A edição de 1999-2000 da Liga de Honra foi a décima edição deste escalão do futebol português.
Foi disputada por 18 clubes: 3 despromovidos da Primeira Liga, 3 promovidos da II Divisão, e os restantes que tinham permanecido.
O vencedor foi o Paços de Ferreira. Acompanharam na subida à Primeira Divisão o Beira-Mar e o Desportivo das Aves, que ficaram em segundo e terceiro lugares respectivamente.
Moreirense, Esposende e Sporting da Covilhã foram despromovidos para a II Divisão.
Equipas Equipas a disputar a edição em relação à edição anterior
Despromovidas da Primeira Liga Académica de Coimbra Beira-Mar Desportivo de Chaves
Mantidos Desportivo das Aves Esposende Felgueiras Leça Maia Moreirense Naval Paços de Ferreira Penafiel Sporting de Espinho União de Lamas Varzim
Promovidos à 2ª Divisão de Honra Freamunde Imortal Sporting de Covilhã
Tabela classificativa EquipaPtsJVEDGMGS+/-Comments 1.653419875631+25 Promovidos à Primeira Divisão 2. 6534181155430+24 3.613418793324+9 4. 603417985333+20 5. 573416995537+18 6.5634141465233+19 7.Felgueiras5134149114236+6 8.U. Lamas4634144163950-11 9.Sp. Espinho4534136155148+3 10.Freamunde45341112114237+5 11.Leça4534136154149-8 12.Chaves 44341111124645 +1 13. 4234119145355-2 14.Maia4234119143544-9 15.Imortal333489174364-21 16.Moreirense2934611172949-30 <center>Despromoção para a II Divisão 17.Esposende 283484223165-34 18.Sp. Covilhã2534510192348-25
Nota 1: cada vitória valia 3 pontos
Nota 2: quando dois ou mais clubes têm os mesmos pontos, a classificação é determinada pelos resultados dos jogos entre eles.
Melhor marcador Marcos Nangi, mais conhecido como Marcão, futebolista brasileiro, foi o melhor marcador, tendo marcado 27 golos ao longo da época, que jogou pelo Varzim.
Treinadores Alguns dos treinadores das equipas no decorrer da época:
Equipa Treinador Carlos Garcia António SousaFelgueiras Diamantino MirandaImortal Ricardo Formosinho Paco FortesMaia Horácio Gonçalves José Mota Luís CamposSp. Espinho Carlos Carvalhal Rogério Gonçalves
1999–00 Categoria:Futebol de 1999 em Portugal Categoria:Futebol de 2000 em Portugal