În Antichitate, teritoriul Moldovei era locuit de daci, care mai apoi au fost cuceriți de romani. Deși teritoriul viitoarei Moldove nu a fost ocupat de romani, cu excepția regiunilor de sud, procesul de romanizare s-a realizat datorită legăturilor economice dintre dacii romanizați și dacii liberi. După retragerea romană contactul dintre noua populație romanizată cu dacii liberi s-a intensificat accelerând procesul de romanizare și fomarea poporului român. Totuși, teritoriul a fost puternic afectat de invaziile succesive ale goților, hunilor, gepizilor, avarilor, slavilor, tătarilor, ceea ce a marcat istoria Moldovei din secolele IV - XII (aproximativ concomitent cu perioada Migrației popoarelor din Evul Mediu Timpuriu). În secolul al XIV-lea este întemeiată Țara Moldovei care în secolul următor se află sub influența politică a Regatului Ungar, Regatului Polonez și Imperiului Otoman. În 1775, Imperiul Otoman cedează partea de nord-vest a Moldovei (denumită ulterior Bucovina), Imperiului Habsburgic, iar în 1812, în urma războiului ruso-turc din 1806-1812, partea de est, teritoriul interfluviului Prut - Nistru, este anexat de Imperiul Rus, fomând o nouă gubernie cu denumirea de Basarabia. În 1859 Principatul Moldovei se unește cu Țara Românească într-un singur stat, numit ulterior România. Basarabia se unește cu România în 1918, dar este cedată Uniunii Sovietice în 1940, pentru a constitui, împreună cu Republica Autonomă Sovietică Socialistă Moldovenească (RASSM), Republica Sovietică Socialistă Moldovenească (RSSM). Această republică își declară independența la 27 august 1991 cu numele Republica Moldova.
Etimologie Numele de Moldova vine de la râul cu același nume, pe valea căruia s-a format primul nucleu al noului voievodat. Există mai multe teorii asupra originii numelui de Moldova. Potrivit cronicilor medievale, numele râului ar veni de la Molda, cățeaua voievodului maramureșean Dragoș I.Grigore Ureche, Letopisețul țărâi Moldovei, de când s-au descălecat țara și de cursul anilor și de viiața domnilor carea scrie de la Dragoș vodă până la Aron vodă (1359-1594) Istoricii Constantin C. Giurescu și Dinu C. Giurescu sunt de părere că numele de Moldova vine de la molidIstoria românilor, Constantin C. Giurescu & Dinu C. Giurescu, p.209-210. O altă teorie, socotită fantezistă printre filologi, susține că numele său derivă de la cuvintele din limba dacică (nescrisă până in prezent) molta (adica, „multum” din latină) și dava (cetate sau apă "acva->ava->dava"), de la care ar veni numele (ne-atestat) de Muldava (vezi „Moldova” veche și nouă de la Dunăre). thumb|left|200px| Bogdan Petriceicu Hasdeu și majoritatea filologilor și istoricilor români susțin că denumirile râului și statului provin din termenul de origine germanică mulde (adică „scobitură”, „carieră” sau „culoar de scurgere”), Moldova veche și nouă de la Dunăre având aceeași proveniență. Prima cronică în care se amintește de terra Moldaviae aparține lui Ioan de Tîrnave (Kukullo), scrisă în ultima parte a secolului al XlV-leaVictor Spinei, Moldova în secolele XI-XIV, Chișinau, 1994, p.41 Potrivit Enciclopediei Cugetarea, sub denumirea de Moldova este cunoscută și de străini (Moldau, Moldavie, Moldavia...). Apare de asemenea sub numele de Ruso-Vlahia, adică „țara românească dinspre ruși”, prin analogie cu Ungro-Vlahia, anume „țara românească dinspre unguri”. În Țara Românească, Muntenia mai era numită și Megali-Vlahia, Valachia Maior sau Grosse (Große) Walachei (i.e. Marea Valahie), iar Oltenia: Mikri-Vlahia, Valachia Minor sau Kleine Valachei (i.e. Mica Valahie). În portulanele genoveze de la Muzeul Național al Hărților și Cărții Vechi din București, Moldova mai apare și sub numele de Velacia Bogdana, în timp ce Transilvania apare sub numele de Velacia Interiore iar Țara Românească sub numele de Velacia Bassaraba. Autoritățile bisericești din Constantinipol au folosit mult timp și denumirea Moldovlahia.
