A Igreja Católica em Moçambique é parte da Igreja Católica universal, em comunhão com a liderança espiritual do Papa, em Roma, e da Santa Sé. No geral, o catolicismo é visto no país como crescente em número de adesões, e com vitalidade pastoral, estando presente de forma intensa, especialmente na educação. Além do mais, a intervenção da Igreja na pacificação da guerra civil deu a ela bastante credibilidade e influência na sociedade. O sul e as áreas urbanas são predominantemente cristãos, enquanto que o norte e as áreas costeiras são de maioria muçulmana (a maioria sunitas). As religiões tradicionais africanas também têm muitos fiéis, principalmente nas zonas rurais. Nos últimos anos vem ocorrendo o crescimento do fundamentalismo islâmico no norte, especialmente na Província de Cabo Delgado, onde cristãos estão sendo mortos, expulsos de casa e têm seus bens materiais e propriedades destruídos. Os ataques são ligados ao grupo Estado Islâmico. A Fundação ACN, que tem obras assistenciais no território de Moçambique, considera que "as perspectivas para a liberdade religiosa são terríveis".
História Início da evangelização A primeira fase da evangelização destas terras, ocorrida durante a primeira viagem de Vasco da Gama à Índia, entre 1498, quando a primeira Missa foi celebrada, no dia 11 de março, na Ilha de São Jorge, e 1560, caracterizando-se pela presença de alguns frades e por iniciativas esporádicas ligadas à presença dos portugueses: ocorreram conversões, mas foi um fenómeno muito reduzido. Em 1505 a primeira igreja católica foi erguida em Sofala e seu primeiro vigário foi o padre Bartolomeu Fernandes, o qual veio a celebrar os primeiros batismos no ano seguinte, depois de propriamente iniciar a catequização dos nativos. Em 1506, os dominicanos chegaram à região. Já em 1507 a segunda igreja era construída, e, pouco tempo depois, as obras de misericórdia e os hospitais.
A bula Pro Excellenti de 12 de junho de 1514 é criada a Diocese do Funchal, na Ilha da Madeira, ficando as terras da América, da Ásia e da África descobertas pelos portugueses ficando sob sua dependência. No dia 31 de janeiro de 1533, o Papa Clemente VII erigiu a então Diocese de Goa, ficando o atual território de Moçambique incorporado a sua jurisdição. Havia porém a dificuldade da grande distância entre Moçambique e Goa e, pelo breve Suprema Dispositione de 12 de fevereiro de 1562, o Papa Pio IV autorizava ao rei de Portugal a nomear um administrador eclesiástico para o território moçambicano, sendo Manuel Coutinho o primeiro administrador eclesiástico nomeado em 1563. Em agosto de 1541, São Francisco Xavier chegou à Ilha de Moçambique com dois companheiros, o sacerdote Misser Paulo e Francisco Mansilhas.
Evangelização do interior do país thumb|left|300px|Sé da Beira, foto datada de 1930.
Os jesuítas portugueses iniciaram suas atividades missionárias no século XVI. No ano 1561, Gonçalo da Silveira, SJ, foi martirizado após batizar os governantes de Monomotapa e mais 300 pessoas na corte. Os territórios portugueses na região foram anexados à Diocese de Goa, na Índia, até 1612, quando foram separadas. Os dominicanos, que haviam entrado no território em 1577, voltaram a focar sua ação evangelizadora na região de Monomotapa, cujo rei foi batizado em 1652. Construíram na Ilha um convento, criando assim a possibilidade de alargar sua ação a Sofala, Sena, Tete e Cabeceira. A pedido do rei Filipe III de Espanha, o Papa Paulo V, pela bula In Supereminenti, de 21 de janeiro de 1612, desligou a Província de Moçambique de Goa. Dentre os administradores apostólicos dessa circunscrição, destacou-se o Frei António da Conceição, que escreveu livros na língua local e veio a falecer em 1700.
