thumb|250px|right|Фосилот археоптерикс бил откриен кратко време по објавувањето на За потеклото на видовите. Градбата на черепот на археоптериксот (присуството на заби), долгата опашка со 20 прешлени, прсти со развиени фаланги на предните екстремитети, присуството на абодменални ребра, отсуството на клун и низа други одлики се својствени за влекачите. Но, општата форма на телото, споената клучна коска, трипрсните предни екстремитети и природата на пердувите, заедно со сложениот распоред на крилните пердуви, се карактеристични одлики на птиците. Според ова, археоптериксот е морфолошка меѓуформа меѓу влекачите и птиците, односно тој е преодна форма. Доказите за еволуцијата го потврдуваат потеклото на сите живи суштества на Земјата од еден заеднички предок. Благодарение на овие докази, еволуционизмот добил признание во научната јавност, а водечки начин на претставување на процесите на видообразба станала синтетичката теорија на еволуцијата.Под доказательствами эволюции здесь понимаются не математически строгие доказательства (которые возможны только в математике), а свидетельства, позволяющие убедиться в истинности основ эволюционного учения в соответствии с научным методом.
Еволуциските процеси можат да се набљудуваат како во природни услови, така и во лабораториски. Познати се случаи на образување на нови биолошки видови. Исто така, опишани се случаи на развиток на нови својства со посредство на случајни мутации. Фактот на еволуцијата е докажан експериментално.
За да добијат докази за еволуционата историја на живиот свет, палеонтолозите ги испитуваат фосилите на организмите. Степенот на сродство меѓу современите видови може да се установи со споредба на нивната градба, геноми и ембриогенеза. Друг извор на информации за еволуцијата се закономерностите на географското распространување на растенијата и животните, кои ги проучува биогеографијата. Сите овие податоци се спојуваат и даваат една слика - еволуционото дрво на животот.
Набљудувана еволуција
Набљудуваните промени во популациите денес не само што го докажуваат постоењето на еволуцијата, туку и постоењето на низа механизми неопходни за еволуционото потекло на сите видови од заеднички предок. Било востановено дека геномите се подложни на најразлични мутации, меѓу кои преместувањето на интрони, дупликација на гените, рекомбинација, транспозиција, ретровирусни вметнувања (хоризонтален пренос на гени), замена, отстранување и вметнување на единечни нуклеотиди, како и хромозомски аберации. Познати се неколку видови на хромозомски аберации (преуредувања): дупликација на геномот (полиплоидија), нееднаков кросинговер, хромозомска инверзија, транслокација, цепење, спојување, дупликација и бришењето на хромозоми. Исто така се набљудувани и промени во градбата на организмите и функционални промени - различни адаптации, појава на способност за нов вид на исхрана (како на пример, најлон и пентахлорфенол, чие производство започна во 30-тите години од минатиот век) итн. Покрај ова, биле пронајдени и интермедиерни етапи од процесот на настанување на нови видови, што сведочи за постепената природа на видообразбата.
Еволуција на Escherichia coli во лабораторија
Група биолози од Универзитетот на Мичиген под раководството на Ричард Ленски, по лабораториски пат поттикнале еволуција на еден организам преку примерот со бактеријата Escherichia coli (видете: E. coli long-term evolution experiment.)
Поради брзото размножување, смената на генерации на E. coli се одвива мошне брзо, така што научниците се надевале дека долготрајното набљудување ќе ги демонстрира механизмите на еволуцијата во акција. Во првата етапа од експериментот, во 1988 година, 12 колонии на бактерии биле сместени во идентични услови: изолирана репродуктивна средина во која имало само еден хранлив извор - гликоза. Покрај ова, медиумот бил цитрат, кој во присуство на кислород овие бактерии не можат да го искористат како извор на храна. Во последните 20 години се смениле повеќе од 44 илјади генерации на бактерии.
Научниците ги набљудувале промените што се случувале кај бактериите. Повеќето од нив имале еднаков карактер кај сите популации, на пример, степенот на бактерискиот раст, иако со различно темпо. Меѓутоа, некаде помеѓу генерациите број 31 илјада и 32 илјади, во една од популациите се појавиле поголеми промени кои не биле забележани кај останатите популации. Бактериите станале способни да го користат цитратот. Користејќи зачувани примероци од бактерии од различни генерации, истражувачите увиделе дека почетокот на сериите од промени кои довеле до образување на нов вид бактерии се случил во генерацијата број 20 000, и тоа само во оваа колонија.
Еволуција на гуштери во нови услови
Според едно истражување од 2008 година, во една популација од ѕидни гуштери (Podarcis sicula), за само 36 години (многу краток период за еволуција) се променила големината и формата на главата, се зголемила силата на касање и се развиле нови структури во системот за дигестија. Овие физички промени се случиле едновремено со драматичните измени во популационата густина и социјалната структура.
Во 1971, пет пара на возрасни единки од овој вид биле пренесени од островот Под Кописте на соседниот остров Под Маркару (хрватски остров кој се наоѓа на југот од Средоземното Море, недалеку од Ластово). Условите на новото место биле блиски со оние на претходното станиште, отсуствувале копнени грабливци и за време од три декади гуштерите природно се распространиле низ островот (разместувајќи ја притоа локалната популација од видот Podarcis melisellensis). Кога истражувачите се вратиле на Под Маркару, забележале дека гуштерите на овој остров многу се разликуваат од гуштерите на Под Кописте. Споредбата на митохондриската ДНК покажала дека популациите се генетски неразлични, но во исто време во популацијата од Под Маркару се зголемила средната големина на единките, задните екстремитети биле пократки, максималната брзина на трчање била помала, а се променила и реакцијата на напад од грабливци.
