Combatte nella divisione dei pesi mosca per l'organizzazione UFC, nella quale è stato un contendente al titolo di categoria nel 2013, venendo sconfitto dal campione Demetrious Johnson; in passato è stato campione dei peso gallo nelle promozioni locali dell'Arizona Trilogy Championship Fighting e Rage in the Cage.
Per i ranking ufficiali dell'UFC è il contendente numero 5 nella divisione dei pesi mosca.
Carriera nelle arti marziali miste Inizi John moraga è originario dell'Arizona e vanta un ottimo background nella lotta essendo stato per due volte all-american presso l'università statale dell'Arizona.
Debutta come professionista di arti marziali miste nel 2009 con la promozione locale Rage in the Cage e in meno di un anno infila sei vittorie consecutive.
Nel 2010 affronta John Dodson, futuro contendente al titolo dei pesi mosca UFC e futuro campione del reality show The Ultimate Fighter, venendo sconfitto ai punti in un incontro svoltosi in Repubblica Dominicana per l'organizzazione Nemesis Fighting.
Torna a vincere nel 2011, anno nel quale otterrà il suo primo titolo nella divisione dei pesi gallo per la promozione locale Trilogy Championship Fighting, sconfiggendo per sottomissione l'imbattuto Freddie Lux (record: 4-0). Nell'anno seguente ottiene la sua seconda cintura sempre nella categoria dei pesi gallo, vincendo il titolo Rage in the Cage contro Maurice Senters (record: 0-2).
Ultimate Fighting Championship Con un record personale di 11 vittorie ed una sola sconfitta Moraga ottiene la chiamata da parte dell'UFC, al tempo la più prestigiosa promozione di MMA del mondo, per combattere nella neonata divisione dei pesi mosca.
Moraga esordisce il 4 agosto 2012 nell'evento UFC on Fox: Shogun vs. Vera contro l'ex campione Tachi Palace Fights Ulysses Gomez, il quale sostituiva l'infortunato Ian McCall, in quello che era l'incontro di apertura della serata: Moraga s'impose per KO durante la prima ripresa.
Successivamente affrontò il veterano dei pesi gallo Chris Cariaso ancora una volta nel primo match di serata, vincendo per sottomissione durante il terzo round e ottenendo il riconoscimento Submission of the Night; tale vittoria premiò Moraga anche con la possibilità di sfidare il campione in carica Demetrious Johnson, divenendo così il primo contendente nella storia dell'UFC ad aver ottenuto la title shot con una vittoria nel primo incontro di una card preliminare.
La sfida per il titolo dei pesi mosca UFC avrebbe dovuto svolgersi nell'aprile 2013 con l'evento The Ultimate Fighter 17 Finale, ma il campione Johnson s'infortunò e il match slittò a luglio con l'evento UFC on Fox: Johnson vs. Moraga: Moraga subì la migliore lotta del campione e durante il quinto round venne sottomesso con una leva al braccio.
In dicembre avrebbe dovuto affrontare Darren Uyenoyama ma a poche settimane dalla sfida Moraga s'infortunò e lasciò il posto al debuttante Alptekin Özkiliç; Moraga poté comunque competere un mese dopo affrontando il numero 15 dei ranking Dustin Ortiz, contro il quale vinse per decisione non unanime dei giudici di gara.
In giugno se la vide con l'altro ex contendente al titolo e numero 1 dei ranking John Dodson in un rematch tra i due, venendo nuovamente sconfitto per KO tecnico. In settembre sconfigge per sottomissione il promettente Justin Scoggins. In dicembre avrebbe dovuto affrontare Jussier Formiga, ma quest'ultimo diede forfeit e venne sostituito da Willie Gates, al tempo campione nell'organizzazione Tachi Palace Fights: Moraga vinse per sottomissione durante la terza ripresa.
A maggio del 2015 viene sconfitto per decisione unanime da Joseph Benavidez, all'evento UFC 187. Stessa sorte gli toccò contro il brasiliano Matheus Nicolau, perdendo il match per decisione non unanime.
Moraga avrebbe dovuto affrontare Zach Makovsky il 10 dicembre del 2016, all'evento UFC 206. Tuttavia, Moraga venne rimosso dall'incontro nei primi giorni di novembre per infortunio, al suo posto venne inserito Dustin Ortiz.
