A Igreja Católica no Azerbaijão é parte da Igreja Católica universal, em comunhão com a liderança espiritual do Papa, em Roma, e da Santa Sé. O país é majoritariamente muçulmano, porém, em grande parte a adesão ao islã é apenas nominal, e os níveis de participação religiosa são baixos. Seguindo os padrões dos países de maioria muçulmana, a liberdade religiosa é amplamente limitada e monitorada pelo governo, e o proselitismo é vetado, mesmo para os estrangeiros. Contudo, no geral, a Igreja azerbaijana mantém boas relações com o governo e com outras religiões. Anualmente, o governo paga fundos aos grupos religiosos considerados "tradicionais", incluindo o catolicismo. Geralmente, os que enfrentam mais perseguição e pressão social pela adesão ao cristianismo são os azeris ex-muçulmanos. A lista de perseguição religiosa de 2023 da Fundação Portas Abertas classificou o Azerbaijão como o 59.º país que mais persegue os cristãos.
História thumb|left|200px|Catedral da Imaculada Conceição, presente em Baku até a década de 1930, e demolida pelas autoridades soviéticas. O cristianismo chegou à região no século I, quando a região era governada pelo Reino da Albânia. A heresia nestoriana toma conta da Igreja local no século IV, porém, no século VII a região é tomada pelas invasões árabes, impondo o islã. Tensões entre os azeris muçulmanos e armênios cristãos passaram a ser rotina.
Em 1806, o Azerbaijão é invadido pelo Império Russo, dando fôlego à Igreja Ortodoxa Russa. Em 1920, o país passa a ser parte da União Soviética, sendo instituído o Estado ateu. Em 1930, a igreja da Imaculada Conceição existente no país foi totalmente demolida pelas autoridades soviéticas, e o padre Stefan Demurow foi provavelmente assassinado em um campo de concentração na Sibéria. O governo ateu comunista deixou marcas na sociedade azeri, pois, mesmo o islã sofre rígido controle do governo, e a maioria dos muçulmanos seguem as tradições islâmicas simplesmente como uma forma de cultura. Em 2008, uma pesquisa do Centro Gallup mostrou que apenas 21% da população do país considera a religião uma parte importante da vida diária. Isso torna o Azerbaijão o país de maioria muçulmana menos religioso do mundo. Em 1991, diversos russos deixam o país com a independência, enfraquecendo a ortodoxia. Após mais de 60 anos, sem que um sacerdote católico pudesse pisar em solo azeri, em 1997, o padre Jerzy Pilus funda uma nova comunidade católica no país, inicialmente formada por 30 pessoas, principalmente vindos da Polônia, Dinamarca e Inglaterra. Com sua chegada ao país, a comunidade conseguiu reunir pelo menos 20 catecúmenos, além de estrangeiros que viviam em Baku e passaram a frequentar as missas. O retorno dos católicos ao país contou com grande apoio e acolhimento dos ortodoxos, o maior grupo cristão do Azerbaijão, e que ainda hoje mantém boas relações.
Atualmente thumb|right|200px|Nave da igreja da Imaculada Conceição. Em 2000, a Igreja azerbaijana foi confiada aos salesianos da Eslováquia. Estatísticas de 2005 diziam que havia 150 católicos no Azerbaijão. Em 2008, a igreja demolida na era soviética é reinaugurada pelo Cardeal Tarcisio Bertone, que à época afirmou que "a abertura desta igreja é a prova do compromisso do Azerbaijão na promoção de uma verdadeira liberdade religiosa". A igreja foi reconstruída em um terreno que foi doado ao Papa João Paulo II. Líderes políticos e religiosos do país estiveram presentes na cerimônia de inauguração, além dos embaixadores da Polônia e da Itália no Azerbaijão. Bertone teve um encontro com o então primeiro-ministro azeri Artur Rasizade; e o cardeal frisou a importância de se manter relações "amigáveis e pacíficas" com os países do Cáucaso. No altar da igreja foram depositadas relíquias de São Bartolomeu; do bem-aventurado Nicola Charneckyi, mártir ucraniano durante o regime comunista; de Dom Bosco; Santa Maria Domenica Mazzarello e São Domingos Sávio. Em 31 de março de 2007, o então presidente polonês, Lech Kaczyński, realizava uma visita oficial ao Azerbaijão, doou um cálice, uma pátena e três sinos à paróquia azerbaijana.<ref name="ACN2" />
A Lei de Liberdade de Crença Religiosa, que havia sido aprovada em 2009, foi modificada em 2021, provocando indignação ao definir que líderes religiosos não islâmicos teriam que ser pré-aprovados pelo Comitê Estatal para o Trabalho com Associações Religiosas (CETAR), e os grupos que não respeitarem essa legislação terão suas atividades encerradas. Não está claro ainda como isto se aplicaria à Igreja Católica, porque há um acordo assinado entre o governo e a Santa Sé que garante à Igreja o direito de escolher seus líderes de forma independente. Outra alteração da legislação é a exigência de autorização do CETAR para realizar "eventos religiosos de massas" fora dos locais de culto aprovados pelo Estado. Isso pode causar problemas porque o número de participantes para se considerar um evento de massas não foi definido. O acordo entre a Santa Sé e o Azerbaijão consiste em assegurar a personalidade jurídica da Igreja Católica no país, o direito de professar a fé publicamente, e de a Igreja organizar sua própria hierarquia, dentre outros.
