margine di due punti sulla inseguitrice, vincendo quattordici delle ventidue partite giocate. Geary giocò tutti i match e divenne il capocannoniere della squadra con i suoi ventuno goal. Dopo il primo campionato vinto, il presidente dell'Everton John Houlding e il comitato di società entrarono in un complicato conflitto interno per problemi economico-politici. Questo fece sì che Houlding si separò dalla società e creò una nuova compagnia nel 1892, chiamata Liverpool F.C.

L'Everton dunque abbandonò l'Anfield il 18 aprile 1892 giocando la sua ultima partita contro il Bolton Wanderers e si trasferì al Goodison Park, nell'area nord di Stanley Park.

Successivamente al trasferimento al Goodison Park, l'Everton giocò ben quattro finali di FA Cup prima della Grande Guerra, perdendo la prima per 1-0 contro il Wolverhampton Wanderers al Fallowfield Stadium il 26 marzo 1893 e la seconda contro l'Aston Villa per 3-2 al Crystal Palace di Londra il 10 aprile 1897. Al terzo tentativo arrivò il primo trofeo di lega, battendo il Newcastle United il 20 aprile 1906, in quel Crystal Palace che li aveva visti sconfitti al traguardo appena 9 anni prima. Il secondo trofeo arrivò nell'anno successivo, il 20 aprile 1907 in un match che vide l'Everton battere lo Sheffield Wednesday per 2-1. Nella stagione 1914/15, che fu l'ultima prima della sospensione forzata causata dalla Prima Guerra Mondiale, l'Everton conquistò il suo secondo titolo di campione d'Inghilterra, vincendo il campionato ad un punto di distanza dall'Oldham Athletic.

Gli anni tra le guerre (1919 - 1939) + Stagioni 1919–1939 in Football League Stagione Categoria Posizione Punti 1919/20 1ª 16/22 38 1920/21 1ª 7/22 47 1921/22 1ª 20/22 36 1922/23 1ª 5/22 47 1923/24 1ª 7/22 49 1924/25 1ª 17/22 35 1925/26 1ª 11/22 42 1926/27 1ª 20/22 34 1927/28 1ª 1/22 53 1928/29 1ª 18/22 38 1929/30 1ª 22/22 35 1930/31 2 1/22 61 1931/32 1ª 1/22 56 1932/33 1ª 11/22 41 1933/34 1ª 14/22 40 1934/35 1ª 8/22 44 1935/36 1ª 16/22 39 1936/37 1ª 17/22 37 1937/38 1ª 14/22 39 1938/39 1ª 1/22 59

William Ralph Dean, meglio conosciuto come "Dixie" Dean (nomignolo che lui stesso odiava), strepitoso colpitore di testa, fu uno dei più grandi marcatori che abbiano mai solcato i campi di calcio d'Inghilterra. Dopo una stagione prolifica con il Tranmere Rovers, il 16 marzo 1925, il diciottenne centravanti attraversò il fiume Mersey per accasarsi e giocare all'Everton, in un trasferimento che costò 3000 sterline per il club di Liverpool. Nella sua prima stagione da Toffeeman, 1925/26, Dixie Dean segnò 32 goal in 38 partite di campionato, realizzando una doppietta al suo debutto. La stagione seguente siglò 21 goal in 27 incontri. Nella stagione 1927/28 Dean scrisse una pagina di storia del calcio inglese, segnando 60 goal in 39 partite (di cui 31 reti in 15 gare esterne e 29 in 14 gare al Goodison Park), un record che tutt'oggi rimane imbattuto e che consegnò all'Everton il terzo titolo di lega. A causa di una bizzarra serie di eventi e di contrasti interni al club, nel 1930 l'Everton terminò ultima la sua stagione in prima categoria che la condannò alla retrocessione in Second Division. Con i suoi 39 goal in 37 match, Dean portò l'Everton alla promozione dopo l'esperienza di un anno nella serie cadetta, terminando primi il campionato. La stagione seguente, quella 1931/32, Dixie Dean segnò 45 goal portando ancora una volta l'Everton alla vittoria del campionato inglese. Nel 1933, l'Everton vinse l'FA Cup in finale contro il , battendo i citizens per 3-0 in un match storico, in quanto per la prima volta vennero inserite le numerazioni dietro le maglie per i giocatori in campo. In particolare, ai giocatori dell'Everton vennero riservati i numeri dall'1 all'11, mentre ai giocatori del City le seguenti undici numerazioni. Dixie Dean divenne il primo numero 9 dell'Everton, numero che divenne immediatamente a livello nazionale ed internazionale sinonimo di centravanti prolifico e di comando, caratteristiche che incarnavano perfettamente lo storico attaccante dei Toffees. Dean giocò la sua ultima partita con l'Everton l'11 dicembre 1937, trasferendosi al Notts County, con un totale di 383 goal in 433 partite con la casacca dei Toffees. Il centravanti inglese nato il 22 gennaio 1907 nel Cheshire, morì il 1º marzo 1980 al Goodison Park durante un Merseyside Derby, contro il Liverpool, che stava guardando dagli spalti. Nella stagione 1938/39 l'Everton con Joe Mercer, T. G. Jones e Tommy Lawton vinse la sua quinta First Division. Lawton, arrivato dal Burnley alla giovane età di 19 anni, segnò 34 goal che gli consegnarono il titolo di erede di Dean. Tuttavia ancora una volta la guerra si affacciava sul Vecchio Continente e l'Everton affrontava lo stop per la Seconda Guerra Mondiale, che durò per sei anni, ancora una volta da campione in carica come era accaduto nella stagione che precedette il primo conflitto mondiale.

