La stagione dei San Francisco 49ers è stata la 57ª della franchigia nella National Football League. Nonostante avesse migliorato i due disastrosi record delle stagioni precedenti ed avere un attacco classificato tra i migliori dieci della lega, la squadra continuò la sua prolungata assenza dai playoff.
Draft 2006
Nel draft 2006, la squadra scelse come sesto assoluto il tight end Vernon Davis. Con la scelta successiva (acquisita dai Denver Broncos tramite i Washington Redskins) selezionò il defensive end Manny Lawson.
Partite Stagione regolare Turno Data Avversario Risultato Record 1 10 settembre @ Arizona Cardinals S 27-34 0-1 2 17 settembre St. Louis Rams V 20-13 1-1 3 24 settembre Philadelphia Eagles S 38-24 1-2 4 1º ottobre @ Kansas City Chiefs S 0-41 1-3 5 8 ottobre Oakland Raiders V 34-20 2-3 6 15 ottobre @ San Diego Chargers S 48-19 2-4 8 29 ottobre @ Chicago Bears S 10-41 2-5 9 5 novembre Minnesota Vikings V 9-3 3-5 10 12 novembre @ Detroit Lions V 19-13 4-5 11 19 novembre Seattle Seahawks V 20-14 5-5 12 26 novembre @ St. Louis Rams S 17-20 5-6 13 3 dicembre @ New Orleans Saints S 10-34 5-7 14 10 dicembre Green Bay Packers S 19-30 5-8 15 14 dicembre @ Seattle Seahawks V 24-14 6-8 16 24 dicembre Arizona Cardinals S 20-26 6-9 17 31 dicembre @ Denver Broncos V 26-23 (DTS) 7-9
Note
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2006