thumb|250px|Bandeira do estado de Alagoas A história de Alagoas se inicia antes do descobrimento do Brasil pelos portugueses, o estado era povoada pelos índios caetés. A costa do atual Estado de Alagoas, reconhecida desde as primeiras expedições portuguesas, desde cedo também foi visitada por embarcações de outras nacionalidades para o escambo de pau-brasil (Caesalpinia echinata).
Quando da instituição do sistema de Capitanias Hereditárias (1534), integrava a Capitania de Pernambuco, e a sua ocupação remonta à fundação da vila de Penedo (1545), às margens do rio São Francisco, pelo donatário Duarte Coelho Pereira, que incentivou a fundação de engenhos na região. Palco do naufrágio da Nau Nossa Senhora da Ajuda e subsequente massacre dos sobreviventes, entre os quais o Bispo D. Pero Fernandes Sardinha, pelos Caeté (1556), o episódio serviu de justificativa para a guerra de extermínio movida contra esse grupo indígena pela Coroa portuguesa. Ao se iniciar o século XVII, além da lavoura de cana-de-açúcar, a região de Alagoas era expressiva produtora regional de farinha de mandioca, tabaco, gado e peixe seco, consumidos na Capitania de Pernambuco. Durante as invasões holandesas do Brasil (1630-1654), o seu litoral se tornou palco de violentos combates, enquanto que, nas serras de seu interior, se multiplicaram os quilombos, com os africanos evadidos dos engenhos de Pernambuco e da Bahia. Palmares, o mais famoso, chegou a contar com vinte mil pessoas no seu apogeu. Constituiu-se em a Comarca de Alagoas em 1711, e foi desmembrado da Capitania de Pernambuco (Decreto assinado pelo Rei de Portugal, Dom João VI, em 16 de setembro de 1817), dada a importância de Alagoas para a Corte Portuguesa. O seu primeiro governador, Sebastião Francisco de Melo e Póvoas, assumiu a função a 22 de janeiro de 1819.
Durante o Brasil Império (1822-1889), sofreu os reflexos de movimentos como a Confederação do Equador (1824) e a Cabanagem (1835-1840). A Lei Provincial de 9 de dezembro de 1839 transferiu a capital da Província da cidade de Alagoas (hoje Marechal Deodoro), para a vila de Maceió, então elevada a cidade.
A primeira Constituição do Estado foi assinada em 11 de junho de 1891, em meio a graves agitações políticas que assinalaram o início da vida republicana. Os dois primeiros presidentes da República do Brasil, Deodoro da Fonseca e Floriano Peixoto, foram alagoanos. os quais receberam homenagens ao terem seus nomes vinculados as cidades de, Marechal Deodoro - Alagoas (homenagem a Marechal Deodoro da Fonseca) e Florianópolis - Santa Catarina (homenagem a Marechal Floriano Peixoto).
Primeiros habitantes Por volta do século XVI, o litoral do atual estado de Alagoas foi invadido por povos de língua tupi procedentes amazônicos. Eles expulsaram os antigos habitantes, falantes de línguas do tronco linguístico macro-jê, para o interior do continente. No século XVI, quando os primeiros europeus chegaram ao litoral de Alagoas, ele era habitado pela nação tupi dos caetés.BUENO, E. Brasil: uma história. 2ª edição. São Paulo. Ática. 2003. p. 19.
Chegada dos europeus thumb|left|Mapa de Luís Teixeira (c. 1574) com a divisão da América portuguesa em capitanias. A linha de Tordesilhas está deslocada dez graus mais a oeste. Barra Grande deve ter sido o primeiro ponto do território das Alagoas visitado pelos descobridores portugueses, por ocasião da viagem de Américo Vespúcio, em 1501. Embora não haja referência àquele porto, excelente para a acolhida de navios, como a expedição vinha do norte para o sul, cabe crer que tenha ocorrido ali o primeiro contato com a terra alagoana. A 29 de setembro, Vespúcio assinalou um rio a que chamou São Miguel, no território percorrido; a 4 de outubro, denominou São Francisco o rio então descoberto, hoje limite de Alagoas com Sergipe.
Sem sombra de dúvida, nas décadas seguintes, os franceses andaram pela costa alagoana, no tráfico do pau-brasil com os nativos dos arredores. Até hoje, o porto do Francês documenta a presença, ali, daquele povo.
