L'E3 Prijs Vlaanderen 2003, quarantaseiesima edizione della corsa, valido come evento del circuito UCI categoria 1.1, fu disputato il 29 marzo 2003 per un percorso di 209 km. Fu vinto dall'olandese Steven de Jongh, al traguardo in 4h33'00" alla media di 45,934 km/h.
Dei 163 ciclisti alla partenza furono 79 a portare a termine il percorso.
Ordine d'arrivo (Top 10) CorridoreSquadraTempo1 Steven de Jongh Rabobank4h33'00"2 Steffen WesemannTelekoms.t.3 Stijn DevolderVlaanderens.t.4 Raivis BelohvoščiksMarluxa 4"5 Frédéric GuesdonFdjeux.coms.t.6 Enrico CassaniAlessios.t.7 Jaan KirsipuuAG2Ra 26"8 Jans KoertsBankgiroloterijs.t.9 Jo PlanckaertCofidiss.t.10 Max van HeeswijkUS Postals.t.
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2003 Categoria:Ciclismo nel 2003