Manuel de Sousa d'Eça (? - ?) foi um administrador colonial que governou o Grão-Pará de 06 de outubro de 1626 a outubro de 1627. Embarcou de Portugal para o Brasil em 25 de março de 1624 e em 19 de junho de 1641 ajudou a repelir um ataque da nau francesa Régente a um forte em Jericoacoara.VARNAHGUEN, Francisco Adolpho de.Historia geral do Brazil, Volume 2, p.457.Centro de Estudos de História Religiosa. Os Franciscanos no Maranhão e grão-para: missão e cultura na primeira metade do seiscentos. p. 258.Hemming, John. Ouro Vermelho:A Conquista dos Índios Brasileiros Vol. 27. p. 313.
Manuel de Sousa d'Eça, natural do arquipélago dos Açores, exercia o cargo de provedor dos defuntos e ausentes da capitania de Pernambuco quando, por ordem de Gaspar de Sousa, governador-geral do Brasil, foi enviado em uma caravela com trezentos soldados em auxílio do forte denominado Buraco das Tartarugas, erguido por Jerônimo de Albuquerque em 1613 sob a invocação de Nossa Senhora do Rosário.
A embarcação chegou ao destino em 9 de junho de 1614, após doze dias de viagem. Três dias depois, em 12 de junho, aportou ao mesmo local uma nau francesa bem equipada, sob o comando de Du Prat, que se destinava ao Maranhão conduzindo trezentos homens de reforço e uma missão de vinte e três capuchinhos dirigida pelo padre Arcângelo de Pembroke. Mal informado sobre as condições defensivas do forte, Du Prat desembarcou duzentos homens com a intenção de tomá-lo. Manuel de Sousa, à frente de apenas dezoito companheiros e valendo-se das irregularidades do terreno, atacou os invasores em um passo estreito com tal vigor que os sobreviventes do combate retiraram-se precipitadamente para as embarcações.
Pouco depois, seu nome figura entre os principais comandantes da expedição liderada por Alexandre de Moura para a conquista do Maranhão. Na batalha de Guaxenduba, comandou pessoalmente a vanguarda das forças portuguesas que avançaram pela montanha e foram decisivas para o desfecho da ação.
No final de 1614, chegou ao Pará nomeado provedor da fazenda real da nova capitania, transportando em duas embarcações suprimentos e soldos para as tropas. Em 1626, foi nomeado capitão-mor do Pará, recebendo o bastão do cargo de seu antecessor, Bento Maciel Parente, em 6 de outubro. Durante sua administração, realizaram-se com êxito as expedições do capitão Pedro Teixeira à aldeia dos tapuiuçus e do capitão Pedro da Costa Favela ao rio Pacajá.
Em 1628, recusou-se a dar cumprimento a uma provisão expedida por Francisco Coelho sem que este comprovasse sua autoridade para emitir documentos dessa natureza. Em razão disso, foi processado e enviado preso ao Maranhão. Restituído ao cargo em 1629, após uma suspensão de nove meses em São Luís, retomou suas funções.
É também autor do documento intitulado Derrota del Rio de las Amazonas dada por el Capitan Manuel de Sosa Lessa al Señor Virrey, trabalho que contribuiu para chamar a atenção da corte de Madri para a conquista e colonização do Maranhão.
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