È stato fra i più noti oppositori del presidente della Russia, Vladimir Putin. Era a capo del partito Russia del Futuro e presidente della Coalizione Democratica (che unisce Russia del Futuro, Partito della Libertà Popolare e Scelta Civica), in precedenza co-presieduta con Boris Nemcov, morto assassinato nel 2015. È stato fondatore della Fondazione Anti-corruzione ().
Di posizioni nazionaliste e liberali, nel 2012 ha auspicato un miglioramento dell'integrazione della Russia con l'Ucraina, pur riconoscendo che l'Ucraina trae maggiori benefici e migliori condizioni di vita dall'integrazione con l'Unione europea. Naval'nyj si è dichiarato favorevole alla legalizzazione dei matrimoni omosessuali nel Paese.
È sopravvissuto ad un tentativo di assassinio, nell'agosto 2020, tramite avvelenamento con l'agente nervino Novičok, per il quale, dopo conferme da analisi ospedaliere, le autorità tedesche hanno accusato il governo russo. L'anno seguente un tribunale di Mosca lo condannò a 3 anni e 6 mesi per motivi finanziari. Il Parlamento europeo, la Corte europea dei diritti dell'uomo, alcune organizzazioni internazionali per i diritti umani, alcuni leader dei paesi occidentali, e numerosi media internazionali ritengono che la sentenza avesse lo scopo di mettere a tacere l'opposizione politica russa.
Quando la Russia iniziò a prepararsi per un'invasione su vasta scala dell'Ucraina, il 22 dicembre 2021, la squadra di Naval'nyj pubblicò un'indagine documentaria su Aleksandr Borodaj (il primo capo della DPR), in cui fu lanciato un appello ai russi a non prendere parte nelle ostilità contro l’Ucraina.
L'anno successivo venne condannato dal tribunale di Lefortovo a Mosca a 9 anni di carcere da scontare in una colonia penale di regime severo, per altri reati finanziari, in un altro processo ritenuto politicamente motivato. Il 4 agosto 2023 lo stesso tribunale condannò Naval'nyi a 19 anni per reati esplicitamente politici, tra cui l'accusa di aver creato e diretto un'organizzazione estremista.
A meno di un anno dall'ultima condanna, il 16 febbraio 2024 morì in carcere, ufficialmente per una "sindrome da morte improvvisa" causata da aritmia cardiaca. Alla cerimonia funebre hanno presenziato decine di migliaia di persone, tra cui vari diplomatici occidentali, Boris Nadeždin, Evgenij Rojzman, Aleksej Venediktov, Ekaterina Duncova e rappresentanti del partito Jabloko. Secondo quanto dichiarato dalla famiglia e da diversi governi di paesi europei nel 2026, le analisi di laboratorio avrebbero confermato che la morte fu il risultato di un secondo avvelenamento tramite epibatidina.
In Russia fare pubblici riferimenti a Naval'nyj e alla sua attività (ad esempio pubblicarne immagini, testi o materiale video, o ricercarli su internet) è passibile di incriminazione penale per "estremismo".
Biografia Naval'nyj nacque nell'Oblast' di Mosca da una famiglia di tradizioni militari con origini sia russe che ucraine: suo padre era un ufficiale dell'esercito. Si laureò in legge all’Università russa dell'amicizia tra i popoli nel 1998 e in seguito studiò all'Università di finanza del governo russo. Attività politica Nel 2000 si iscrisse al partito Jabloko, del quale fra il 2004 e il 2007 diventò uno dei leader nell'area di Mosca. Nel 2005 fondò il gruppo giovanile Democrazia Alternativa (abbreviato in DA!), la cui dirigente Marija Gajdar ricevette finanziamenti dall'agenzia statunitense National Endowment for Democracy.
Nel 2004 ha fondato ed è stato uno dei leader del "Comitato per la protezione dei moscoviti", un movimento cittadino di tutela dei diritti dei cittadini contro decisioni urbanistiche da loro ritenute illegali a Mosca. Nell'aprile dello stesso anno è diventato capo del ramo regionale di Mosca del partito Jabloko.whoiswho.dp.ru/cart/person/1922940
Entrato in rotta di collisione con i dirigenti di Jabloko, venne espulso dal partito con l'accusa di aver danneggiato l'organizzazione per mezzo di attività nazionalistiche. Naval'nyj sostenne invece che la vera ragione della sua espulsione fosse stata il fatto di aver chiesto le dimissioni del leader Grigorij Javlinskij.
