thumb|Codalb (Haliaeetus albicilla) Avifauna Republicii Moldova include 344 specii de păsări, dintre care 318 specii cu prezență certă (dovedită în articolele științifice sau în monografiile despre păsările din Republica Moldova sau observate recent), 16 specii cu prezență incertă (dar posibilă după hărțile de distribuție ale speciilor) și 10 specii cu prezență dubioasă. După monografia lui Averin și Ganea în 2 volume (Птицы Молдавии. 1970-1971) avifauna Republicii Moldova conținea 285 de specii și subspecii de păsări, inclusiv 10 specii prezente cu câte două sau trei subspecii. După 1970 au fost semnalate specii noi de păsări în Republica Moldova. După monografia lui Andrei Munteanu și Nicolai Zubcov Atlasul păsărilor clocitoare din Republica Moldova, 2010, 173 specii sunt cuibăritoare, dintre care 127 specii migratoare și 46 specii sedentare. Koblik în 2014 menționează 332 de specii în Republica Moldova, dintre care 14 cu prezență dubioasă și 318 cu prezență certă (dintre care 73 cu categorie fenologică neclară). În lista păsărilor din Republica Moldova din 2018 a figurează 318 specii,Avibase. Bird Checklists of the World, Moldova în cea a 230 specii,Checklists, Moldova. eBird în cea a BirdLife International 237 specii.BirdLife International. Data Zone, Moldova, în cea a Universității de Stat din Moscova din 2018 figurează 317 specii.Чеклист региона Молдова. Зоомузей МГУ. Vitalie Ajder menționează că în Republica Moldova până în 2014 au fost înregistrate 296 specii (dintre care 285 specii înregistrate până în 2010 și 11 specii noi descoperite în perioada 2011-2014). Silvia Ursul în 2016 include în lista păsărilor din Moldova 279 specii. În lista păsărilor din Republica Moldova a Societății Pentru Protecția Păsărilor și a Naturii (SPPN) din Moldova din 2020 sunt menționate 283 specii de păsări.Lista păsărilor din Republica Moldova. Societatea Pentru Protecția Păsărilor și a Naturii (SPPN)
Aproape în fiecare an sunt descoperite specii noi: astfel, în luna septembrie 2017, ornitologii elvețieni și ai SPPN, Jonathan Hecke și Florian Klingel, au înregistrat pentru prima dată prezența sitarului de mal nordic () și a lupului de mare mic () în Republica Moldova, în zona lacului Beleu, iar Vitalie Ajder a observat în martie 2017 un exemplar de pescăruș cu cap negru () în raionul Leova, pe lacul de la Sărata Nouă. Jonathan Hecke a observat 2 exemplare de rață mandarin (Aix galericulata) în mai 2017 pe lacul din ,Dendrariu Park. 7 mai 2017. eBird această specie mai fusese observată acolo și în aprilie 2016. În 2019 Silvia Ursul a observat pentru prima dată în Republica Moldova în ianuarie 2019 pițigoiului de livadă în Mereșeuca, Ocnița și fâsa de munte pe malul Lacului Manta, lângă Pașcani, Cahul. Jonathan Hecke, Florian Klingel și Gheorghe Ticu au văzut în aprilie 2019 pentru prima dată în Republica Moldova pescărița râzătoare (Gelochelidon nilotica). Pe 11 mai 2019 Ion Grosu și Gheorghe Ticu au observat un exemplar al rândunicii roșcate (Cecropis daurica) în Republica Moldova lângă lacul de la Horești, raionul Ialoveni.
Caracteristici generale Arii de Importanță Avifaunistică Ariile de Importanță Avifaunistică (AIA, în engleză Important Birds Area - IBA) sunt arii importante pentru menținerea populațiilor de păsări sălbatice și concentrarea activităților de conservare pentru protecția acestor suprafețe. Programul IBA a fost lansat de BirdLife International în 1989 și este acceptat de către Uniunea Europeană ca fiind de o importanță majoră pentru conservarea păsărilor sălbatice și a habitatelor acestora, el fiind utilizat pentru ghidarea acțiunile de gestionare a suprafețelor importante pentru cuibăritul, migrația, hrănirea și iernarea populațiilor de păsări. Ariile de Importanță Avifaunistică trebuie să întrunească următoarele condiții: găzduiesc efective semnificative ale uneia sau mai multor specii de păsări amenințate la nivel global; fac parte dintr-o serie de arii care conțin o gamă de specii cu distribuție restrânsă; găzduiesc efective deosebit de mari de păsări migratoare sau gregare.Arii de Importanță Avifaunistică. IBA
În Republica Moldova au fost desemnate 12 Arii de Importanță Avifaunistică (AIA) pentru conservarea speciilor de păsări; aceste arii au fost stabilite de specialiști din Republica Moldova în colaborare cu BirdLife International. Cele 12 arii speciale avifaunistice sunt:Vitalie Ajder, Igor Roșca, Vasili Crudu, Lucian Eugen Bolboacă, Viorel Pocora, Larisa Bogdea, Natalia Vasilașcu, Laurențiu Petrencu, Lucian Fasolă, Constantin Ion, Nicolai Crudu, Constantin Sandu, Ion Grosu, Vlad Cioflec, Emanuel Ștefan Baltag. Monitoring Important Bird Areas in Moldova to Improve Conservation Management. Academia de Științe a Moldovei, 2014.Directory of Azov-Black Sea Coastal Wetlands: Revised and updated. Kyiv: Wetlands International, 2003.