Orașul Baia, prima capitală a voievodului Dragoș s-a dezvoltat dintr-o așezare sătească de lângă râul Moldova care a servit ca loc de popas pentru comercianții care circulau între porturile de la țărmul Mării Negre și orașele Bistrița și Rodna din TransilvaniaStela Cheptea, în „Istorie si societate”, coordonatori: M. Cirstea, S. L. Damian D. Liciu vol I, Editura Mica Valahie, 2011 p.51 Conform unei inscripții în limba latină orașul a fost ridicat cu ajutorul unor pietrari sași în secolul al XIII-leaGünter Schödl, Deutsche Geschichte im Osten Europas. Land an der Donau, Berlin 1995, pag. 60. In tot cursul secolelor XIV—XVI, dar și mai târziu, orașul Baia a fost denumit deseori în izvoarele latine și germane, Moldavia sau Moldau. Ca succesiune, mai întâi au apărut în documente numele râului Moldova și a orașului Baia/Moldavia și apoi numele țării.Victor Spinei, Moldova în secolele XI-XIV, Chișinau, 1994, p.43
Există și o opinie că Moldova ar aparține latinității Europei centrale. Istoricul Lucien Musset a scris că latinitatea Europei centrale din Suabia până în România ar trebui să fie privită ca un întreg; părțile occidentale au fost germanizate, cele din mijloc maghiarizate și numai cele din est și sud și-au menținut latinitateaLucien Musset. — Les invasions. Le second assaut contre l'Europe chrétienne (VIIe-XI siècles), Presses Univ. France, 1965, p.195
În Evul Mediu, Moldova era împărțită în Țara de Sus și Țara de Jos. Din Țara de Jos făcea parte și Basarabia veche (Bugeacul turcesc), care aparținuse inițial Munteniei, de la care își trage numele (Țara Românească apare inițial sub numele de Basarabia, după familia întemeietoare, așa cum Moldova apare sub numele de Bogdania, după numele voievodului maramureșean Bogdan I, care a proclamat independența voievodatului față de Ungaria).
Scaunul Moldovei a fost pe rând la Baia și la Siret (sec. al XIV-lea), la Suceava (sec. 15) și, în sfârșit, la Iași (din sec. al XVI-lea), pe măsură ce invaziile tătarilor scădeau în frecvență și violențăEnciclopedia Cugetarea, Lucian Predescu, p. 562-563.
Stema Moldovei era inițial un cap de bour (Bos taurus primigenius), care, după dispariția timpurie a acestui animal, a fost înlocuit treptat prin capul de zimbru (Bison bonasus), la rândul lui dispărut prin secolul XVIII.Alexandru Filipașcu: Sălbăticiuni din vremea strămoșilor noștri, Ed. Științifică, 1969
Istoria timpurie Civilizația apărută pe valea Dunării în anii 5500-3500 î.H. este cea mai veche civilizație din Europa. In anul 1961 la Tărtăria in România s-au descoperit Tăblițele de la Tărtăria cu semne grafice ce ar putea fi cea mai veche formă de scriere din lumeLazarovici, Gheorghe and Merlini Marco: 2005 “New archaeological data referring to Tărtăria tablets”, in Documenta Praehistorica XXXII, Department of Archeology Faculty of Arts, University of Ljubljana. Ljubljana:205-2019Marco Merlini “La scrittura è natta in Europa” (Scrisul s-a născut în Europa?) Editura Avverbi, Roma, 2004.Harald Haarmann, Joan Marler, An introduction to the study of the Danube Script, Journal of Archeomythology, Vol.4, 2008 Tăblițe asemănătoare cu cele de la Tărtăria s-au descoperit și în Moldova în punctul numit Vadu Rău, din localitatea Fărcașa (Jud. Neamț). Semne similare cu cele de la Tărtăria se regăsesc pe mii de artefacte descoperite în diferite zone din Europa de sud-est, în situri arheologice ca: Parța, Tangiru, Cucuteni (România), Duruitoarea Veche (Moldova), Tripolie (Ucraina), Vinča (Serbia) etc, acoperind un spațiu care se întindea din partea de nord a Greciei actuale și până în Slovacia și din România până în Croația. Civilizația corespunde în mare măsură culturii Vinča-Turdaș. Tăblițele au produs și controverse dar sunt confirmate de cercetătoarea americană de origine lituaniană Marija Gimbutas, care a formulat în 1950 Teoria culturii gorganelor sau Ipoteza kurgană în care a descris un model de preistorie europeanăGimbutas, Marija (1982), „Old Europe in the Fifth Millenium B.C.: The European Situation on the Arrival of Indo-Europeans”, în Polomé, Edgar C., The Indo-Europeans in the Fourth and Third Millennia, Ann Arbor: Karoma Publishers, ISBN 0897200411 în care „Cultura Danubiană” formează miezul așa zisei Europe Vechi, o civilizație relativ avansată, vorbind limbi preindoeuropene, care a fost invadată de triburile protoindoeuropene masate în stepa nordică a Mării Negre.