Gli aridi anni quaranta e cinquanta (1945 - 1960) + Stagioni 1946–1961 in Football League Stagione Categoria Posizione Punti 1946/47 1ª 10/22 43 1947/48 1ª 14/22 40 1948/49 1ª 18/22 37 1949/50 1ª 18/22 34 1950/51 1ª 22/22 32 1951/52 2ª 7/22 44 1952/53 2ª 16/22 38 1953/54 2ª 2/22 56 1954/55 1ª 11/22 42 1955/56 1ª 15/22 40 1956/57 1ª 15/22 38 1957/58 1ª 16/22 37 1958/59 1ª 16/22 38 1959/60 1ª 15/22 37 1960/61 1ª 5/22 50 La grande rosa trionfatrice della stagione 1938/39 fu velocemente smantellata. Il prolifico centravanti Tommy Lawton venne venduto al Chelsea, e la veloce ala Joe Mercer, dopo un litigio con l'allenatore Theo Kelly, si trasferì all'Arsenal. Gli anni quaranta videro un Everton sterile e mai nella parte alta della classifica. Sotto la guida di un Cliff Britton privo di ispirazione e finanze, l'Everton retrocesse dopo la stagione 1950/51 per la sua seconda volta in Second Division. Questa volta l'esperienza nella serie cadetta durò tre stagioni, l'ultima delle quali terminata nel 1954 in seconda posizione, che permise la promozione in First Division, decisa nell'ultimo incontro di campionato contro l'Oldham, battuto per 4-0 in trasferta. Gli anni cinquanta tuttavia hanno visto indossare la casacca royal blue a giocatori notevoli come Dave Hickson e Bobby Collins. Inoltre vennero disputati match memorabili, uno di questi interruppe la lunga striscia d'imbattibilità casalinga del Manchester United che venne sconfitto nel 1956 per 5-2. L'Everton inoltre per due volte raggiunse la semifinale di FA Cup, nel 1950 perdendo poi nel derby con i rivali del Liverpool e nel 1953 sconfitta dal Bolton.

La "School of Science" di Harry Catterick (1961 - 1973) + Stagioni 1961–1973 in Football League Stagione Categoria Posizione Punti 1961/62 1ª 4/22 51 1962/63 1ª 1/22 61 1963/64 1ª 3/22 52 1964/65 1ª 4/22 49 1965/66 1ª 11/22 41 1966/67 1ª 6/22 48 1967/68 1ª 5/22 52 1968/69 1ª 3/22 57 1969/70 1ª 1/22 66 1970/71 1ª 14/22 37 1971/72 1ª 15/22 36 1972/73 1ª 17/22 37