thumb|300px|right|Amplasarea celor 12 arii speciale aviafaunistice Cod Arie de Importanță Avifaunistică Suprafață (ha) MD001 Otaci-Holoșnița (bazinul Dubăsari) MD002 Bazinul Costești-Stânca MD003 Balatina (rezervația științifică Pădurea Domnească) MD004 Plaiul Fagului MD005 Bazinul Ghidighici MD006 Codrii MD007 MD008 Lacul Sălaș MD009 Copanca-Talmaza (zona umedă Nistrul de Jos) MD010 Bazinul Cuciurgan MD011 Manta-Beleu (Lacurile Prutului de Jos) MD012
Lacul de acumulare Stânca-Costești situat în Bazinul râului Prut. Avifauna cuprinde 135 specii. Situl Balatina situat în lunca râului Prut, în apropierea satelor Cobani și Balatina, include Rezervația științifică Pădurea Domnească. Avifauna cuprinde 126 specii cuibăritoare, 2 specii oaspeți de vară, 3 specii oaspeți de iarnă, 47 specii migratoare (în pasaj). Plaiul Fagului situat în partea centrală a Republicii Moldova, în partea vestică a Podișului Codrilor de Nord, include Rezervația științifică Plaiul Fagului. Avifauna cuprinde 104 specii de păsări cuibăritoare, 6 specii sunt oaspeți de vară, 2 specii oaspeți de iarnă, 17 specii migratoare (în pasaj). Lacul de acumulare Ghidighici, situat în partea centrală a Republicii Moldova lângă Chișinău. Avifauna cuprinde 22 specii de păsări cuibăritoare, 8 specii oaspeți de vară, 20 specii migratoare (în pasaj). Predomină păsările acvatice. Situl Codrii situat în partea centrală a Republicii Moldova în limitele Codrilor Centrali, include Rezervația științifică Codrii. Avifauna cuprinde 78 specii de păsări cuibăritoare, 8 specii sunt oaspeți de vară, 7 specii sunt oaspeți de iarnă, 22 specii sunt migratoare (în pasaj). Predomină speciile silvice. Lacul de acumulare Salaș situat în partea de est a Republicii Moldova, în limitele câmpiei Bâcului de Jos. Avifauna cuprinde 88 specii de păsări cuibăritoare, 8 specii oaspeți de vară, 35 specii migratoare (în pasaj). Predomină păsările de baltă și speciile silvice. Lacul de acumulare Cuciurgan situat în partea de sud-est a Republicii Moldova, în limitele câmpiei Nistrului de Jos. Avifauna cuprinde 48 specii de păsări cuibăritoare și 76 specii migratoare (în pasaj). Predomină păsările complexului acvatic și palustru. Lacul Manta și Lacul Beleu situați în partea sudică a Republicii Moldova în limitele câmpiei Cahul, în partea stîngă a luncii a Prutului de Jos. Include Rezervația științifică a Prutului de Jos. Avifauna cuprinde 115 specii cuibăritoare, 53 de specii în pasaj, 7 specii oaspeți de vară, 1 specie oaspeți de iarnă. Predomină speciile acvatice. Lacul de acumulare Taraclia situat în partea de sud a Republicii Moldova în limitele Podișului moldovenesc de nord-est, în lunca râului Ialpug. Avifauna cuprinde 13 specii cuibăritoare, 18 specii oaspeți de vară, 28 specii migratoare (în pasaj). Predomină speciile acvatice. Golful Goieni (Goian) situat în partea centrală a Republicii Moldova pe malul stâng al Nistrului, în preajma satelor Iagorlîk și Goian, în bazinul râului Iagorlîk. Include Rezervația științifică Iagorlîc. Avifauna cuprinde 141 de specii. Predomină păsările acvatice. Situl Otaci-Holoșnița este inclus în teritoriul Zonei Ramsar „Unguri-Holoșnița” amplasat în partea de nord-est a Republicii Moldova. Avifauna cuprinde 205 de specii, dintre care 113 cuibăresc, iar 198 sunt migranți și vizitatori sezonieri. Situl Copanca-Talmaza este inclus în teritoriul Zonei Ramsar „Nistrul de Jos” situat în partea de sud-est a Republicii Moldovei. Avifauna cuprinde 228 de specii, dintre care cuibăresc 127 specii.Planul de management pentru Zona Ramsar „Nistrul de Jos” (proiect). Ministerul Mediului. Chișinău 2011