Após muitos esforços, uma presença missionária contínua pôde ser estabelecida no século XVII, quando diversas ordens, como dominicanos, jesuítas e agostinianos trabalharam na região meridional do território e até o Rio Zambeze. Quelimane, Tete se tornaram importantes centros; mesmo a vila de Zumbo, perto da fronteira com a Zâmbia, foi influenciada e mantida até o século XIX. O declínio da missão começou durante o século XVIII foi acelerada pelas políticas antijesuíticas do Marquês de Pombal. A supressão de ordens religiosas em Portugal em 1834 piorou a situação e em 1855 nenhum missionário pôde permanecer na colónia.
Crescimento Uma mudança para melhor ocorreu em 1881, quando os jesuítas retomaram seu trabalho. Por outro lado, os trabalhos de evangelização sofreram inúmeras interrupções, devido a dificuldades de vários tipos e às perseguições. A retomada tem início em 1920, quando numerosas Congregações religiosas retornam a Moçambique Os franciscanos se juntaram a eles em 1898 e em 1910 havia 71 missionários, sendo a maioria portugueses. A missão voltou a sofrer com o anticlericalismo extremo dos regimes portugueses entre 1910 e 1925, mas a Concordata e o Estatuto Missionário da Santa Sé em 1940 resultaram em progresso e na criação da hierarquia. O número de católicos aumentou de 4.000 em 1900 para 60.000 em 1936 e para 850.000 em 1960. O arcebispo Teodósio Clemente de Gouveia de Lourenço Marques recebeu o seu solidéu vermelho em 1940, o primeiro prelado ao sul do Saara a ser nomeado cardeal. Em dezembro de 1909, a prelazia de Moçambique contava com 71 sacerdotes. A atividade missionária progredia mesmo com o forte influxo da maçonaria, que geralmente eram adversas à religião e às missões. Com a expulsão dos jesuítas de Portugal, o trabalho missionário sofreu um impacto.
Concordata A concordata de 1940 teve pouco efeito em livrar a Igreja das repressões do colonialismo. As missões eram financiadas pelo Estado na medida em que serviam aos interesses coloniais. A ajuda financeira generosa para as ordens religiosas, incluindo o pagamento de salários, passagens gratuitas para o exterior, status especial para os bispos que gozavam de privilégios semelhantes aos governadores do estado e autoridade para toda a educação primária, foram algumas das recompensas pela submissão da Igreja na colónia portuguesa. A evangelização torna-se mais sistemática e rápida. São criadas missões e escolas, centros de saúde e laboratórios. Também o número de dioceses cresce ao longo dos anos: às vésperas da independência, eram 9. Internamente, a Igreja moçambicana surgiu como uma cópia fiel da religião praticada e organizada em Portugal. Muitos missionários nunca chegaram a aprender os idiomas locais, de origem africana. Pequenos esforços foram feitos para inculturar a liturgia, a catequese e os métodos pastorais. A liderança da Igreja permaneceu portuguesa. O primeiro sacerdote católico moçambicano do período moderno só foi ordenado em 1953. Os padres nativos no ano da independência totalizou apenas 38 contra 478 padres estrangeiros.
thumb|300px|right|Igreja Nossa Senhora da Saúde, na Ilha de Moçambique. O período de 1940 a 1970 foi de grande expansão à medida que igrejas, missões, escolas e clínicas foram construídas, entre elas o centro catequético Nazaré, fundado em 1968 perto da Beira e dirigido pelos Padres Brancos. Com exceção de Dom Sebastião Soares Resende, bispo da Beira, e mais tarde de Dom Vieira Pinto, bispo de Nampula, a hierarquia apoiou o status quo colonial, algumas vezes permanecendo calada diante da repressão e injustiças. Essas atitudes conformistas do clero foi ganhando cada vez mais rejeição dos missionários. Em 1940 foram criadas três dioceses em Moçambique: então Lourenço Marques (hoje Maputo), Beira e Nampula. Em maio de 1971, 48 padres brancos da Beira e de Tete deixaram Moçambique para não serem "cúmplices de um apoio oficial que até os bispos… parecem dar a um regime que astutamente usa a Igreja para consolidar e perpetuar na África uma situação anacrônica". Protestos e choques com o governo português levaram à violência repressiva e a deportações de 100 missionários, incluindo o já citado bispo de Nampula. Apesar de tudo isso, há autores que afirmam que a Igreja teria sido conivente com a ditadura moçambicana, e ainda assim, admitem que houve resistência de parte do clero. Segundo o Anuário Estatístico Católico de 1972, os institutos religiosos masculinos então existentes eram 17 e os femininos 33. Ao aumento de pessoal seguiu-se um aumento semelhante de paróquias e missões. Em 1974 havia em Moçambique 283 paróquias e missões. O primeiro sacerdote etnicamente moçambicano foi ordenado em 1953.