Duarte Coelho, primeiro donatário da capitania de Pernambuco, realizou uma excursão ao sul; não há documentos que a comprove, mas há evidências de que tenha sido realizada em 1545 e de que dela resulte a fundação de Penedo - Alagoas (patrimônio artístico e cultural de grande valor), tendo sido palco de importantes acontecimentos do Brasil Colonial), às margens do rio São Francisco.
Em 1556, voltava da Bahia para Portugal o bispo dom Pero Fernandes Sardinha, quando seu navio naufragou defronte da enseada do hoje pontal do Coruripe. Sardinha foi morto e devorado pelos caetés, uma das numerosas tribos indígenas então existentes na região. Perdura a crença popular de que a ira divina secou e esterilizou todo o chão manchado pelo sangue do religioso. Para vingá-lo, Jerônimo de Albuquerque comandou uma expedição guerreira contra os caetés, destruindo-os quase completamente e escravizando os sobreviventes.BUENO, E. Brasil: uma história. 2ª edição. São Paulo. Ática. 2003. p. 19.
Em 1570, uma segunda bandeira enviada por Duarte Coelho, comandada por Cristóvão Lins, explorou o norte de Alagoas, onde fundou Porto Calvo e cinco engenhos, dos quais subsistem dois, o Buenos Aires e o Escurial. Neste último repousou, em 1601, o corsário inglês Anthony Knivet, que viajara por terra após fugir da Bahia, onde estivera prisioneiro dos portugueses.
A guerra holandesa thumb|Retrato anônimo de Filipe Camarão, século XVII, Museu do Estado de Pernambuco. No princípio do século XVII, Penedo, Porto Calvo e Alagoas já eram freguesias, admitindo-se que tais títulos lhes tivessem sido conferidos ainda no século anterior. Foram vilas, porém, em 1636. Repousando a economia regional na atividade açucareira, tornaram-se os engenhos de açúcar os núcleos principais da ocupação da terra. A partir de 1630, Alagoas, atingida pela invasão holandesa, teve povoados, igrejas e engenhos incendiados e saqueados.
Os portugueses reagiram duramente. Batidos por sucessivos reveses, os holandeses já desanimavam, pensando em retirar-se, quando para eles se passa o mameluco Domingos Fernandes Calabar, de Porto Calvo. Grande conhecedor do terreno, orientou os holandeses em uma nova expedição a Alagoas. Os invasores aportaram à Barra Grande, de onde passaram a vários pontos, sempre com bom êxito. Em Santa Luzia do Norte, a população, prevenida, ofereceu resistência. Após encarniçada peleja, os holandeses recuaram e retornaram a Recife. Mas, caindo em seu poder o arraial do Bom Jesus, entre Recife e Olinda, obtiveram várias vitórias.
Alagoas, Penedo e Porto Calvo: eis os pontos principais onde se trava a luta em terras alagoanas. Por fim, os portugueses retomaram Porto Calvo e aprisionaram Calabar, que morreu na forca em 1635. Clara Camarão, uma porto-calvense de sangue indígena, também se salientou na luta contra os holandeses. Acompanhou o marido, o índio Filipe Camarão, em quase todos os lances e arregimentou outras mulheres, tomando-lhes a frente.
Guerra dos Palmares Por volta de 1641, afirmava um chefe holandês estar quase despovoada a região. Maurício de Nassau pensou em repovoá-la, mas o projeto não foi adiante. Na época também se produzia fumo em Alagoas, considerado de excelente qualidade o de Barra Grande. Em 1645, a população participou da reação nacionalista, integrando-se na luta sob o comando de Cristóvão Lins, neto e homônimo do primeiro povoador de Porto Calvo. Expulsos os holandeses do território alagoano, em setembro de 1645, prossegue a população em sua luta contra eles, já agora, todavia, em território pernambucano.
Em fins do século XVII intensificam-se as lutas contra os quilombos negros reunidos nos Palmares. Frustradas as primeiras tentativas de Domingos Jorge Velho, sobretudo em 1692,. dois anos depois o quilombo é derrotado, com o ataque simultâneo de três colunas: uma, dos paulistas de Domingos Jorge; outra, de pernambucanos, sob o comando de Bernardo Vieira de Melo; e a terceira, de alagoanos, comandados por Sebastião Dias. Palmares começara a formar-se ainda nos fins do século XVI, e resistiu a sucessivos ataques durante quase um século.