Nello stesso anno acquistò piccoli pacchetti azionari di grandi compagnie così da poter esercitare il diritto all'informazione degli azionisti e ottenere prove di condotte dubbie da parte dei dirigenti. Pubblicò poi i risultati delle sue indagini su un blog, che divenne popolare. Iniziò così la sua carriera di attivista anti corruzione, costituì una organizzazione non-profit chiamata "Unione degli azionisti di minoranza" e chiese agli amministratori di fornire copie delle relazioni e dei rendiconti finanziari delle società per cui lavoravanoMikhail Loginov, Aleksei Navalnij - Caccia ai corrotti in Internazionale, n. 917, 30 settembre 2011. In breve cominciò a focalizzare le sue indagini anche sui politici e sul governo, divenendo grande critico del presidente russo Vladimir Putin. Nel 2009 lavorò come consulente e consigliere per il governatore della regione di Kirov Nikita Belych, esponente di Jabloko, e cercò di combattere la corruzione dilagante dell'industria locale del legno, ma venne fermato da una denuncia dei proprietari degli stabilimenti.
Nel febbraio 2011, durante un'intervista nella trasmissione di radio finam.fm, Naval'nyj ha definito il partito Russia Unita come "partito di truffatori e ladri, espressione che è diventata poi uno slogan famoso. Nel 2012 Naval'nyj ha aperto un sondaggio sul suo blog, dove è stato chiesto di rispondere alla domanda "Russia Unita è un partito di ladri e truffatori?". Al sondaggio hanno preso parte quasi 40 000 persone e il 96,6% di loro ha risposto "si lo è". Naval'nyj ha ripetutamente consigliato di votare "per qualsiasi partito, contro Russia Unita" alle elezioni parlamentari in Russia del 2011. Il 5 dicembre 2011, il giorno dopo le elezioni, Naval'nyj ha preso parte ad una manifestazione organizzata dal movimento dell'opposizione chiamato "Solidarietà" lungo il Čistoprudnyj Bul'var. Lo scopo della manifestazione era quello di esprimere disaccordo con i risultati delle elezioni e accusare le autorità di brogli elettorali su larga scala. Al termine dell'evento, con diverse centinaia di partecipanti, ha preso parte a una marcia non autorizzata verso l'edificio della Commissione elettorale centrale della Russia sulla Lubjanka, durante la quale è stato arrestato dalla polizia e trattenuto per 15 giorni.
Nel 2011 ha lanciato il progetto RosPil, che ha come obiettivo quello di denunciare le frodi negli appalti statali e il peculato e, attraverso un apposito sito web, invita chiunque sia a conoscenza di episodi di corruzione a denunciare l'accaduto. Le informazioni vengono valutate da un gruppo di consulenti e, se verificate, viene sporta denuncia presso le autorità giudiziarie. Le spese legali vengono finanziate da donazioni online. Tutti i visitatori del sito possono controllare in tempo reale su quali casi stanno lavorando gli avvocati di RosPil.
Nel marzo 2012, quando Putin è stato eletto presidente, Naval'nyj ha contribuito a guidare una manifestazione anti-Putin in piazza Puškinskaja a Mosca, a cui hanno partecipato tra le e le persone. Dopo la manifestazione, Naval'nyj è stato trattenuto dalle autorità per diverse ore, poi rilasciato.
In occasione delle elezioni comunali a Mosca del 2013 si è candidato alla carica di sindaco, nella lista del Partito Repubblicano di Russia - Partito della Libertà Popolare. Naval'nyj ha ottenuto il 27,24% (632 697 voti) contro il 51,37% del sindaco ad interim uscente Sergej Sobjanin. A seguito del conteggio dei voti non ha riconosciuto la vittoria di Sobjanin al primo turno e ha affermato che il decisivo 1,37%, con il quale venne evitato il ballottaggio, sarebbe stato ottenuto attraverso l'uso di "risorse amministrative", presentando successivamente una domanda alla Corte Suprema del Comune di Mosca con la richiesta di riconsiderare i risultati delle elezioni a causa di presunti brogli. Il 20 settembre, il tribunale della città di Mosca ha rifiutato di soddisfare le richieste di Naval'nyj.