Independência Embora esta tenha sido a primeira região a ser evangelizada na costa oriental da África, banhada pelo Oceano Índico, Moçambique foi o país menos cristianizado ao sul da linha do equador, até a II Guerra Mundial. Antes da independência, quase um terço da população se denominava cristã e um pequeno número era muçulmano. Apenas em 1975 foram nomeados os primeiros bispos moçambicanos. Apesar de inicialmente surgir nos meios protestantes, a ideia de um país independente se espalhou também entre os católicos, o que gerou repressão militar do governo colonial. A reação fez com o que os 48 padres brancos residentes no país decidissem ir embora em sinal de protesto, mas acabaram sendo expulsos pelo governo antes de sua data de saída. Em 1974 o governo colonial expulsou Dom Manuel Vieira Pinto e 11 padres combonianos, por terem assinado um comunicado pedindo a independência. Em 25 de junho de 1975, Moçambique se tornou um país independente, resultando em uma mudança radical nas relações Igreja-Estado. O governo de libertação, FRELIMO, do presidente Samora Machel, louvou as atitudes de Dom Manuel Vieira Pinto de outros, porém, por outro lado, mostrou-se profundamente crítico contra a religião, especialmente a religião católica, e anunciou o seu programa marxista-leninista, atitudes típicas de regimes socialistas. Durante o governo de Samora Machel, o presidente nacionalizou os bens da igreja e cortou os subsídios estatais. Padres foram expulsos de suas residências, seminários fechados e escolas e hospitais assumidos pelo estado. A Rádio Pax, fundada em 1953 na Beira, foi fechada. Quatro bispos renunciaram e cerca de 600 funcionários da igreja deixaram o país no final de 1976. O presidente também acusou a Igreja de apoiar a opressão colonial. O regime comunista levou 95% dos quase 300.000 portugueses residentes em Moçambique regressarem a Portugal.
Sob a nova constituição, Moçambique tornou-se um estado secular, embora a liberdade religiosa fosse garantida. A atitude do governo socialista em relação à Igreja acabou melhorando após a Igreja ganhar mais admiração do partido pela Igreja, especialmente na caridade, particularmente diante da guerra civil que se seguiria. Em 1982, as relações entre a Igreja e o Estado melhoraram ainda mais, após alguns prédios serem devolvidos para a Igreja, e os seminários serem autorizados a reabrir. Antes de sua morte em um acidente de avião em 1986, o Presidente Machel disse aos líderes da Igreja: "Vamos cooperar em diálogo sem preconceitos de ambos os lados. Vamos discutir, se necessário, mas não sobre assuntos de importância secundária". O estado finalmente decretou que as instituições da igreja anteriormente nacionalizadas fossem devolvidas. Esse fato gerou uma discussão entre os católicos: alguns defendiam o retorno à infraestrutura altamente institucionalizada da era pré-guerra civil, enquanto outros pediam uma abordagem enraizada em pequenas comunidades cristãs locais, com respeito pelas línguas e culturas nativas e maior inculturação da fé. No dia 20 de junho de 1984 foram instituídas as três províncias eclesiásticas atuais: Maputo, Beira e Nampula.