Il Cuenca Challenger 2006 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 2006. Il torneo si è giocato a Cuenca in Ecuador dal 10 al 16 luglio 2006 su campi in terra rossa.
Vincitori Singolare
Carlos Salamanca ha battuto in finale Giovanni Lapentti con il punteggio di 4–6, 7–6(8), 7–5
Doppio
Frank Moser / Alexander Satschko hanno battuto in finale Santiago Giraldo / Carlos Salamanca con il punteggio di 3–6, 6–3, [10–6]
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