Tornò dall'infortunio per poter affrontare Sergio Pettis, il 15 gennaio del 2017. Moraga venne sconfitto per decisione unanime.
Risultati nelle arti marziali miste RisultatoRecordAvversarioMetodoEventoDataRoundTempoCittàNoteSconfitta16-6 Sergio PettisDecisione (unanime)UFC Fight Night: Rodriguez vs. Penn15 gennaio 201735:00 Phoenix, Stati UnitiSconfitta16-5 Matheus NicolauDecisione (non unanime)The Ultimate Fighter 23 Finale8 luglio 201635:00 Las Vegas, Stati UnitiSconfitta16-4 Joseph BenavidezDecisione (unanime)UFC 187: Jones vs. Johnson23 maggio 201535:00 Las Vegas, Stati UnitiVittoria16-3 Willie GatesSottomissione (rear naked choke)UFC on Fox: dos Santos vs. Miocic13 dicembre 201434:06 Phoenix, Stati UnitiVittoria15-3 Justin ScogginsSottomissione (ghigliottina)UFC Fight Night: Souza vs. Mousasi5 settembre 201420:47 Ledyard, Stati UnitiSconfitta14-3 John DodsonKO Tecnico (stop medico)UFC Fight Night: Henderson vs. Khabilov7 giugno 201425:00 Albuquerque, Stati UnitiVittoria14-2 Dustin OrtizDecisione (non unanime)UFC Fight Night: Rockhold vs. Philippou15 gennaio 201435:00 Duluth, Stati UnitiSconfitta13-2 Demetrious JohnsonSottomissione (armbar)UFC on Fox: Johnson vs. Moraga27 luglio 201353:43 Seattle, Stati UnitiPer il titolo dei Pesi Mosca UFCVittoria13–1 Chris CariasoSottomissione (ghigliottina)UFC 155: dos Santos vs. Velasquez 229 dicembre 201231:11 Las Vegas, Stati UnitiVittoria12–1 Ulysses GomezKO (gomitate e pugni)UFC on Fox: Shogun vs. Vera4 agosto 201213:46 Los Angeles, Stati UnitiDebutto in UFC, Pesi MoscaVittoria11–1 Jose CarbajalDecisione (unanime)Cage Rage: On the River 27 luglio 201235:00 Parker, Stati UnitiVittoria10–1 Maurice SentersDecisione (unanime)Rage in the Cage 16022 giugno 201235:00 Chandler, Stati UnitiVince il titolo dei Pesi Gallo RITCVittoria9–1 Matthew GarciaSottomissione (armbar)Coalition of Combat: The Bangers Ball25 febbraio 201213:10 Phoenix, Stati UnitiVittoria8–1 Freddie LuxSottomissione (ghigliottina)TCF: Rumble at the Ranch 25 novembre 201110:49 Phoenix, Stati UnitiVince il titolo dei Pesi Gallo TCFVittoria7–1 Nathaniel BakerSottomissione (armbar)MBP: Sun City Battle9 luglio 201132:27 El Paso, Stati UnitiSconfitta6-1 John DodsonDecisione (unanime)Nemesis Fighting: MMA Global Invasion11 dicembre 201035:00 Punta Cana, Repubblica DominicanaVittoria6–0 Aldo EscuderoDecisione (unanime)Rage in the Cage 14331 luglio 201035:00 Phoenix, Stati UnitiVittoria5–0 Travis HalversonSottomissione (ghigliottina)Rage in the Cage 14226 giugno 201011:17 Chandler, Stati UnitiVittoria4–0 Pat DonovanSottomissione (triangolo)Rage in the Cage 14020 marzo 201021:12 Chandler, Stati UnitiVittoria3–0 Evan MortonDecisione (unanime)Rage in the Cage 13913 febbraio 201033:00 Tucson, Stati UnitiVittoria2–0 Al DecastroKO Tecnico (pugni)Rage in the Cage 1384 dicembre 200911:15 Mesa, Stati UnitiVittoria1–0 Sam ShapiroDecisione (unanime)Rage in the Cage 1367 novembre 200933:00 Prescott Valley, Stati Uniti
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