Messina venne fondata dai Greci secondo Eusebio di Cesarea nel 757 a.C., con il nome di Zancle che in Lingua sicula significa Falce. Tale data però risulta fortemente in contrasto con quanto detto da Tucidide che, pur tacendone la data di fondazione, la indica di origine calcidese e cumana.Tucidide 6, 4, 5-6 Essendo la fondazione di Cuma, da cui provenivano gli ecisti, del 750 a.C., appare evidente l'inaffidabilità dello storico latino. Conquistata dal tiranno di Reghion, Anassilao, viene occupata da genti messene e per questo appellata Messenia. Subisce le vicende della spedizione ateniese in Sicilia e in seguito alla terza guerra greco-punica viene distrutta e spopolata per la vendetta di Imilcone a seguito della battaglia di Mozia (397).
I Romani la conquistarono nel 264 a.C. e, dopo la caduta dell'Impero romano d'Occidente, fu prima in possesso dei Bizantini e quindi degli Arabi. Vive il suo massimo splendore con Ruggero II di Sicilia e i suoi successori. Nella sua antichissima storia fu più volte Capitale del Regno di Sicilia.
Nel 1060 venne strappata dal Gran Conte Ruggero I di Sicilia all'ormai in rovina Emirato di Sicilia. Entrata a far parte integrante, come seconda capitale, del Regno di Sicilia, conobbe un grande sviluppo con le dinastie sveva e angioina, il Regno di Sicilia, fino al 1283, comprese anche tutta l'Italia meridionale. Dopo i Vespri Siciliani, Messina raggiunse grande prosperità, continuando ad essere capitale del Regno di Sicilia assieme a Palermo e, grazie al suo porto, uno tra i primissimi centri commerciali e tra le più grandi, fiorenti ed importanti città del mar Mediterraneo.
Fu per lunghi secoli la città siciliana più ricca, seconda nel Mezzogiorno d'Italia solo a Napoli. Nel 1674 si ribellò alla Corona di Spagna e ne subì successivamente la repressione. Fu toccata da un grave terremoto nel 1783. Entrò a far parte del Regno d'Italia dopo la spedizione dei Mille garibaldina, anche se la cittadella cadde solo il 12 marzo 1861.
Nel 1908 subì le distruzioni di un altro terribile terremoto e, nel 1943, dei bombardamenti da parte delle forze alleate.
Le origini sicule e la città greco-siceliota
L'omonimo stretto compare già nell'Odissea di Omero come luogo di dimora dei mostri marini Scilla e Cariddi.
I ritrovamenti archeologici attestano la presenza di un villaggio dell'età del bronzo dotato di un approdo naturale e abitato da popolazioni sicane. Sullo stesso sito, a partire dal XII secolo a.C., si stanziarono i Siculi, giunti in Sicilia dall'Italia; furono questi ultimi a nominare questo sito Zancle, con il significato di "falce", in riferimento alla forma del braccio sabbioso di San Raineri, che chiude il grande porto naturale.
Il nuovo insediamento ellenico venne fondato intorno al 730 a.C., si trattava di una tra le prime colonie greche della Sicilia. Inizialmente la colonia conservò il nome, in lingua sicula, di Zancle. Secondo lo storico greco Tucidide i coloni provenivano dalla colonia calcidiese di Cuma in Magna Grecia (guidati da Periere) e dalla stessa madrepatria di Calcide nell'isola greca d'Eubea (condotti da Cratemene), madrepatria anche della stessa Cuma. Secondo il geografo latino Strabone i coloni erano originari di Naxos, la prima colonia calcidese nell'isola. La città sorse vicino al lembo nordorientale dell'isola, in posizione strategica di primissima importanza. Poco dopo, i calcidiesi fondarono un'altra colonia sulla sponda opposta dello stretto, Reghion, oggi Reggio Calabria, ottenendo così il controllo dell'importantissimo braccio di mare.
