T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) é um software de alinhamento múltiplo de sequências que usa uma abordagem progressiva. Ele gera uma biblioteca de alinhamentos em pares para guiar o alinhamento múltiplo de seqüências. Ele também pode combinar alinhamentos múltiplos de seqüências obtidos anteriormente e nas versões mais recentes pode usar informações estruturais a partir de arquivos do PDB (3D Coffee). Possui recursos avançados para avaliar a qualidade dos alinhamentos e alguma capacidade de identificar a ocorrência de motivos (Mocca). Ele produz alinhamentos no formato ALN (Clustal) por default, mas pode produzir alinhamentos nos formatosPIR, MSF e FASTA. Os formatos de entrada mais comuns são suportados ( FASTA, PIR).
Comparações com outros software de alinhamento Enquanto a saída padrão está em um formato similar ao Clustal, ela é suficientemente diferente da saída do ClustalW/X o que faz com que muitos programas com suporte ao formato de Clustal não possam lê-la; felizmente o ClustalX pode importar saídas do T-Coffe de modo que a simples solução para esse problema geralmente é importar saídas do T-Coffe para o ClustalX e então re-exportar. Outra possibilidade é solicitar o formato de saída estrita do ClustalW com a opção "-output=clustalw_aln"
Uma especificidade importante do T-Coffee é a sua capacidade de combinar diferentes métodos e tipos de dados diferentes. Em sua última versão, T-Coffee pode ser usado para combinar seqüências de proteínas e estruturas, seqüências de ARN e estruturas. Ele também pode executar e combinar a saída das seqüências e pacotes de alinhamento da estrutura mais comuns. Para obter uma lista completa, veja: tclinkdb.txt
T-Coffee vem junto com um utilitário sofisticado de reformatação de seqüências chamado seq_reformat. Uma extensa documentação está disponível a partir de t_coffee_technical.htm juntamente com um tutorial t_coffee_tutorial.htm.
Variações M-Coffee M-Coffee é um modo especial do T-Coffee que torna possível combinar a saída dos pacotes mais comuns de alinhamento múltiplo de seqüência (MUSCLE, ClustalW, MAFFT, probcons, etc). Os alinhamentos resultantes são ligeiramente melhores do que o individual, mas o mais importante é que o programa indica as regiões onde o alinhamento de vários pacotes concordam. Regiões de elevada concordância são geralmente bem alinhadas.
Expresso e 3D-Coffee Estes são modos especiais do T-Coffee tornando possível combinar seqüências e estruturas em um alinhamento. Os alinhamentos baseados em estruturas podem ser realizados utilizando os alinhadores estruturais mais comuns, tais como TMalign, Mustang, e sap.
R-Coffee R-Coffee é um modo especial do T-Coffee tornando possível alinhar seqüências de ARN ao usar informações de estrutura secundária.
Ver também Clustal PHYLIP MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis PAUP MUSCLE MAFFT Filogenética computacional Árvore filogenética Filogenética
Ligações externas T-Coffee Página oficial Servidor T-Coffee Aligner página de download T-Coffee documentação técnica Tutorial
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