Tot în spațiile nord dunărene s-a dezvoltat cultura Cucuteni sau Cucuteni-Tripolia (în engleză Cucuteni-Trypillian culture și ucraineană Трипільська культура), pe o suprafață de 350.000 kilometri pătrați, pe teritoriul actual al României, Republicii Moldova și Ucrainei, intre 5.200 până si 3.200 î. e. n.).Cultura și-a primit numele după satul cu același nume din apropierea Iașului, unde în anul 1884 s-au descoperit primele vestigii. Cultura Cucuteni se caracteriza printr-o ceramică de foarte bună calitate, bogat și variat pictată. Culorile predominante pe ceramica Cucuteni sunt roșul, albul și negrul, cu unele variații în funcție de temperatura la care a fost ars vasul respectiv. Ca formă, vasele diferă de la simple pahare la vase mari de tipul amforelorDumitrescu, V. Arta culturii Cucuteni. București: Editura Meridiane, 1979
250px|left|thumb|Machetă a așezării întărite slavo-române timpurie de la Echimăuți (sec XII). Populația băștinașă a Moldovei se trage din triburile daco-getice romanizate. Perioada de ocupație romană a Daciei și a litoralului pontic până la Olbia (în zilele noastre Transilvania, Oltenia, Dobrogea și Bugeacul) a creat o nouă cultură prin romanizarea de către coloniștii romani a populației locale. Harta lui Claudius Ptolemeu (sec. II) indică următoarele "dave" pe teritoriul Moldovei: Petrodava (Piatra Neamț), Utidava, Zargidava (Brad (Negri), Bacău), Tamasidava, Piroboridava (Poiana, Galați) precum și 5 cetăți de-a lungul Nistrului – Eractum, Vivantavar, Clepidava, Maetonium și Caraduum. thumb|170px|Dacia în timpul lui Constantin cel Mare După ce Imperiul Roman s-a retras din nordul Dunării în 271 d.Hr., o mulțime de popoare migratoare au trecut prin această regiune : hunii, goții, slavii, avarii, bulgarii, iașii, hazarii, maghiarii, pecinegii, cumanii și tătarii. Împăratul Constantin cel Mare a construit în 328, podul lui Constantin cel Mare peste Dunăre, și a pornit la recucerirea Daciei luptându-se cu vizigoții. Ca urmare, ținuturile de la nord de Dunăre inclusiv sudul Moldovei reintră pentru o perioadă sub stăpânire romană. Limita de nord din Dacia a Imperiului Roman de Răsărit era marcată de Brazda lui NovacMadgearu, Alexandru(2008). Istoria Militară a Daciei Post Romane 275-376. Cetatea de Scaun. ,p.64-126 care continua apoi spre sudul Moldovei (probabil pe râul Buzău) mergând pe la nord de actualul oraș Galați apoi peste Prut pe la Vadul lui Isac, Cahul si se termina la lacul (limanul) Sasîc, aproape de Nistru, pe valul de pământ numit uneori și valul lui Athanaric Costin Croitoru, Sudul Moldovei in cadrul sistemului defensiv roman. Contributii la cunosterea valurilor de pamant. Acta terrae septencastrensis, Editura Economica, Sibiu 2002, p.111. Cu această ocazie, Constantin și-a adăugat și titlul de Dacicus Maximus. Teritoriile recâștigate de Constantin cel Mare au fost pierdute în urma nenumăratelor invazii. Populația romanizată, refugiată în ținuturile muntoase sau păduroase cum ar fi Carpații, a revenit treptat spre șesuri, pe măsură ce invaziile se răreau, în timp ce statele sedentare creștinești se consolidau. Astfel, i-au asimilat pe migratorii Slavi (dintre care cei mai cunoscuți sunt Anții și Ulicii ) și turanici (pecenegii și cumanii).
Migrația avarilor în Panonia a determinat migrația slavilor spre sud-estul Europei, aceștia ajungând pe teritoriul dacilor și mai târziu al Imperiului Roman.