Biografia Nasce a Berlino, ma vive la sua giovinezza a Graz, studiando a Vienna. La famiglia d'origine appartiene alla nobiltà austriaca, tedesca, boema e francese: sua madre Ladislaja von Lamberg, contessa di Merano e baronessa von Brandhoven, è figlia di Franz von Meran e nipote dell'arciduca Giovanni d'Asburgo-Lorena, figlio dell'imperatore Leopoldo II e fratello di Francesco II.Si veda a tal proposito l'albero genealogico di ascendenza: Suo padre Eberhard de la Fontaine, conte d'Harnoncourt-Unverzagt, studiò ingegneria e lavorò a Berlino. Dal primo matrimonio del padre sono nati due figli, ma anche sua madre era già vedova al momento dell'unione dei due. Due anni dopo la nascita di Nikolaus, nasce suo fratello Philipp Harnoncourt. La famiglia si trasferisce a Graz, dove il padre ha un lavoro negli uffici governativi (Landesregierung) della Stiria.
Divenuto violoncellista, viene ammesso, per volere di Herbert von Karajan, nell'Orchestra Sinfonica di Vienna, dove suona anche sua moglie, Alice Hoffelner, con la quale fonda nel 1953 il Concentus Musicus Wien. Il gruppo si occupa dell'esecuzione di musica rinascimentale e barocca su strumenti dell'epoca e applica una lettura filologica alle musiche interpretate. Alla fine degli anni Settanta il suo lavoro con tale gruppo lo ha reso famoso in tutto il mondo.
Particolarmente rilevante il contributo che Nikolaus Harnoncourt dà all'interpretazione della musica di Johann Sebastian Bach. Emblematico, a questo riguardo, il fatto che nel 1967 diriga il Concentus Musicus Wien nella colonna sonora del film Cronaca di Anna Magdalena Bach, dove impersona il Principe Leopoldo di Anhalt-Köthen. I suoi Concerti Brandeburghesi, registrati nel 1964 a Vienna, costituiscono tuttora un'esecuzione di riferimento e, di fatto, hanno creato un nuovo paradigma interpretativo, cui si sono ispirati successivi interpreti. Di grande rilievo, parimenti, le sue esecuzioni degli oratori di Bach: la Johannes-Passion (1966), la Matthäus-Passion (1970), il Weihnachtsoratorium (1973).
Di notevole impatto, in questi oratori, l'utilizzo, oltre che di strumenti originali, anche di voci maschili nelle parti di contralto (controtenori) e di soprano (voci bianche). Nel 1971, Harnoncourt inizia un progetto congiunto con il clavicembalista e direttore d'orchestra Gustav Leonhardt, che ha conosciuto a Vienna negli anni Cinquanta, per incidere tutte le cantate di Johann Sebastian Bach. Il progetto giunge a termine nel 1990. Con l'eccezione di un paio di cantate (la numero 51 e la numero 199), questo è stato il primo e finora unico ciclo di cantate ad utilizzare coro e solisti composti di sole voci maschili.
In qualità di esperto della produzione musicale barocca, Harnoncourt coltiva il suo interesse per le musiche di Claudio Monteverdi, conosciuto ed esplorato sin dagli anni Cinquanta grazie ai contatti con Paul Hindemith, allora autorevole interprete de L'Orfeo. Nel 1971 debutta al Theater an der Wien con Il ritorno di Ulisse in patria di Claudio Monteverdi. Nel 1972 dirige la prima rappresentazione di Il ritorno di Ulisse in patria alla Piccola Scala e, nel 1978, nel Teatro alla Scala di Milano e a Edimburgo, L'Orfeo, Il ritorno di Ulisse in patria e L'incoronazione di Poppea di Monteverdi. Dal 1975 al 1979 ripropone all'Opernhaus Zürich le stesse tre opere di Monteverdi.
A partire dagli anni Ottanta, si esibisce con molte altre orchestre utilizzando strumenti moderni, ma sempre con un occhio all'inquadramento storico in termini di tempi, dinamica, e così via. Incrementa il suo repertorio, continuando a programmare le opere barocche che lo avevano reso famoso, ma anche dedicandosi al repertorio sinfonico classico e romantico: registra così con il Concertgebouw di Amsterdam i capolavori sinfonici di Mozart, le Sinfonie londinesi di Haydn, l'integrale delle sinfonie di Schubert, le sinfonie 7-8-9 di Dvorak; con la Chamber Orchestra of Europe, l'integrale delle sinfonie di Beethoven e di Schumann, oltre che una nuova versione, nei primi anni Novanta, delle ultime sinfonie di Mozart; con i Berliner Philharmoniker, l'integrale delle sinfonie di Brahms. Notevoli anche le sue incisioni, con varie orchestre, delle sinfonie 3, 4, 5, 7, 8, 9 di Bruckner.
