A história dos povos indígenas na ditadura militar é caracterizada pelo etnocídio e pela expropriação de terras. Tais conflitos se iniciaram na época colonial, mas perduraram no tempo, perpassando a Primeira e a Segunda República, os anos dos governos JK e Jango e adentrando a Ditadura Militar brasileira.

Contexto Durante o Governo Militar, as decisões eram tomadas a partir de uma lógica de “Progresso a qualquer custo”, com argumento de que o Brasil tinha potencial para ser  mais relevante no cenário internacional, mas precisava se livrar daquilo que representava o “passado” e o "atraso" (políticas assistencialistas, protecionismo econômico, pouca integração entre o interior e os centros urbanos, etc). miniaturadaimagem|Capa do primeiro volume do Relatório Figueiredo Apesar do conhecimento disponível sobre a violência de Estado cometida contra os povos indígenas durante a ditadura estar muito longe de representar a totalidade dos acontecimentos, muito do que se sabe se deve às informações do Relatório Figueiredo, um documento histórico crucial que delatou graves violações de direitos humanos contra povos indígenas durante o regime militar brasileiro. Elaborado em 1967 pelo procurador Jader de Figueiredo Correia, a pedido do Ministério do Interior, o relatório foi resultado de uma investigação abrangente que visitou mais de 130 postos indígenas em todo o Brasil. O documento ficou desaparecido por 44 anos e acreditava-se que tivesse sido destruído em um incêndio no Ministério da Agricultura. Contudo, ele foi localizado ainda na década de 1990, apesar de apenas ter sido divulgado para o grande público em 2013, auxiliando consideravelmente o trabalho da Comissão Nacional da Verdade (CNV). O relatório registrou um conjunto sistemático de atrocidades, incluindo casos de tortura, genocídio de comunidades indígenas, assassinatos, violência sexual, apropriação indevida dos territórios indígenas, trabalho escravo, epidemias (inclusive induzidas) e massacres aleatórios a grupos indígenas com armamentos pesados. Trata-se de crimes perpetrados majoritariamente com a participação de agentes do Estado, envolvendo inclusive funcionários do Serviço de Proteção ao Índio (SPI). Alguns desses crimes também tiveram a participação de grandes proprietários de terra. miniaturadaimagem|Indígenas Kayapó lendo projeto de Constituição em 1987. Após anos de denúncias de alguns membros do próprio SPI e da imprensa, foi instaurada a Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) para investigar o órgão. Desse modo, o Relatório Figueiredo corresponde ao relatório final da Comissão. A conclusão da CPI foi que alguns funcionários do órgão usavam de meios ilegais para explorar as atividades agrícolas e artesanais dos territórios indígenas em prol dos próprios interesses econômicos. A Comissão descartou a hipótese de um genocídio perpetrado por uma instituição estatal, considerando-o apenas um caso de corrupção dos sujeitos envolvidos. Os 13 funcionários acusados apenas sofreram sanções, não sendo "aplicadas penalidades no âmbito criminal". Tal decisão desencadeou um escândalo internacional e foi um dos motivos da extinção do SPI em 1967, dando lugar à Fundação Nacional dos Povos Indígenas (Funai), então ligada ao Ministério do Interior.

Rodovia Transamazônica miniaturadaimagem|Rodovia Transamazônica (BR-230) em relação as outras rodovias brasileiras A BR 230, mais conhecida como Transamazônica, é uma rodovia federal e transversal brasileira. Projetada e executada em plena ditadura militar no Brasil, ela coincide com a euforia das grandes obras propostas pelos militares e também com o entusiasmo gerado pela vitória da seleção brasileira sobre o México em 1970. No entanto, sua concepção ainda hoje é tema de debates e controvérsias. Pensada como uma estrada de penetração na Amazônia, que rasgaria a selva, do Nordeste ao Acre, sua concretização, pelo menos nos primeiros anos, trouxe mais danos ao ambiente do que benefícios, assim como para os variados povos indígenas que passariam a viver às margens da rodovia.

Se por um lado o Brasil vivia esse momento de ufanismo, por outro lado, o flagelo da seca atingia 1 milhão de moradores do Nordeste, como havia calculado um ministro do Governo à época. Devido ao desastre humanitário, Médici, o presidente no momento, e seus ministros do Planejamento, Transportes, Fazenda e do Interior foram obrigados a visitar a região. Ao fazer uma parada em Recife, Médici fez um discurso contundente e emocionado na reunião com o conselho deliberativo da SUDENE, junto a outros governadores, políticos e militares. Afirmava que tinha atravessado, em suas viagens, regiões com "plantações perdidas" e "lugarejos mortos" , nos quais os homens comiam apenas "feijão e farinha". Havia "crianças desassistidas" e afirmava que "em toda a minha vida nada havia me chocado assim, me havia feito emocionar e desafiar a minha vontade".