No conflito envolvendo a região de Artsakh, a Armênia acusa o governo azerbaijano de destruir, profanar e confiscar deliberadamente igrejas, santuários e artefatos culturais armênios. Em 1º de outubro de 2023, o Papa Francisco fez novo apelo à comunidade internacional pela paz entre a Armênia e o Azerbaijão, especialmente após o acirramento do conflito por ataques azeris contra a comunidade armênia. "Renovo o meu apelo ao diálogo entre o Azerbaijão e a Armênia, esperando que as conversas entre as partes, com o apoio da comunidade internacional, favoreçam um acordo duradouro que colocará fim à crise humanitária", afirmou o Santo Padre. Agências de notícias cristãs afirmam que a guerra entre Armênia e Azerbaijão pelo Artsakh tem claramente razões religiosas, e que o exército azeri tem como alvo principal os cristãos armênios. "Atualmente, os soldados azerbaijanos estão a realizar ações contra edifícios religiosos em Nagorno-Karabakh, apagando vestígios cristãos de cemitérios e vandalizando cruzes. O sentimento anticristão, que já estava presente, está a espalhar-se", relata o padre Pascal Gollnisch, diretor-geral da instituição de caridade católica francesa L’Œuvre d’Orient.
thumb|right|200px|Celebração de Corpus Christi de 2019 na Paróquia Imaculada Conceição, em Baku.
Outra situação comum no país é o casamento forçado de mulheres azeris convertidas ao cristianismo com homens muçulmanos, ou também prisão domiciliar, ameaças, abuso verbal e físico. Há também relatos de homens duramente interrogados por familiares após sua conversão ou até por autoridades policiais.
Na visita que o Papa Francisco fez ao país em 2016, o Pontífice celebrou uma missa na igreja da Imaculada Conceição, onde fica localizado o centro salesiano. O Santo Padre afirmou sobre a pequena comunidade: "Sois um pequeno rebanho precioso aos olhos de Deus" e que "A igreja inteira, que sente por vós uma simpatia especial, os observa e os estimula". Estatísticas daquela época mostram que os católicos no país eram apenas 570, incluindo 200 azerbaijanos, segundo o próprio Vaticano. Os padres da paróquia eram sete.
Em outubro de 2022, a comunidade católica azeri recebeu a visita da imagem peregrina de Nossa Senhora de Fátima, após passar também pelas comunidades católicas da Geórgia e da Armênia. A peregrinação da imagem estava inicialmente prevista para 2019, mas foi adiada devido à pandemia de COVID-19.
Organização territorial thumb|150px|right|A Prefeitura Apostólica do Azerbaijão abrange todo o território azeri O catolicismo está presente no país por meio da Prefeitura Apostólica do Azerbaijão, que abrange todo o seu território. O território azeri tem duas igrejas católicas: a Paróquia da Imaculada Conceição, tida como a pró-catedral e localizada em Baku, e onde são celebradas missas em inglês e russo, e a Paróquia Cristo Redentor, também localizada na capital do país, com missas celebradas em russo.
Conferência Episcopal
O bispo do Azerbaijão faz parte da Conferência dos Bispos da Ásia Central, junto dos bispos do Afeganistão, Cazaquistão, Mongólia, Quirguistão, Tajiquistão, Turcomenistão e do Uzbequistão. O órgão foi criado em 8 de setembro de 2021.
Nunciatura Apostólica
A Nunciatura Apostólica do Azerbaijão foi criada em 1994, e sua sede fica localizada em Tbilisi, capital da vizinha Geórgia. Azerbaijão e Santa Sé estabeleceram relações diplomáticas em 2011.
Visitas papais
O país foi visitado por duas vezes por papas, sendo a primeira vez por São João Paulo II e uma vez pelo Papa Francisco. A primeira viagem foi feita entre os dias 22 e 23 de maio de 2002, e também incluiu a Bulgária. O Sumo Pontífice elogiou a convivência pacífica das religiões que convivem em território azerbaijano. Após essa visita, o catolicismo, até então totalmente desconhecido do povo azeri, ganhou reconhecimento do governo e do povo. O governo doou um terreno para a construção da igreja e contou inclusive com o patrocínio de empresários muçulmanos, que desejavam "que os católicos de Baku tenham o seu lugar para rezar". O padre eslovaco que organizou a vinda do Pontífice naquela época, Stefan Kormančik, disse que as relações com os muçulmanos são "ótimas", e que ele foi "convidado muitas vezes a participar das festividades islâmicas e, vice-versa, os muçulmanos participam das nossas".
thumb|right|200px|Selo comemorativo lançado para a viagem apostólica do Papa Francisco ao Azerbaijão.
A segunda viagem ocorreu em 2 de outubro de 2016, incluindo em seu roteiro também a Armênia. O Papa Francisco respondeu a perguntas de jornalistas, dentre elas destaca-se a resposta dada sobre a resolução do conflito entre armenos e azerbaijanos.
Ver também Igreja Católica na Armênia Igreja Católica na Geórgia Igreja Católica no Irã Igreja Católica na Rússia