Овие промени во градбата и однесувањето се објаснуваат со помалата активност на грабливците на Под Маркару и присуството на погуста вегетација, која овозможува криење. Покрај ова, во новата популација силно се измениле големината и формата на главата, таа станала помасивна и се зголемина силата на касање. Овие физички промени соодветствуваат на промената на исхраната: P. sicula од Под Кописте е првенствено инсектојад, а исхраната на гуштерите од Под Маркару во зависност од сезоната, речиси две третини се состоела од растенија. Растенијата во новото станиште се жилави и фиброзни, а моќните вилици придонесуваат за поквалитетно загризување и раздробување на растителната храна.
Најнеочекувана разлика била присуството на илеоцекален залисток, наменет за забавување на протокот на храна, со цел создавање во регионот на цревата комора за ферментација во која бактериите можат да ги разградуваат тешко сварливите делови од растителната храна. Овие залистоци никогаш не биле најдени кај овој вид на гуштери, вклучувајќи ја и првобитната популација од островот Под Кописте. Експертите нив ги нарекуваат ,,еволуциски новини, својство отсутно кај предочната популација кои се развиле за време на еволуцијата на овие гуштери‘‘. Покрај тоа, во цревата на единките од новата популација присуствуале цевчести црви кои ги немало кај првобитната популација.
Промените во исхраната довеле исто така и до промени во густината на популацијата и социјалната структура. Како резултат на фактот што растенијата се многу поверојатен и надежен извор на храна за разлика од инсектите, бројот на гуштери се зголемил. Исто така веќе не било потребно да се брка плен, што довело до престанок на агресивното бранење на нивната територија.
Развивање на отпорност кон антибиотици и пестициди
Развитокот и распространувањето на отпорност на бактериите кон антибиотици и отпорност на растенијата и инсектите кон пестициди е доказ за еволуцијата на видовите. Појавата на форми од Staphylococcus aureus отпорни на ванкомицин и опасноста која тие ја претставуваат за пациентите во болниците е директен резултат на еволуцијата по пат на природна селекција. Уште еден пример е развиток на соеви од Shigella отпорни на антибиотици од групата на сулфонамиди. Појавата на комарци отпорни на ДДТ и развитокот на отпорност на австралиските популации од зајаци на миксоматоза ја демонстрираат еволуцијата во услови на дејство на селекцискиот притисок при брза смена на генерациите.
Последните 50 години се забележани повеќе од 2500 случаи на адаптација на инсекти-штетници на различни пестициди. Затоа, за борба со штетниците, наместо обичните отрови, денес се употребуваат биолошки пестициди - ентомопатогени вируси. На пример, за борба со молецот Cydia pomonella (чии гасеници се "црвите" во црвливите јаболки) активно се користи Cydia pomonella грануровирус (CpGV). Но во 2003 година се забележале првите случаи на намалување на делотворноста на вирусот и во 2005 се појавиле популации од овој молец кај кои отпорноста кон овој вирус се зголемила за 100 000 пати. Востановено е дека причината за отпорноста е мутација која се јавила на половиот Z-хромозом.
Примери за образување на нови видови
Според синтетичката теорија на еволуцијата, образувањето на нови видови (односно, видообразба) протекува како резултат на одделување на единките од еден вид на групи кои не се вкрстуваат меѓусебно. Ова одделување може да биде предизвикано од разни причини, на пример присуство на непремостливи географски бариери (алопатричка видообразба) или одделување по еколошки ниши во рамките на еден ареал (симпатричка видообразба). По воспоставувањето на различните типови на изолации, популациите започнуваат да еволуираат независно, како резултат на што меѓу популациите постепено се натрупуваат генетски разлики и по одредено време се достигнува генетска несовпадливост - вкрстувањето (размножувањето) станува невозможно.
Дополнително, новите видови може да настанат практично во еден миг (гледано од аспект на геолошката временска скала) по пат на полиплоидија (зголемување на бројот на хромозоми во клетките) и хибридизација (вкрстување меѓу различни видови).
Набљудувањата на современите видови покажуваат дека видообразбата непрекинато се одвива во постоечките популации.
Интермедиерни фази на видообразбата thumb|250px|На овој дијаграм, секоја популација е претставена со обоен блок. Секоја популација (обоен блок) може да се вкрстува со своите соседни популации, но екстремно различните (несоседни) популации се доволно генетски изолирани за да не можат да се вкрстуваат. При дефинирањето на поимот вид, големо значење има речиси целосната репродуктивна изолација во природни услови. Ако знаеме дека видообразбата протекува постепено, како резултат на мали последователни промени, тогаш и денес ние ги набљудуваме сите можни фази на видообразбата, а со тоа и сите можни фази на репродуктивната изолација: слободно вкрстување меѓу популациите, отежнато вкрстување, намалување на плодноста на потомството, неплодно потомство и на крајот - целосна генетска изолација. Ако ништо слично не може да се забележи среде современите видови, тогаш се побиваат основите на еволуционата теорија, односно тоа е можен пример за фалсификабилност на еволуционата теорија.
Постојат многу примери за тоа како различните видови може да се вкрстуваат, во исклучителни околности. На пример, црната врана и сивата врана населуваат многу ареали, но на местата каде се среќаваат овие ареали видовите може да образуваат хибриди. Друг пример се различните видови риби од родот Catostomus од реката Плат, кои живат блиску еден до друг, но во ретки случаи се вкрстуваат.