Lo Houston Challenger 1999 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 1999. Il torneo si è giocato a Houston negli Stati Uniti dal 18 al 24 ottobre 1999 su campi in cemento.
Vincitori Singolare
Marcos Ondruska ha battuto in finale James Sekulov con il punteggio di 7–6, 6–1
Doppio
David DiLucia / Michael Sell hanno battuto in finale Bobby Kokavec / Jocelyn Robichaud con il punteggio di 7–6, 6–0
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