Gli All Japan Indoor Tennis Championships 2006, noti come Shimadzu All Japan Indoor Tennis Championships per motivi di sponsorizzazione, sono stati un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito delle ATP Challenger Series 2006. Il torneo si è giocato a Kyoto in Giappone dal 6 al 12 marzo 2006 su campi in cemento indoor.
Vincitori Singolare
Nicolas Mahut ha battuto in finale Lu Yen-hsun con il punteggio di 6–4, 6–1
Doppio
Alun Jones / Jonathan Marray hanno battuto in finale Prakash Amritraj / Rohan Bopanna con il punteggio di 6–4, 3–6, [14-12]
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