Os peixes são um grupo parafilético e, por esta razão, a classe Pisces vista em obras de referência mais antigas não é mais usada na taxonomia formal. A classificação tradicional divide os peixes em três classes existentes (Agnatha, Chondrichthyes e Osteichthyes), e com formas extintas às vezes classificadas dentro desses grupos, por vezes como as suas próprias classes:
Os peixes representam mais de metade das espécies vertebradas. Em 2016, existiam mais de 32.000 espécies descritas de peixes ósseos, mais de 1.100 espécies de peixes cartilagíneos e mais de 100 de feiticeiras e lampreias. Um terço delas enquadra-se nas nove maiores famílias; da maior para a mais pequena, são Cyprinidae, Gobiidae, Cichlidae, Characidae, Loricariidae, Balitoridae, Serranidae, Labridae e Scorpaenidae. Cerca de 64 famílias são monotípicas, contendo apenas uma espécie.
Classe " Agnatha " (peixes sem mandíbula, parafiléticos ) Subclasse Cyclostomata ( peixes-bruxa e lampreias ) Subclasse †" Ostracodermi " (peixes sem mandíbula e blindados, parafiléticos) Classe Chondrichthyes (peixes cartilaginosos) Subclasse Elasmobranchii ( tubarões e raias ) Subclasse Holocephali ( quimeras e parentes extintos) Classe †" Placodermi " (peixes blindados, parafiléticos) Classe †" Acanthodii " ("tubarões espinhosos", às vezes classificados em Actinopterygii e parafiléticos) Superclasse Osteichthyes (peixes ósseos) Classe Actinopterygii (peixes com nadadeiras raiadas) Clade Sarcopterygii (peixes com nadadeiras lobadas e tetrápodes )
O esquema acima é mais comumente encontrado em trabalhos não especializados e gerais. Muitos dos grupos citados são parafiléticos significa que eles incluem um ancestral comum, mas excluem um ou mais grupos de descendentes: os Agnatha são ancestrais dos Placodermi, que por sua vez deram origem aos Osteichthyes, bem como aos Acanthodii, os ancestrais dos Chondrichthyes. Com o advento da nomenclatura filogenética, os peixes foram divididos em um esquema mais detalhado, com os seguintes grupos principais:
Classe Myxini (peixe-bruxa) Classe † Pteraspidomorphi (peixes primitivos sem mandíbula) Classe † Thelodonti Classe † Anaspida Classe Petromyzontida ou Hyperoartia Família Petromyzontidae ( lampreias ) Classe † Conodonta (conodontes) Classe † Cephalaspidomorphi (peixes primitivos sem mandíbula) Clade † Galeaspida Clade † Pituriaspida Clado † Osteostraci Infraphylum Gnathostomata (vertebrados com mandíbula) Classe †" Placodermi " (peixes blindados, parafiléticos) Classe Chondrichthyes (peixes cartilaginosos) Classe †" Acanthodii " (tubarões espinhosos, parafiléticos) Superclasse Osteichthyes (peixes ósseos) Classe Actinopterygii (peixes com nadadeiras raiadas) Subclasse Chondrostei Ordem Acipenseriformes ( esturjões e peixes-espátula ) Ordem Polypteriformes ( peixes-junco e bichirs ). Subclasse Neopterygii Infraclasse Holostei ( gars e bowfins ) Infraclasse Teleostei (muitas ordens de peixes comuns) Classe Sarcopterygii (peixes com nadadeiras lobadas e tetrápodes) Subclasse Actinistia (celacantos) Subclasse Dipnoi (peixes pulmonados, grupo irmão dos tetrápodes )
† – indica táxon extinto Alguns paleontólogos afirmam que, por serem cordados, os Conodonta são peixes primitivos. Para uma análise mais completa dessa taxonomia, consulte o artigo sobre vertebrados .
A posição do peixe-bruxa no filo Chordata não está definida. Pesquisas filogenéticas em 1998 e 1999 apoiaram a ideia de que o peixe-bruxa e as lampreias formam um grupo natural, os Cyclostomata, que é um grupo irmão dos Gnathostomata.
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