Cucerirea Siberiei de către ruși s-a desfășurat de-a lungul secolelor al XVI-lea și al XVII-lea, o perioadă în care Hanatul Siberiei s-a transformat treptat într-o structură slabă de entități statale vasale, care au fost continuu subminate de activitățile exploratorilor ruși. Deși s-au aflat în majoritatea cazurilor în inferioritatea numerică, rușii au reușit să facă presiuni asupra triburilor organizate pe baze familiale să își schimbe loialitățile. De asemenea, rușii au înființat forturi aflate la mare depărtare, de unde au organizat raiduri de cucerire. Pentru contracararea acestor acțiuni, Küçüm Han a încercat să-și centralizeze guvernarea, să impună Islamul supușilor săi și să reformeze sistemul de colectarea a taxelor. Cucerirea Hanatului Siberiei
Cucerirea Siberiei de către ruși a început în iulie 1580, când aproximativ 540 de cazaci comandați de Ermak Timofeevici a invadat pământurile tribului Mansi, supușii hanului Siberiei, Küçüm. Rușii erau însoțiți de 300 de sclavi lituanieni și germani, pe care familia Stroganov îi cumpărase de la țar. În anul 1581, această forță a traversat teritoriul dintre cursul fluviului Peciora și Munții Ural și au supus localitățile locuite de mansi și ostiaki. În același an, rușii au luat prizonier și un colector de taxe al lui Küçüm. După o serie de raiduri ale tătarilor ca represalii la acțiunile rușilor, forțele lui Yermak s-au pregătit pentru o campanie de cucerire a capitalei hanatului, Qașliq. Forța expediționară s-a îmbarcat în mai 1582. După o luptă de trei zile pe malurile fluviului Irtîș, Ermak a ieșit victorios împotriva forțelor combinate ale lui Küçüm Han și a altor șase principi tătari aliați. Pe 29 iunie, tătări i-au atacat din nou pe cazaci, dar au fost respinși.
În toată luna septembrie 1582, hanul a adunat forțe pentru apărarea Qașliqului. A fost formată o hoardă a tătarilor siberieni, vogulilor și ostiakilor, care a fost masată pe malurile Irtîșului, la Capul Ciuvaș, unde sperau să îi învingă pe invadatori. Pe 1 octombrie, cazacii au încercat fără succes să ia cu asalt fortificațiile tătarilor de la Capul Ciuvaș. Pe 23 octombrie, când cazacii încercau pentru a patra oară să i-a cu asalt pozițiile tătarilor, aceștia din urmă au contraatacat. Peste o sută de cazaci au fost uciși, dar tirul concentrat al armelor de foc i-a forțat pe tătari să se retragă, tunurile lor fiind capturate inamici. Forțele hanului s-au retras, iar Ermak a intrat în Qașliq pe 26 octombrie.
Küçüm Han s-a retras în stepe și a început să își creeze o nouă armată. Hanul l-a atacat prin surprindere pe Ermak pe 6 august 1584 la miezul nopții și a provocat o înfrângere grea cazacilor. Soarta lui Ermak este încă subiect de dezbateri în lumea istoricilor, versiunea acceptată deocamdată este că liderul cazac s-a înecat în timpul traversării unui afluent al Irtîșului, datorită greutății cămășii de zale pe care o purta. Resturile armatei cazacilor s-au retras din Qașliq, nu înainte însă să distrugă orașul. În 1586, rușii au reluat atacurile împotriva tătărilor, după ce în prealabil au reușit să supună triburile hanti și mansi. Cazacii au înființat o fortăreață la Tiumen în vecinătatea ruinelor orașului Qașliq.
