Генетската историја на домородните народи на Америка е поделена на два различни периоди: првично населување на Америка пред околу 20.000 до 14.000 години (20-14 киа) и европски контакт, по пред околу 500 години. Првиот период од генетската историја на домородните Американци е детерминантен фактор за бројот на генетски лоза, мутации на зигозитет и основачки хаплотипови присутни во домородното американско население денес.
Домородните американски популации потекнувале од древното палео-сибирско население, кое само по себе е комбинација од древната источноазиска лоза која се разликувала од другите источноазиски народи пред последниот глацијален максимум, помеѓу 36.000 и 25.000 години, а потоа мигрирале во Сибир, каде што тие се спои со антички северноевроазијци. Тие подоцна се распрснале низ Америка пред околу 16.000 години.
Анализите на генетиката помеѓу домородните американски и сибирски популации се користени за да се аргументира за рана изолација на основачките популации на Берингија и за подоцна, побрза миграција од Сибир преку Берингија во Новиот свет. Микросателитната разновидност и дистрибуција на лозата Y специфична за Јужна Америка укажува дека одредени домородни американски популации биле изолирани уште од почетното населување во регионот. Популациите На-Ден, Инуити и домородните Алјаска покажуваат Хаплогрупа Q-M242; сепак, тие се разликуваат од другите домородни Американци со различни мутации на mtDNA и atDNA. Ова сугерира дека народите кои првпат се населиле во северните екстреми на Северна Америка и Гренланд потекнуваат од подоцнежните мигрантски популации од оние кои навлегле подалеку на југ во Америка. Лингвистите и биолозите дошле до сличен заклучок врз основа на анализа на домородните американски јазични групи и дистрибуција на системот на крвни групи АБО.
Автосомна ДНК
мини|Позиција на домородните Американци за анализа на главна компонента на глобалните групи на човечка популација од проектот 1000 геноми. Генетската разновидност и структурата на населението во американската копнена маса се мери и со користење на автосомни (atDNA) микро-сателитски маркери генотипизирани; земени примероци од Северна, Централна и Јужна Америка и анализирани според слични податоци достапни од други домородни популации ширум светот. Домородните американски популации покажуваат помала генетска разновидност од популациите од другите континентални региони. Забележано е намалување на генетската разновидност како што се јавува географска оддалеченост од Беринговиот теснец, како и намалена генетска сличност со сибирските популации од Алјаска. Исто така, забележани се докази за поголемо ниво на разновидност и помало ниво на структура на населението во западна Јужна Америка во споредба со источна Јужна Америка. Постои релативен недостаток на диференцијација помеѓу популациите на Мезоамериканците и Андите, сценарио кое имплицира дека крајбрежните патишта (долж брегот на Тихиот Океан) биле полесни за мигрирање на народите кои мигрирале (повеќе генетски придонесувачи) во споредба со внатрешните рути.
Севкупниот модел што се појавува сугерира дека Америка била колонизирана од мал број поединци (ефективна големина од околу 70), кои пораснале за многу редови во текот на 800-1000 години. Податоците, исто така, покажуваат дека имало генетска размена меѓу Азија, Арктикот и Гренланд уште од почетното населување на Америка.
Според автосомното генетско проучување од 2012 година, домородните Американци потекнуваат од најмалку три главни мигрантски бранови од Источна Азија. Поголемиот дел од него е проследен до една популација предци, наречени „Први Американци“. Меѓутоа, оние кои зборуваат инуитски јазици од Арктикот, наследиле речиси половина од своето потекло од вториот источноазиски мигрантски бран. А оние што зборуваат На дене, наследиле десетина од своето потекло од трет мигрантски бран. Почетното населување на Америка било проследено со брза експанзија кон југ по западниот брег, со мал проток на гени подоцна, особено во Јужна Америка. Исклучок се говорниците на Чибча од Колумбија, чие потекло е од Северна и од Јужна Америка.