Prosegue con grande intensità, negli stessi anni, la sua attività in ambito operistico, con un repertorio che va da Mozart a Berio comprendendo Strauss, Haydn, Verdi, Gershwin. Anche in questo caso le interpretazioni di Harnoncourt si presentano come audaci e innovatrici, suscitando talvolta polemiche, in ogni caso inducono a rivedere e ripensare criticamente una consolidata tradizione. Questo vale in particolare per il teatro di Mozart, di cui, a partire da un'intensa lettura dellIdomeneo, viene superata la visione apollinea a vantaggio di un approccio capace di cogliere contrasti ed effetti chiaroscurali; significative anche le interpretazioni di Verdi: si pensi alla lettura intima e veramente alternativa dellAida. Notevoli, d'altra parte, le versioni del Mondo della luna e dellOrlando Paladino di Haydn, che hanno il merito di rilanciare l'attenzione per una produzione operistica ingiustamente sottovalutata.
Nel 2001 la registrazione della Passione secondo Matteo di Bach, diretta da Harnoncourt, viene pubblicata con ampi riconoscimenti della critica e gli vale un Grammy Award. La confezione include tra l'altro l'intera partitura dell'opera, nella versione autografa di Bach, su un CD-ROM. Nel 2001 e nel 2003 dirige il Concerto di Capodanno di Vienna in mondovisione.
Un tratto peculiare che caratterizza l'attività artistica di Harnoncourt, negli ultimi anni, consiste nella scelta di affrontare il repertorio classico e romantico con gli strumenti d'epoca del Concentus Musicus, che, concepito inizialmente come ensemble specializzato nella musica rinascimentale e barocca, assume i tratti di una vera e propria orchestra. Di qui una nuova interpretazione, con strumenti originali, delle sinfonie e dei capolavori operistici di Mozart, nonché delle sinfonie 4 e 5 di Beethoven.
La sua carriera concertistica si chiude nel 2015 con memorabili interpretazioni di Beethoven: a maggio sono eseguite le sinfonie 4 e 5 nella sala dorata del Musikverein di Vienna, a luglio viene diretta la Missa Solemnis a Graz e a Salisburgo. Per motivi di salute non dirige i concerti con il Concentus Musicus previsti al Musikverein di Vienna e alla Scala di Milano nell'autunno del 2015. Nel concerto tenutosi al Musikverein il 5 e 6 dicembre, dedicato a pagine celebri di Johann Sebastian Bach (Suite per orchestra n. 4 BWV 1069, Unser Mund sei voll Lachens BWV 110, Lass, Fürstin, lass noch einen Strahl BWV 198), viene sostituito da Erwin Ortner, direttore dell'Arnold Schoenberg Chor. In questa occasione, che coincide con il suo 86º onomastico e compleanno, annuncia al pubblico, mediante un manoscritto autografo distribuito nella sala, il proprio ritiro: "Caro pubblico, le mie forze fisiche mi costringono a rinunciare ai progetti futuri. Subentrano in me grandi pensieri: una relazione incredibilmente profonda si è stretta tra noi, sulla scena, e voi, nella sala - noi siamo divenuti una felice comunità di pionieri! Di questo, resterà molto. Il ciclo di questo anno è ancora nel mio spirito. Restategli fedeli!". Con lui si ritira anche Alice, moglie e costante compagna della sua lunga, ricchissima e impareggiabile attività musicale. A soli tre mesi dall'annuncio del ritiro, il 5 marzo 2016, il Maestro si muore nella sua casa di Sankt Georgen im Attergau.
Harnoncourt è stato autore di diversi saggi, relativi al suo lavoro di interprete-musicologo.