Nel 497 a.C., Ippocrate, Tiranno di Gela, conquistò Zancle insieme a Naxos e Leontini ove insediò tiranni a lui subalterni. Tuttavia, pochi anni dopo, Anassila, tiranno di Reggio, occupò la città, cacciando Ippocrate con l'aiuto di profughi provenienti dalla Ionia, fuggiti a causa della conquista di questa regione da parte dell'Impero Persiano. In questo frangente, si insediarono in Zancle altri coloni, provenienti dall'isola di Samo e da altre località dell'Egeo a cui si aggiunsero altre genti dalla Messenia, regione greca della quale Anassila era originario. Il tiranno reggino tenne il dominio su entrambe le sponde dello stretto e diede alla città il nome di Messanion, dalla patria originaria dei suoi avi. Le due città dello Stretto, pur governate da Anassila, erano sotto il controllo di Gerone I di Siracusa. Dopo la morte di Anassila, nel 461 a.C., entrambe le città ne cacciarono i figli, pur rimanendo nella sfera di influenza di Siracusa.
Zancle (ora rinominata Messene) dal punto di vista etnico, era abitata da una popolazione mista di Ioni, Messeni e Siculi che, col passare dei decenni, si amalgamarono, quasi sempre pacificamente, in un unico popolo che, per lingua e cultura (dopo il Congresso di Gela del 424 a.C.) può essere definito "siceliota". Detta commistione etnica si verificò in tutte le colonie greche di Sicilia. Dal punto di vista territoriale, Messene controllava l'estrema propagine nord-orientale della Sicilia, la Chora (o territorio sotto la sua giurisdizione) si estendeva (oltre alla città sullo Stretto) alla costa tirrenica tra il Capo Peloro e il Capo Milazzo e alla costa ionica fino al Promontorio Argenno, inclusa la montuosa parte interna dei Peloritani. Nelle zone rivierasche o collinari sorgevano vari centri abitati come Mylae, Nauloco, Elis e Phoinix dedite all'agricoltura e alla pesca; esistevano anche importanti giacimenti minerari di oro e argento siti sul versante ionico dei Monti Peloritani nei pressi del villaggio di Nisa. Nelle zone più interne, sui Peloritani, vi erano fitti boschi e ricchi pascoli con villaggi abitati soprattutto da Siculi dediti alla pastorizia, tra questi insediamenti agro-pastorali vale la pena ricordare Mankarru.
Nel 405 a.C., il Tiranno di Siracusa Dionisio I detto il vecchio si proclamò "Arconte di Sicilia", riuscendo a riunificare saldamente sotto il suo dominio la parte dell'Isola sita ad est del Fiume Salso, Messene costituì l'estrema propaggine settentrionale dello Stato siceliota di Dionisio I.
Nel 396 a.C., durante la Terza Guerra tra greco-sicelioti e punici, il generale cartaginese Imilcone II, per impedire che arrivassero aiuti a Dionisio I dall'Italia o dalla Grecia, espugnò e distrusse Messene, avanzando verso sud per attaccare Siracusa. Posta sotto assedio la capitale siceliota, l'esercito cartaginese venne però decimato da una pestilenza che consentì a Dionisio I di approfittarne per contrattaccare Imilcone, distruggere il suo esercito e ricacciarlo in Africa. La città venne ricostruita e ripopolata da Dionisio I.
Nel 344 a.C., con la cacciata di Dionisio II, ultimo regnante della Dinastia dei Dionisii, venne instaurata la democrazia col "Buon Governo" di Timoleonte, la città di Messene beneficiò di una certa autonomia amministrativa, entrando a far parte della Simmachia, cioè di una confederazione di città siceliote che manteneva sempre come centro nevralgico la città di Siracusa.
Tale status si protrasse fino al 316 a.C., quando Agatocle, con un golpe, rovesciò il regime democratico-repubblicano gestito dai successori di Timoleonte. A Messana trovarono rifugio molti oppositori di Agatocle, ragion per cui il nuovo Tiranno decise di conquistare la città al fine di annientare i propri nemici. Uscito vittorioso e ormai padrone indiscusso di Siracusa e di quasi tutta la Sicilia, Agatocle costituì il "Regno di Sicilia" che unificava in un'unica monarchia ellenistica tutta la Sicilia ad est del Fiume Platani, rendendo pure tributarie le popolazioni dei Siculi e Sicani ancora stanziate nell'interno. Agatocle, riprendendo la politica imperialista di Dionisio I, fu il primo a proclamarsi "Basileus tes Sikelìas" cioè "Re di Sicilia". Il regno siceliota agatocleo si estendeva sulla parte orientale e centrale della Sicilia, su Akragas e sul suo circondario, sulla Calabria meridionale e su alcune città italiote non ancora cadute sotto il giogo romano. Messina era quindi al centro di un regno ellenistico che, pur avendo Siracusa come capitale, si estendeva su quasi tutta la Sicilia e su parte dell'Italia meridionale; solo l'estremità occidentale della Sicilia rimaneva in mano ai Cartaginesi. Nel 288 a.C. vi si insediarono i mercenari Mamertini, di stirpe sabellica che avevano combattuto per conto di Agatocle.