Во 2014 година, секвенционирала автосомната ДНК на новороденче од 12.500+ години од Монтана. ДНК била земена од скелет познат како Анзик-1, пронајден во тесна поврзаност со неколку артефакти на Кловис. Споредбите покажале силни афинитети со ДНК од сибирски локалитети и практично ја отфрлиле можноста дека одредена личност има некаков близок афинитет со европските извори („Солутреанска хипотеза“). ДНК, исто така, покажала силни афинитети со сите постојни домородни американски популации, што покажале дека сите тие потекнуваат од античко население кое живеело во или во близина на Сибир.
Лингвистичките студии ги зајакнале генетските студии, со врски меѓу јазиците пронајдени меѓу оние што се зборувале во Сибир и оние што се зборувале во Америка.
Во 2015 година две генетски студии за автосомна ДНК го потврдиле сибирското потекло на домородните народи на Америка. Сепак, древен сигнал за заедничко потекло со Австралазијците (домородните народи на Австралија, Меланезија и Андаманските Острови) бил откриен меѓу домородните народи во регионот на Амазон. Миграцијата што доаѓала од Сибир би се случила пред 23.000 години.
Студијата од 2018 година анализирала примероци од древни домородни луѓе. Генетските докази сугерирале дека сите домородни Американци на крајот потекнувале од основачкото население кое ги комбинирало источноазиското и античкото северноевроазиско потекло. Авторите, исто така, дале докази дека базалните северни и јужни домородни американски гранки, на кои припаѓаат сите други домородни народи, се разделиле пред околу 16.000 години. Домородниот американски примерок од 16.000 п.н.е. во Ајдахо, кој е краниометриски сличен на современите домородни Американци, како и палеосиберијците, било откриено дека бил главно источноевроазиски генетски и покажал висок афинитет со современите источноазијци, како и со примероците од периодот на Џомон. Јапонија, потврдувајќи дека домородните Американци предци се одвоиле од источноевроазиско потекло некаде во источен Сибир.
Студијата објавена во списанието Nature во 2018 година заклучило дека домородните Американци потекнувале од единствена основачка популација која првично се поделила од источните Азијци околу ~36.000 п.н.е., со проток на гени меѓу домородните предци Американци и Сибири кои опстојуваат до ~25.000 п.н.е., пред да стане изолиран во Америка во ~22.000 п.н.е. Домородните потпопулации на Северна и Јужна Америка се разделиле една од друга во ~17.500 п.н.е. Исто така, постојат некои докази за назад миграција од Америка во Сибир по ~11.500 п.н.е.
Студијата објавена во списанието Cell во 2019 година, анализирала 49 примероци од стари домородни Американци од цела Северна и Јужна Америка и заклучила дека сите домородни американски популации потекнувале од една популација на потекло од еден предок, која се поделила од Сибирци и источни Азијци, и довело до домородните Американци на предците, кои подоцна се разделиле во различни домородни групи. Авторите дополнително ги отфрлиле претходните тврдења за можноста за две различни групи на население меѓу луѓето од Америка. И северните и јужните домородни Американци се најблиску еден до друг и не покажуваат докази за мешање со хипотетички претходни популации. мини|QpGraph од Posth et al. 2018 година што го прикажува формирањето на античките домородни Американци. Една прегледна статија објавена во списанието Nature во 2021 година, која ги сумирала резултатите од претходните геномски студии, на сличен начин заклучила дека сите домородни Американци потекнувале од движењето на луѓето од североисточна Азија во Америка. Овие предци Американци, некогаш јужно од континенталните ледени плочи, се ширеле и се прошириле брзо и се разграниле во повеќе групи, што подоцна ги довело до главните подгрупи на домородните американски популации. Студијата, исто така, го отфрлила постоењето, заклучено од краниометриските податоци, на хипотетичко различно не-автохтоно американско население (се сугерирало дека е поврзано со домородните Австралијци и Папуанци), понекогаш наречено „палеоамериканско“.
