miniaturadaimagem|Unidade 2000 A Copa Intertoto da UEFA de 2000 foi a 6ª edição da prova, ganha pela Udinese Calcio, Celta de Vigo, e Stuttgart. As três equipas qualificaram-se para a Copa da UEFA de 2000-01.
1ª Eliminatória Os jogos realizaram-se a 18 e 19 de Junho para a primeira mão e 25 e 26 de Junho os da segunda mãouefa.com - 1ª Eliminatória.
Legenda: g.f. - equipa apurou-se pela Regra do gol fora de casa g.p. - equipa apurou-se após disputa de desempate por penalties nota 1 - atribuída vitória ao Dinaburg por 3–0 due por o OD Trenčín alinhado com jogador inelegível nota 2 - atribuída vitória ao LASK Linz por 3–0 due por o Hapoel Petah Tikva alinhado com jogador inelegível
2ª Eliminatória Os jogos realizaram-se a 1 e 2 de Julho para a primeira mão e 8 e 9 de Julho os da segunda mãouefa.com - 2ª Eliminatória.
Legenda: g.f. - equipa apurou-se pela Regra do gol fora de casa nota 1 - atribuída vitória ao Auxerre por 3–0 due por o Stabæk alinhado com jogador inelegível
3ª Eliminatória Os jogos realizaram-se a 15 e 16 de Julho para a primeira mão e 22 de Julho os da segunda mãouefa.com - 3ª Eliminatória.
Legenda: g.f. - equipa apurou-se pela Regra do gol fora de casa Meias-finais Os jogos realizaram-se a 26 de Julho e 2 de Agostouefa.com - Meias-Finais.
Legenda: a.p. - equipa apurou-se após prorrogação
Finais Os jogos realizaram-se a 8 e 22 de Agostouefa.com - Finais.
Legenda: a.p. - equipa apurou-se após prorrogação
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Categoria:Copa Intertoto da UEFA