Categorii fenologice Fenologia este o ramură a biologiei care studiază influența factorilor mediului ambiant (meteorologici, climatici, ai anotimpurilor etc.) și a factorilor interni (genetici, metabolici, endocrini etc.) asupra dezvoltării plantelor, a vieții păsărilor etc. După modul cum se succed păsările pe teritoriul Republicii Moldova de-a lungul anotimpurilor, se disting patru categorii fenologice mari:Ion I.Cătuneanu, Ioan Korodi Gál, Dan Munteanu, Sergiu Pașcovschi, Emil Vespremeanu. Fauna Republicii Socialiste România. Vol. XV : Aves (Păsări). Fascicula 1 : Gaviiformes, Podicipediformes, Procellariiformes, Pelecaniformes. București : Editura Academiei Republicii Socialiste România, 1978.Dimitrie Radu. Păsările în peisajele României. Editura Sport-Turism. București, 1984 sedentare, păsări care, indiferent de anotimp, rămân în locurile natale tot timpul anului, chiar și în perioada iernii (majoritatea din Picidae, Corvidae, Paridae, Fringillidae etc.). oaspeți de vară sau migratoare, care cuibăresc și se reproduc pe aceste meleaguri, sosind din sud primăvara, iar toamna, când începe sezonul rece, se îndreaptă din nou spre sud în cartierele de iernat (Luscinia, Sylvia, Upupa, Cuculus etc.). oaspeți de iarnă, care vizitează Moldova numai în sezonul rece al anului (toamna și iarna), pentru a-și petrece timpul nefavorabil, venind din nord, unde au cuibărit, și care la ivirea primăverii se reîntorc în ținuturile nordice (Cygnus cygnus, Buteo lagopus etc.); păsări de pasaj (sau de trecere, de tranzit) sunt acele specii care în migrațiile lor de toamnă (spre sud pentru a ierna) și de primăvară (spre nord pentru a cuibări) poposesc un timp mai scurt sau mai lung pe aceste meleaguri (Pluvialis squatarola, Philomachus pugnax etc.).
Păsările accidentale (păsări migratoarele sporadice neregulate) sunt speciile care apar pe teritoriul țării neregulat, accidental, solitari sau în grupuri mai mari, mai ales în timpul iernii (Acrocephalus agricola, Loxia curvirostra etc.).
O specie poate include mai multe categorii fenologice. Ca exemplu rața roșie (Aythya nyroca) este o pasăre de pasaj, oaspete de iarnă și oaspete de vară cuibăritore. Rața roșie este o pasăre migratoare, ea vine în Moldova primăvara din cartierele de iernat (Africa de Nord, valea Nilului, nordul Peninsulei Arabice și India), o parte din aceste păsări în migrația lor de primăvară rămân în Moldova și cuibăresc (oaspete de vară), altele își continue drumul spre nord în alte țări în care cuibăresc (Ucraina, Rusia etc.), poposind un timp mai scurt sau mai lung pe teritoriul Moldovei (pasăre în pasaj de primăvară). Toamna exemplarele care au cuibărit în Moldova migrează spre sud către cartierele de iernat. La acestea se adaugă exemplarele care au cuibărit la nord de Moldova, ele trec în pasaj prin Moldova (pasăre în pasaj de toamnă), iar unele exemplare iernează în Moldova pe apele neînghețate (oaspete de iarnă).
Lista păsărilor și populația estimată Următoarele etichete sunt utilizate pentru a indica starea de conservare a speciilor după criteriile IUCN: Imagine Abr. Denumire în engleză Denumire în română 150px EX Extinct Dispărută 150px CR Critically Endangered Critic amenințată cu dispariția 150px EN Endangered Amenințată cu dispariția 150px VU Vulnerable Vulnerabilă 150px NT Near Threatened Aproape amenințată cu dispariția 150px LC Least Concern Neamenințată cu dispariția 150px DD Data Deficient Date insuficiente NE Not Evaluated Neevaluată