Севкупно, „Предците домородни Американци“ се формирале од „ древна палео-сибирска “ лоза која настанала од мешавината помеѓу источноазискиот народ и посебната палеолитска сибирска популација позната како антички северноевроазијци, поблиски поврзани со современите Европејци, предизвикувајќи и домородните народите на Сибир и домородните Американци. Околу 67% од потеклото на домородните Американци потекнувале од источноазиски извори, додека 33% е изведен од антички западноевроазиски извор (како ANE).
ДНК на Y-хромозомот Се претпоставува дека „централносибирско“ е потекло за татковската лоза на изворните популации на првобитната миграција во Америка.
Членството во хаплогрупите Q и C3b подразбира домородно американско патрилинеално потекло.
Различноста на микро-сателитите и дистрибуцијата на лозата Y специфична за Јужна Америка сугерираат дека одредени домородни американски популации станале изолирани по почетната колонизација на нивните региони. Популациите на На-Ден, Инуити и домородните Алјаска покажуваат мутации на хаплогрупата Q (Y-DNA), но се разликуваат од другите домородни Американци со различни мутации на mtDNA и автосомна ДНК (atDNA). Ова сугерира дека најраните мигранти во северните екстреми на Северна Америка и Гренланд потекнуваат од подоцнежните мигрантски популации.
Хаплогрупа Q мини|Дистрибуција на фреквенција на хаплогрупата Q-M242. Q-M242 (мутациско име) е дефинирање (SNP) на Хаплогрупата Q (Y-DNA) (филогенетско име). Во Евроазија, хаплогрупата Q се среќава меѓу домородните сибирски популации, како што се современите народи Чукчи и Корјак, како и некои Југоисточни Азијци, како што е народот Дајак. Конкретно, две групи покажуваат големи концентрации на мутацијата Q-M242, народот Кет (93,8%) и Селкупот (66,4%). Се смета дека Кетите се единствените преживеани од древните скитници кои живееле во Сибир. Нивната популација е многу мала; има помалку од 1.500 Кети во Русија.2002
Почнувајќи од палео-домородниот американски период, се случила миграција во американскиот континент преку Беринговиот теснец (Берингија) од мала популација која ја носи мутацијата Q-M242. Еден член на оваа почетна популација претрпел мутација, која ја дефинира нејзината популација на потомок, позната по мутацијата Q-M3 (SNP). Овие потомци мигрирале низ цела Америка.
Хаплогрупата Q-M3 е дефинирана со присуството на rs3894 (M3) (SNP). Мутацијата Q-M3 е стара околу 15.000 години, бидејќи тогаш се случила првичната миграција на палео-домородните Американци во Америка. Q-M3 е доминантен хаплотип во Америка, со стапка од 83% кај јужноамериканските популации, 50% кај популациите на На дене и кај северноамериканските ескимо-алеут популации со околу 46%. Со минимална повратна миграција на Q-M3 во Евроазија, мутацијата најверојатно еволуирала во источна Берингија, или поконкретно на полуостровот Севард или внатрешноста на западниот дел на Алјаска. Копнената маса Берингија почнала да се потопува, отсекувајќи ги копнените патишта.
Од откривањето на Q-M3, откриени се неколку потклади на популации кои носат М3. Пример е во Јужна Америка, каде што некои популации имаат висока преваленца на (SNP) M19, што ги дефинира поткладот Q-M19. М19 е откриен кај (59%) од амазонските мажи Тикуна и кај (10%) кај мажите од Вајуу. Се чини дека поткладот М19 е единствен за домородните народи во Јужна Америка, која настанала пред 5.000 до 10.000 години. Ова сугерира дека изолацијата на населението, а можеби дури и формирањето на племенски групи, започнало веднаш по миграцијата во јужноамериканските области. Други американски потклади ги вклучуваат лозата Q-L54, Q-Z780, Q-MEH2, Q-SA01 и Q-M346. Во Канада се пронајдени уште две лоза. Тоа се Q-P89.1 и Q-NWT01.
Хаплогрупа R1 Хаплогрупата R1 е втората најчеста Y-DNA хаплогрупа пронајдена кај домородните Американци по Y-DNA хаплогрупата Q.