Triburile tătarilor care erau credincioase lui Küçüm Han au suferit de la mai multe atacuri ale rușilor între 1584-1595. În ciuda faptului că rușii au încercat de mai multe ori să îl captureze, Küçüm Han nu va a fost prins. În cele din urmă, Küçüm a fost învins într-o bătălie de pe malurile fluviului Obi. În timpul luptelor, familia hanului a fost capturată de ruși, dar Küçüm Han a reușit din nou să scape. Rușii au luat membrii familiei lui Küçüm la Moscova, unde au fost ținuți ca ostatici. Descendenții familiei hanului au primit titlul țarevici și cnezi Simbirski. Familia Simbirski s-a stins la sfârșitul secolului al XIX-lea. Deși hanul a reușit să scape, capturarea familiei sale a pus capăt activității politice și militare a lui Küçüm, care s-a retras în teritoriile pe care le controlau nogaii în sudul Siberiei. El a luat legătura cu țarul, căruia i-a cerut să îi permită să controleze ca fief personal o mică regiune de malul Irtîșului. Cererea hanului a fost respinsă, țarul propunându-i în schimb lui Küçüm să vină la Moscova, unde să se bucure de avantajele intrării în serviciul rușilor. Hanul, acum un om în vârstă, nu a vrut să sufere o asemenea umilință și a preferat să rămână în regiunile în care se putea mișca în libertate. Spre sfârșitul vieții, el s-a stabilit la Buhara, unde a murit bătrân și orb în anul 1605.
Cucerirea și exploatarea Siberiei
Pentru ca să controleze populația băștinașă și să colecteze tributul în blănuri (iasak), rușii au contruit o serie de avanposturi (zimovie) și forturi (ostroguri) la confluența râurilor mari sau la intersecția drumurilor importante. Primele astfel de avanposturi au fost Tiumen, fondat în 1586 de Vasili Sukin și Ivan Miasnoi, și Tobolsk, construit în anul următor de Danilo Ciulkov. Tobolsk would become the nerve center of the conquest. În nord, au fost construite Berezovo (1593) și Mangazeia (1600) ca să îi controleze pe neneți, iar în est au fost ridicate Surgut (1594) și Tara (1594) pentru protecția Tobolskului și pentru contolarea tribului hanti. Dintre acestea, Mangazeia a fost cea mai importantă așezare, devenind baza de plecare pentru noi exploarări spre răsărit. Rușii și-au continuat înaintarea spre este, de-a lungl fluviului Obi și a afluenților acestuia și au ridicat fortificațiile Kețk (1602) și Tomsk (1604). Soldații-exploratori din Ketsk (cлужащие люди slujașcie) au ajuns la valea Enisei în 1605 și au navigat în aval până pe Sîm. Doi ani mai târziu negustorii din Mangazeia au navigat pe Turuhan până la vărsarea în Enisei, where they established the zimovie Turukhansk. By 1610 men from Turukhansk had reached the mouth of the Enisei and ascended it as far as the Sym, where they met rival tribute collectors from Ketsk. To ensure subjugation of the natives, the ostrogs of Yeniseysk (1619) and Krasnoyarsk (1628) were established.
Diupă moartea hanului și dispariția oricărei rezistențe organizate a siberienilor, rușii au înaintat la început spre Lacul Baikal după care spre Marea Ohoțk și fluviul Amur. Cu toate acestea, când au ajuns pentru prima dată la granița cu China, au întâlnit popoare care erau echipate cu piese de artilerie și și-au oprit înaintarea.
Rușii au ajuns la Oceanul Pacific în 1639. După cucerirea Hanatului Siberiei (1598), tot nordul Asiei – o regiune cu mult mai mare decât teritoriul hanatului – a devenit cunoscut cu „Siberia” și, până în 1640, frontierele estice al Rusiei s-au extins cu mai mult milioane de kilometri pătrați. Dintr-un anumit punct de vedere, hanatul supraviețuit odată cu apariția titlului „Țar al Siberiei’’, care a devenit parte a denumirii oficiale a monarhilor Rusiei.