Nello stesso anno, Naval'nyj annunciò le sue intenzioni a occupare la carica di presidente della Russia, esprimendo il desiderio di "mutare il tessuto sociale del paese" e di garantire che i cittadini russi, in una nazione rinomata per le sue risorse naturali, non fossero condannati a vivere "nell'indigenza e nell'oscurità", bensì potessero godere di uno standard di vita "paragonabile a quello dei Paesi europei". La sua base elettorale potenziale, durante il biennio 2012-2013, è stata approssimativamente del 5%, secondo le valutazioni di "Levada Center". Secondo il sociologo Denis Volkov del Levada Center, per incrementare il proprio consenso, Naval'nyj sarebbe stato costretto a "calcare il terreno avverso", ovvero a conquistare voti non solo tra gli elettori delle forze di opposizione, ma anche tra coloro che all'epoca sostenevano il regime in carica. Tuttavia, date le limitazioni nell'accesso ai media federali e il ridotto sviluppo dei canali alternativi di comunicazione, ciò sarebbe risultato estremamente difficile.
Nel 2014 Naval'nyj si oppose all'annessione della Crimea, dichiarando che questa manovra avrebbe portato all'espansione della NATO e a un indebolimento dell'economia del Paese.
Il 23 dicembre 2016, Naval'nyj ha annunciato la propria candidatura alle elezioni presidenziali, ma poi ne è stato escluso per varie condanne (appropriazione indebita), anche se molti governi filo-occidentali e Amnesty International sostengono che la causa delle sue condanne sia dovuta alla stessa opposizione a Vladimir Putin. Nel 2017 la Commissione Centrale Elettorale ha dichiarato che non sarebbe stato idoneo a candidarsi alla presidenza fino a dopo il 2028.
Il 27 aprile 2017, Naval'nyj è stato attaccato da assalitori sconosciuti fuori dal suo ufficio nella Fondazione Anti-corruzione. Gli hanno spruzzato sul viso una tintura verde brillante chiamata "zelënka", forse mescolata con altri componenti, che può danneggiare gli occhi della vittima. Era stato attaccato in precedenza, all'inizio della primavera. Nel secondo attacco, il disinfettante di colore verde era stato evidentemente mescolato con una sostanza chimica caustica, provocando un'ustione chimica all'occhio destro. Secondo quanto riferito, ha perso l'80% della vista nell'occhio destro. Naval'nyj ha accusato il Cremlino di aver orchestrato l'attacco.
Alla fine del 2017, Naval'nyj ha pubblicato un articolo contenente il proprio programma elettorale. In esso proponeva una riforma politica che limitasse il potere presidenziale e stimolasse il parlamentarismo. Un altro obiettivo prioritario era la lotta alla corruzione: si proponeva l'istituzione di una struttura speciale e l'estensione dei termini di prescrizione per i reati di corruzione. Nel programma si proponeva anche la lustrazione di parte dell'apparato statale e l'abolizione delle leggi che hanno suscitato reazioni ambigue nella società. Nel campo della difesa, Naval'nyj ha suggerito di ridistribuire le spese dal complesso militare-industriale agli stipendi dei militari. Inoltre, ha evidenziato l'importanza del rafforzamento dei diritti civili e delle libertà individuali nel contesto della riforma politica proposta.
A settembre del 2017, Human Rights Watch ha accusato la polizia russa di interferenza sistematica con la campagna presidenziale di Naval'nyj. "Il modello di molestie e intimidazioni contro la campagna di Naval'nyj è innegabile", ha affermato Hugh Williamson, direttore per l'Europa e l'Asia centrale di Human Rights Watch. "Le autorità russe dovrebbero consentire agli attivisti di Naval'nyj di lavorare senza indebite interferenze e indagare adeguatamente sugli attacchi contro di loro da parte di ultranazionalisti e gruppi filo-governativi". In un discorso di dicembre, paragonò Putin al personaggio di Lord Voldemort della serie Harry Potter, un paragone che ritornerà negli anni.