CD Bach, Brandenburg Concertos - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 1964, Teldec Bach, Brandenburg Concertos - Nikolaus Harnoncourt / Concentus Musicus Wien, 1981-83, Teldec Bach, 4 Orchestral suites - Nikolaus Harnoncourt / Concentus Musicus Wien, 1967, Teldec Bach, Johannes Passion - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 1966, Teldec Bach, Matthäus-Passion - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 1971, Teldec Bach, Matthäus-Passion - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 2001, Teldec Bach, Weihnachtsoratorium - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 1973, Teldec Bach, Weihnachtsoratorium - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 2007, Harmonia Mundi Bach, Gamba Sonatas — Trio Sonata in G major - Nikolaus Harnoncourt, Frans Brüggen, Leopold Stastny, Herbert Tachezi. Clavicembalo (Martin Skowroneck), 1969, Telefunken Beethoven, Symphonies NN. 1-9 - Nikolaus Harnoncourt/Chamber Orchestra of Europe, 1991, Teldec Beethoven, Symphonies 4-5 - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 2016, Sony Beethoven, Missa solemnis - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 2016, Sony Beethoven, Fidelio - Nikolaus Harnoncourt/Chamber Orchestra of Europe, 1995, Teldec Beethoven, The Creatures of Prometheus, op. 43 - Nikolaus Harnoncourt/Chamber Orchestra of Europe, 1995, Teldec Beethoven, Piano Concertos NN. 1-5 - Nikolaus Harnoncourt/Chamber Orchestra of Europe, P.L. Aimard pf., 2003, Teldec Beethoven, Tiple Concerto & Choral Fantasy & Rondo - Nikolaus Harnoncourt/Chamber Orchestra of Europe, P.L. Aimard pf., 2004, Warner Classic Bartók: Music for Strings, Percussions and Celeste - Nikolaus Harnoncourt/Chamber Orchestra of Europe, 2004, SONY BMG/RCA Brahms, Symphonies NN. 1-4. Haydn Variations. Ouvertures - Nikolaus Harnoncourt/Berliner Philharmoniker, 3 cd, 1998, Teldec Brahms, Violin Concerto. Double Concerto - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, G. Kremer vl., C. Hagen vlc., 1997, Teldec Brahms, Piano concerto N. 1 & Ballades op. 10 - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, R. Buchbinder pf., 2001, Teldec Brahms, Piano concerto N. 2 & Rhapsodie op. 79 - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, R. Buchbinder pf., 2001, Teldec Brahms: Ein Deutsches Requiem, Op. 45 - Nikolaus Harnoncourt, Wiener Philharmoniker, Genia Kühmeier, Thomas Hampson. 2010, Sony/RCA Bruckner, Symphony N. 3 - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, 1995, Teldec Bruckner, Symphony N. 4 Romantic - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, 1998, Teldec Bruckner, Symphony N. 7 - Nikolaus Harnoncourt/Wiener Philharmoniker, 1999, Teldec Bruckner, Symphony N. 8 - Nikolaus Harnoncourt/Berliner Philharmoniker, 2001, Teldec Bruckner, Symphony N. 9 - Nikolaus Harnoncourt/Wiener Philharmoniker, 2003, RCA Bruckner, Symphony N. 5 - Nikolaus Harnoncourt/Wiener Philharmoniker, 2004, BMG Ariola/RCA Dvorak, Symphony N. 7 - The Wild Dove - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, 1998, Teldec Dvorak, Symphony N. 8 - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, 1999, Teldec Dvorak, Symphony N. 9 - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, 2000, Teldec Dvorak, Slavonic Dances - Nikolaus Harnoncourt/Chamber Orchestra of Europe, 2002, Teldec Dvorak, Piano Concerto & The Golden Spinning Wheel - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, P.L. Aimard pf., 2003, Warner Classics Gershwin, Porgy & Bess - Nikolaus Harnoncourt/Chamber Orchestra of Europe, 2009, Sony Handel, Messiah - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 2005, Harmonia Mundi Haydn, Symphonies Nos 45 & 60 - Nikolaus Harnoncourt, 1990, Teldec Haydn, Missa in tempore belli. Salve Regina - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 1997, Teldec Haydn, Paris Symphonies (NN. 82-87) - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 2005, Deutsche Harmonia Mundi Haydn, London Symphonies (NN. 93-104) - Nikolaus Harnoncourt/Concertgebouw Amsterdam, 1993, Teldec Haydn: Die Schöpfung (The Creation) - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 2003 Deutsche Harmonia Mundi Haydn: Die Jahreszeiten (The Seasons) - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 2008 Deutsche Harmonia Mundi Haydn: Die sieben letzten Worte unseres Erlösers am Kreuze (The Seven Last Words of our Saviour on the Cross) - Nikolaus Harnoncourt/Concentus Musicus Wien, 1992 Teldec