Cucerirea Siberiei a avut de asemenea ca rezultat răspândirea bolilor. Istoricul John F. Richards a afirmat:
Pierderile populației indigene
La sosirea într-o zonă ocupată de un trib de indigeni, cazacii inițiau negocieri de pace, propunând băștinașilor să se supună țarului alb și să plătească yasakul, dar aceste negocieri nu s-au încheiat întotdeauna cu succes. Când negocierile erau respinse, cazacii alegeau să răspundă prin folosirea forței. Lideri ai cazacilor precum Vasilii Poiarkov în 1645 sau Erofei Habarov în 1650 au condus atacuri sângeroase asupra unor triburi. În cazul tribului daur, din cei aproximativ 20.000 de membri din Kamceatka, după doar o jumătate de secol de la cucerirea rusă mai rămăseseră dar 8.000 de oameni. Daurii și-au părăsit la început satele, de vreme ce auziseră zvonuri despre cruzimea rușilor atunci când Habarov a venit pentru prima oară în regiune. Atunci când Habarov a revenit, daurii au hotărât să lupte împotriva rușilor, preferând să moară în luptă în loc să fie pur și simplu măcelăriți de armele de foc ale cazacilor.Forsyth 1994, p. 104. În secolul al XVII-lea, popoarele din regiunea Amurului au fost atacați de rușii pe care indigenii i-au poreclit „bărbile roșii”.Stephan 1996, p. 64.
În deceniul al cincilea al secolului al XVII-lea, iakuții au fost ținta unor atacuri violente în timpul înaintării rușilor în ținuturile de-a lungul fluviului Lena. La sfârșitul aceluiași secol, koriakii, kamciadalii și ciukci din Kamciatka au fost de asemenea victimele atacurilor rușilor, după cum afirmă istoricul Stephen Shenfield.Levene 2005, p. 294. Când rușii nu au obținut numărul pretins de blănuri din partea băștinașilor, guvernatorul din Yakutsk, Piotr Golovin, el însuși un cazac, a folosit cârlige de măcelărie ca să îi spânzure pe localnici. În bazinul fluviului Lena, în 40 de ani, populația iakută a scăzut cu 70%. Violurile și înrobirea au fost folosite împotriva femeilor și copiiilor indigeni pentru ca să îi forțeze pe bărbați să plătească tributul în blănuri.
În Kamciatka, rușii au zdrobit rebeliunile itelmenilor din 1706, 1731 și 1741. Dacă în timpul primei răscoale, itelmenii au folosit arme din piatră, fiind complet nepregătiți și neechipați pentru înfruntarea cu rușii, în timpul celei de-a doua rebeliuni au folosit armele de foc. Rușii au trebuit să înfrângă o rezistență mult mai puternică din partea koriakilor înarmați cu arcuri și arme de foc în timpul campaniilor de subjugare a acestora din urmă din 1745-1756. Cazacii ruși s-au confruntat cu o rezistență acerbă atunci când au încercat să îi distrugă toate satele populației ciukci în campaniile din 1729, 1730–1731 și 1744–1747, care astăzi sunt calificate ca genocid. În fața rezistenții ciukcilor, rușii au fost nevoiți în cele din urmă să renunțe la acțiunile lor. După o primă înfrângere în fața luptătorilor ciukci în 1729, comandantul rus, maiorul Pavluțki a ordonat masacrarea populației necombatante și înrobirea femeilor și copiilor ciukci în 1730-1731, dar cruzimea rușilor nu a făcut decât să îi facă pe băștinași să lupte și mai aprig.Forsyth 1994, pp. 145–6.
Elisabeta a Rusiei a ordonat în 1742 genocidul împotriva triburilor ciukci și koraki, acțiune care avea ca obiectiv expulzarea lor de pe pământurile strămoșești și anihilarea culturii lor. Ordinul imperial prevedea ca băștinașii să fie „complet exterminați”. Pavluțki a declanșat în acest scop acțiuni militare în 1744–1747, în care i-a comandat pe cazaci care, „cu ajutorul Dumnezeului Atotputernic și spre norocul înălțimii ei imperiale”, să îi masacreze pe bărbații ciukci și să le înrobească femeile ca pradă de război. Chukchi bărbați și înrobi femeile și copiii lor ca pradă. În ciuda violențelor atacurilor, ciukci i-au forțat pe ruși să renunțe la campaniile militare. În plus, comandantul rus Pavluțki a fost ucis de ciukci, iar capul lui a fost păstrat trofeu de război.Forsyth 1994, p. 146.