A partir de então, Médici anunciou que apoiaria a agricultura do Nordeste e fomentaria a colonização em zonas úmidas do Nordeste, do Maranhão, do sul do Pará, no Planalto Central. Poucos dias depois, foi divulgado pela imprensa que 5200 homens e 520 milhões de cruzeiros seriam investidos no que foi chamado de ocupação da Amazônia na manchete da Folha de São Paulo. O jornal também comemorava: "Transamazônica povoará a selva". Após alguns dias, já estava acertado com empreiteiros e empreiteiras o início das obras. A mão de obra viria dos chamados flagelados da seca nordestina. Lendo esses relatos, há quem pense que a Transamazônica teria nascido assim, do gesto emotivo de um ditador. Porém, essa versão da história não é a mais precisa. Assim como tantas outras histórias da ditadura, ela se complexifica quando examinada de perto. O governo militar já havia planejado há muito tempo uma estrada de penetração na Amazônia, a despeito da fome dos "flagelados". À luz de tudo o que haveria de ocorrer com os grupos indígenas, o regime, segundo fontes, teve tempo de sobra para se preparar para as obras. miniaturadaimagem|Vídeo do Fundo Agência Nacional, em que Médici aparece na inauguração de uma placa que marca o início da construção da rodovia em Altamira (PA) e trechos da rodovia são mostrados. Em 1967, havia um decreto que propunha a efetiva ocupação dos espaços apresentados como vazios pelo governo, ao que chamavam de povoamento orientado. Um ano antes da viagem de Médici a Recife, já circulavam notícias na imprensa sobre uma estrada rasgando a Amazônia. Era a "grande vereda", a "grande transversal" que cortaria a Amazônia, para ligar o Nordeste ao Acre. Nessa mesma época, o jornal O Estado de São Paulo já chamava a rodovia de "Transamazônica", informando que ela facilitaria a chegada de grandes contingentes de colonizadores. No entanto, perguntas fundamentais foram deixadas de lado no projeto e execução da estrada. Quais seriam as preocupações do governo com o destino das etnias indígenas espalhadas ao longo do trajeto? Elas seriam contatadas quanto tempo antes das obras? Onde exatamente estavam os indígenas? Quantos seriam os médicos e os medicamentos necessários para esses contatos, e quais eram os recursos e a logística empregadas pela Funai? Caso os militares tivessem dificuldades em coletar essas informações, bastaria consultar muitos dos variados sertanistas disponíveis no Brasil de então. Um desses sertanistas era Francisco Meireles. Ele calculava que, em junho de 1970, havia um total de 6 mil a 8 mil indígenas que viviam no curso da rodovia. Dentre os povos citados, estavam Juruna, Krenakarone, Asurini, Parakanã, Rikbaktsa, Suruis, Karajá, Kayabi, dentre outros.

De início, muitos sertanistas não acreditavam que a rodovia pudesse causar tamanho danos aos povos indígenas. Eles imaginavam que "a construção da estrada não representaria perigo nem para os índios nem para os "civilizados". Anos mais tarde, contudo, ao saber de um grande desastre que se abateu sobre um dos grupos, o Congresso Nacional começava a tomar conhecimento da grave violação a que estavam sendo submetidos os povos indígenas. Nesse ínterim, o deputado oposicionista Airton Soares, do MDB, afirmava que, se não cabia aos departamentos de estradas e às construtoras saber da existência desses povos ao longo do traçado da rodovia, invariavelmente caberia ao governo sabê-lo. Sob a direção do general Bandeira de Mello, por exemplo, a Funai trabalhava a favor das empreiteiras, protegendo os trabalhos de construção da rodovia e fazendo o possível para evitar choques entre os trabalhadores e os indígenas. Era necessário, segundo orientações de Bandeira de Mello, impedir que os 29 grupos atrapalhassem os trabalhos na região, assim como evitar conflitos para que não atrasasse as obras. Segundo fontes, as mesmas orientações eram passadas a grupos de funcionários da Funai. O que ele pretendia era que as equipes da Funai e mesmo sertanistas, fizessem contato para evitar atritos entre o pessoal das obras, dos engenheiros e das firmas com os indígenas. No entanto, não foi abordada pela imprensa a questão das doenças que poderiam ser levadas aos grupos indígenas, sem proteções imunológicas contra as enfermidades dos "civilizados".

A descoberta dessas aldeias e dessa multiplicidade de povos habitando a selva amazônica, não teria sido possível sem as experiências dos sertanistas e das suas equipes de trabalho. As chamadas equipes de atração contavam com um mínimo de dez pessoas, dentre elas o coordenador sertanista, três mateiros, enfermeiros e outros que os auxiliavam. As equipes de atração começaram a operar simultaneamente na selva e, ao mesmo tempo, funcionavam como "fontes de penetração", visto que abriam muitas picadas por onde passavam para buscar os indígenas chamados de “isolados”. Para a etapa inicial dessa penetração na selva, o sertanista, junto com seu grupo, iniciava aquilo que chamavam de "namoro" com os indígenas, isto é, a prática da distribuição de presentes para os nativos, tais como foices, machadinhas, alimentos, tabaco, miçangas e outros artefatos. Dessa forma buscavam que os indígenas se tornassem receptivos e abertos à negociação de uma "paz". Após essa negociação, os grupos de trabalho adentravam a selva e passavam a conhecer a floresta, as comunidades indígenas, seu povo, seus modos de viver e suas culturas. A principal causa para a dizimação de muitos indígenas e mesmo a sua quase extinção, foram as doenças do homem branco "civilizado", para as quais eles não possuíam resistência imunológica. Enfermidades como terçã maligna, disenteria, gripe, malária, catapora, sarampo e febre, se espalharam por diversas aldeias. A chegada de medicamentos e vacinas que eram solicitados demoravam e, quando chegavam, eram insuficientes. Se o discurso do governo era o de que estaria olhando para esses povos indígenas a partir do mundo civilizado, para os proteger de todos os males que poderiam advir para eles, as fontes asseguram o oposto: os diversos males chegaram rápido demais. A despeito das violações contra os indígenas e dos conflitos, em momento algum a construção da Transamazônica foi paralisada. Reformatório Krenak 🔍Ver artigo principal: Reformatório Krenakminiaturadaimagem|Cacique Mário Juruna, do povo Xavante.