Dopo la morte di Agatocle, i Mamertini fecero di Messina la base delle loro razzie, fino a quando la città con venne conquistata dai cartaginesi che cacciarono i Mamertini in Calabria. Poco tempo dopo i Mamertini sbarcarono nuovamente a Messina, annientarono la guarnigione cartaginese ivi stanziata e chiamarono in aiuto i Romani provocando lo scoppio della prima guerra punica tra Roma e Cartagine.
Messina romana
Apriamo questa sezione di storia messinese in epoca romana con un brano del celebre oratore e avvocato ante-litteram Marco Tullio Cicerone che nelle Verrine cita Messina:
"Gaio Eio (questo me lo concederanno senza discutere tutti coloro che si sono recati a Messina) è il mamertino più ragguardevole in quella città sotto tutti i punti di vista. La sua casa è senza paragone la più nobile di Messina, e senza dubbio la più conosciuta, la più disponibile per i nostri concittadini, un modello di ospitalità. Prima dell'arrivo di Verre questa casa era così adorna da rappresentare un ornamento anche per la città. Infatti proprio Messina, che deve le sue bellezze alla posizione naturale, alle mura e al porto, è addirittura sprovvista e priva di quegli oggetti di cui costui si diletta. 4. Ora, in casa di Eio c'era una cappella privata molto antica, oggetto di grande venerazione, lasciatagli dai suoi antenati: in essa spiccavano quattro bellissime statue di squisita fattura, universalmente note, che potevano deliziare non solo codesto fine intenditore, ma anche ciascuno di noi, che costui chiama profani: la prima era Cupido di marmo, opera di Prassitele [...] Ma, per tornare alla cappella privata di Eio, c'era da una parte questa statua marmorea di Cupido, di cui sto parlando, dall'altra un Ercole di bronzo di fattura egregia, attribuito se non erro a Mirone (e l'attribuzione è sicura). Parimenti, di fronte a queste divinità, stavano due piccoli altari che potevano far comprendere a chiunque il carattere sacro della cappella: si trovavano inoltre due statue in bronzo di modeste proporzioni, ma di straordinaria eleganza, che rappresentavano nel portamento e nel modo di vestire quelle fanciulle che, con le braccia sollevate, sostengono sul capo un canestro con certi arredi sacri secondo il costume delle ragazze ateniesi: si chiamano appunto Canefore. [...]"
Cicerone, Actio secunda in Verrem, «Quattro statue in una cappella privata a Messina» (3-5).
Consegnata dai Mamertini ai Romani nel 264 a.C., ottenne dopo la fine della guerra lo status di civitas libera et foederata (città libera ed alleata, formalmente indipendente), unica in Sicilia insieme a Tauromenium (Taormina) e Neaiton. Il nome greco Messanion fu tradotto in latino come Messana.
Durante l'età repubblicana, nel II secolo a.C. subì ancora attacchi durante le guerre servili scoppiate a causa dell'insofferenza dei siciliani al dominio romano. Cicerone, nelle orazioni contro Verre, la definì civitas maxima et locupletissima (città grandissima e ricchissima). Pompeo attaccò nel 49 a.C. la flotta cesariana che si riparava nel porto della città. Successivamente divenne una delle principali basi di Sesto Pompeo, che vi sconfisse la flotta di Ottaviano e venne in seguito saccheggiata dalle truppe di Lepido. In seguito divenne probabilmente municipio. Delle vicende della città in epoca imperiale non sappiamo quasi nulla.Secondo la tradizione, San Paolo approdò sulla costa ionica della città e vi predicò il Vangelo. Nel 407, sotto l'Imperatore bizantino Arcadio, Messina fu costituita in "protometropoli" della Sicilia e della Magna Grecia esentandola da ogni imposizione fiscale e accordandole un vessillo con la croce d’oro in campo rosso.