A segunda fase da Copa Sul-Americana de 2016 foi disputada entre 23 de agosto e 15 de setembro. Os vencedores de cada chave se classificaram para a fase final, iniciando a partir das oitavas de final.
As equipes se enfrentaram em jogos eliminatórios de ida e volta, classificando-se a que somasse o maior número de pontos. Em caso de igualdade em pontos, a regra do gol marcado como visitante seria utilizada para o desempate. Persistindo o empate, a vaga seria definida em disputa por pênaltis.
Equipes da Argentina e do Brasil fizeram confrontos nacionais nesta fase, junto com as outras dezesseis equipes das demais federações classificadas da primeira fase.
Resultados ChaveEquipe 1Total Equipe 2IdaVoltaO1 1–0 0–0 1–0O2 4–2 4–2 0–0O3 2–3 1–0 1–3O4 1–2 1–1 0–1O5 1–2 1–0 0–2O6 1–3 0–2 1–1O7 5–5 (gf) 4–2 1–3O8 7–0 6–0 1–0O9 diretamente classificado às oitavas de finalO10 2–3 2–2 0–1O11 0–2 0–1 0–1O12 2–2 (gf) 2–1 0–1O13 2–1 1–0 1–1O14 0–3 0–2 0–1O15 3–4 2–0 1–4O16 3–2 3–0 0–2
Todas as partidas estão no horário local.
Chave O1
Chave O2
Chave O3
Chave O4
Chave O5
Chave O6
Chave O7
Chave O8
Chave O9 diretamente classificado às oitavas de final.
Chave O10
Chave O11
Chave O12
Chave O13
Chave O14
Chave O15
Chave O16
Ver também Resultados da primeira fase da Copa Sul-Americana de 2016 Resultados da fase final da Copa Sul-Americana de 2016
Ligações externas
Segunda fase