150px|esquerda|thumb|Domingos Jorge Velho. Um dos maiores redutos de escravos foragidos do Brasil colonial, Palmares ocupava inicialmente a vasta área que se estendia, coberta de palmeiras, do cabo de Santo Agostinho ao rio São Francisco. A superfície do quilombo, progressivamente reduzida com o passar do tempo, concentrar-se-ia, em fins do século XVII, na ainda extensa região delimitada pelas vilas de Una e Serinhaém, em Pernambuco, e Porto Calvo, Alagoas e São Francisco (Penedo), em Alagoas. Os escravos haviam organizado no reduto um verdadeiro estado, segundo os moldes africanos, com o quilombo constituído de povoações diversas (mocambos), pelo menos 11, governadas por oligarcas, sob a chefia suprema do rei Ganga-Zumba. A partir de 1667, amiudaram-se as entradas contra os negros, a princípio com a finalidade de recapturá-los, em seguida com a de conquistar as terras de que se haviam apoderado. As investidas do sargento-mor Manuel Lopes (1675) e de Fernão Carrilho (1677) seriam desastrosas para os quilombolas, obrigados a aceitar a paz em condições desfavoráveis. Apesar desse revés, a luta prosseguiria, liderada por Zumbi, sobrinho de Ganga-Zumba, contra cujas hostes aguerridas, em seguida a uma primeira expedição punitiva, em 1679, e a diferentes entradas sem maiores consequências, se voltaria finalmente o bandeirante paulista Domingos Jorge Velho, para tanto contratado pelo governador de Pernambuco, João da Cunha Souto Maior. Nos primeiros meses de 1694, aliado a destacamentos alagoanos e pernambucanos, sob o comando, respectivamente, de Sebastião Dias e Bernardo Vieira de Melo, Velho liquidaria a derradeira resistência do quilombo.. Zumbi lograria escapar, arregimentando novos combatentes, mas, traído, ver-se-ia envolvido por forças inimigas, com cerca de vinte de seus homens, perecendo em luta, a 20 de novembro de 1695. Desaparecia, após mais de sessenta anos, o quilombo dos Palmares, "o maior protesto ao despotismo que uma raça infeliz traçou à face do mundo", no dizer de Craveiro Costa.
Criação da comarca thumb|Mapa da Província da Paraíba (1698). Já então apresentavam as Alagoas indícios de prosperidade e desenvolvimento, quer do ponto de vista econômico, quer do cultural. Sua principal riqueza era o açúcar, sendo além disso produzidos, embora em menor escala, mandioca, fumo e milho; couros, peles e pau-brasil eram exportados. As matas abundantes forneciam madeira para a construção de naus. Nos conventos de Penedo e das Alagoas os franciscanos mantinham cursos e publicavam sermões e poesias. Tudo isso justificou o ato régio de 9 de outubro de 1710, criando a comarca das Alagoas, que somente se instalou em 1711. Daí em diante, a organização judiciária restringia o arbítrio feudal dos senhores, e até o dos representantes da metrópole. A comarca desenvolvia-se. Já em 1730 o governador de Pernambuco, propondo a el-rei a extinção da decadente capitania da Paraíba, assinalava a prosperidade de Alagoas, com seus quase cinquenta engenhos, dez freguesias, e apreciável renda para o erário real. Ao lado do açúcar, incrementou-se a cultura do algodão. Seu cultivo foi introduzido na década de 1770; em 1778, já se exportavam para Lisboa amostras de algodão tecido nas Alagoas. Em Penedo e Porto Calvo, fabricava-se pano ordinário, para uso, sobretudo, de escravos. Em 1754, frei João de Santa Ângela publicou, em Lisboa, seu livro de sermões e poesias; é a primeira obra de um alagoano. A população crescia, distribuindo-se em várias atividades. Um cômputo demográfico mandado realizar em 1816 pelo ouvidor Antônio Ferreira Batalha registrava uma população de 89.589 pessoas.
Capitania independente thumb|left|D. João VI de Portugal