Carriera Club Formatosi nella squadra riserve de , nel 2004 viene aggregato stabilmente alla prima squadra, imponendosi in breve tempo come titolare. Nelle stagioni successive è tra i protagonisti dell'epoca d'oro giallorossa, conquistando 4 campionati e arrivando a giocarsi la finale di Coppa UEFA persa per mano del (2008).
Nel 2010 si trasferisce all', dove per le tre annate seguenti sarà il vice di Luis Amado; qui, nel 2011, Juanjo mette in bacheca il suo primo trofeo internazionale: la Coppa Intercontinentale.
Terminata l'esperienza madrilena, dopo una stagione al , tra il 2014 e il 2016 difende i pali del , laureandosi alla prima stagione campione del Portogallo.
Nel 2016 viene acquistato dal , diventando così il primo giocatore ad aver militato in tutte le tre grandi di Spagna. Per le prime due stagioni in blaugrana il suo ruolo è di vice a Paco Sedano. Dopo il ritiro di quest'ultimo si alterna tra i pali con il nuovo acquisto Dídac Plana. Nel giugno del 2025 comunica il suo ritiro; contestualmente, il club murciano annuncia la sua permanenza nei ranghi della società.
Nazionale Juanjo ha vinto quattro campionati europei con la nazionale spagnola, sebbene da riserva dei titolari Amado prima, e Sedano poi. In totale, ha disputato 186 partite ufficiali con le furie rosse.
Palmarès Club Competizioni nazionali
ElPozo Murcia: 2005-06, 2006-07, 2008-09, 2009-10 Barcellona: 2018-19
Benfica: 2014-15
ElPozo Murcia: 2007-08, 2009-10 Barcellona: 2018-19, 2019-20
Coppa del Portogallo: 1 Benfica: 2014-15
Coppa del Re: 2 Barcellona: 2017-18, 2018-19
ElPozo Murcia: 2006, 2009, 2011
Supertaça de Portugal: 1 Benfica: 2015
Competizioni internazionali Coppa Intercontinentale: 1 Inter: 2011
Nazionale
Spagna: 2007, 2010, 2012, 2016
Onorificenze
Note
Collegamenti esterni