Rui Pereira da Silva foi um nobre do Reino de Portugal, Alcaide-mor de Silves, senhor do reguengo de Sagres, vedor da FazendaLa casa real portuguesa de Felipe II e Felipe III, por Félix Labrador Arroyo, Departamento de Historia Moderna, Facultad de Filosofía y Letras, Universidad Autónoma de Madrid, Madrid, 2006, págs. 270 e Guarda-mor do Infante D. João filho do rei D. João III, desde 1549 até 2 de Janeiro de 1554 (quando se dá a morto do referido príncipe) e possivelmente serviu o rei até ele ter falecidoLa casa real portuguesa de Felipe II e Felipe III, por Félix Labrador Arroyo, Departamento de Historia Moderna, Facultad de Filosofía y Letras, Universidad Autónoma de Madrid, Madrid, 2006, págs. 159, nota 603.
Relações familiares Era filho de João da Silva, 6º senhor de Vagos, e de Joana de Noronha ou D. Joana de Castro, filha de Diogo Pereira, 2º conde da Feira e D. Brites ou Beatriz de Noronha, que também surge em documentos com o nome de D. Beatriz de Meneses, Genealogia de D. Manuel Pereira, 3.º conde da Feira, Data do documento 1534, C+od. de Referência PT/TT/GMS/106, Cota; Genealogias Manuscritas n.º 106, ANTT (casaram por contrato aprovado pelo rei em 5 de dezembro de 1486), filha de D. João de Noronha, o Dentes, governador e capitão de Ceuta, combatente em Alcácer Ceguer.Vaz Ferreira, Condes da Feira, Vol. XIX, pp. 81-106, Arquivo do Distrito de Aveiro
Casou com sua tia D. Isabel da Silva (também chamada de Isabel Coutinho), senhora do Morgadio de Santo António de Casais, perto de Monchique (instituído por seu pai), filha e herdeira de D. Fernando Coutinho, bispo de Lamego e do Algarvei." senhora do morgado de Santo António de Monchique, instituído por D. Fernando Coutinho, bispo de Silves, seu pai, que para ela também comprara a Henrique Moniz a alcaidaria mor de Silves. Do seu casamento teve Rui Pereira sucessão, na qual se continuou o morgado e alcaidaria e se extinguiu na varonia, em 1725, na pessoa de Rui da Silva de Távora, passando a casa aos Pereiras Coutinhos de Brito e Elvas. - Brasões da Sala de Sintra, Anselmo Braamcamp Freire, (2.' edição), Livro segundo, Imprensa da Universidade de Coimbra, 1927 (que para ela comprara também a Henrique Moniz a alcaidaria-mor de Silves) e de Isabel Vilarinho, filha de Fernão Caldeira.Memorias para a historia ecclesiastica do Bispado do Algarve, Academia das Ciências de Lisboa, por Silva Lopes (João Baptista da), pág. 302, 1848
Tendo deste casamento havido os seguintes filhos: Vicência de Castro casada com D. Antão Soares de Almada, 5.º conde de Abranches.Affonso de Ornellas, «Os Almadas na História de Portugal», Lisboa, 1942, p. 20 Juliana de Meneses casada com Nuno da Cunha, que morreu na "Índias Orientais". Sem geração.Le Grand dictionnaire historique ou Le mélange curieux de l'histoire sacrée et profane, qui contient en abrégé l'histoire fabuleuse des dieux & des héros de l'antiquité païenne..., por Louis Moréri, chez les libraires associés, pág.321, 1759 Maria da Silva, 2.ª mulher de D. Pedro da Cunha, herdeiro do morgado da Tábua (filho de D. Aires da Cunha, morgado e 14.º senhor de Tábua),Le grand dictionnaire historique, ou le melange curieux de l'histoire sacree et profane. Nouv. ed. dans laquelle ou a refondu les supplemens de (Claude-Pierre) Goujet. Le tout revu, corr. & augm. por (Etienne-Francois) Drouet, Volume 4, pág, 320, 1759 que foi capitão-mor de Lisboa, e general das galés e armada de Portugal nos reinados de D. João III, D. Sebastião e D. Henrique; com geração, nomeadamente D. Rodrigo da Cunha e D. Lourenço da Cunha. Fernão da Silva,A Infanta D. Maria de Portugal (1521-1577) e as suas damas, Carolina Michaëlis de Vasconcelos, Biblioteca Nacional Portugal, pág. 104, 1994 moço fidalgo, vedor da Fazenda e herdeiro da casa de seu pai, a quem sucedeu como alcaide de Silves. Foi casado com Madalena de Lima, filha de Pedro de Castelo-Branco, capitão de Ormuz e comendador de Santa Maria de Vila de Rei. Com geração, nomeadamente o vice-rei da Índia, Pedro da Silva, e D. Luísa da Silva Pereira, condessa de São Lourenço pelo seu casamento com o seu primo Pedro da Silva, 1.º conde de São Lourenço. La casa real portuguesa de Felipe II e Felipe III, por Félix Labrador Arroyo, Departamento de Historia Moderna, Facultad de Filosofía y Letras, Universidad Autónoma de Madrid, Madrid, 2006, págs. 1192 Nuno Álvares Pereira, "que em criança era muito endiabrado".Lisboa Antiga, por Júlio Castilho, vol. XII, 2ª edição, Lisboa, 1938, pág. 272 D. Aires da Silva, bispo do Porto Frei João da Silva, pregador de Dom Sebastião. Jorge da Silva Jerónimo da Silva, religioso
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