Древнейшие следы пребывания человека на территории Иркутска датируются возрастом около 50 тысяч лет. Поселения и могильники, относящиеся к каменному, бронзовому и железному векам, обнаружены на обоих берегах Ангары (стоянки Военный госпиталь, им. Арембовского, Щапова I—III, Переселенческий Пункт, им. Герасимова, Мамоны IIКогай С. А., Роговской Е. О. Каменная индустрия местонахождения Мамоны II в контексте позднекаргинских — раннесартанских материальных комплексов Иркутска , Верхоленская гора, Роща «Звёздочка», Царь-Девица, Титово, Лисиха, Кузьмиха, Иркутск-мост (левый берег), Глазковская церковь, могильники неолитической китойской культуры (некрополи Глазковский (с участками «Локомотив» и «Циклодром»), Гороховский, Лисихинский, Усть-Ушаковка). Возраст находок археологического объекта «Ленинский» превышает 40 тыс. лет. Возраст верхнепалеолитической стоянки Щапова I в районе улицы Щапова и пади Пшеничной составляет 39900±1285 лет, стоянки им. Герасимова — 36 750±380 лет, стоянки Мамоны II — 31400 лет. Геоархеологическое местонахождение Трилиссера I датируется возрастом 23—29 тыс. лет назадТетенькин А. В., Семин М. Ю., Кустов М. С., Стерхова И. В., Клементьев А. М. Новое геоархеологическое местонахождение эпохи палеолита — Трилиссера I // Известия Лаборатории древних технологий. 2016. № 3..

Основание. XVII век

Своё начало город ведёт с острога, заложенного отрядом Якова Похабова по заданию енисейского воеводы 6 июля , а в другом источнике указано что в 1652 году было основано Иркутское зимовье.. Место на берегу Ангары при впадении в неё реки Иркут оказалось пригодным для земледелия и скотоводства, водный путь обеспечивал сообщение с Енисеем и Байкалом. В день закладки острога Похабов докладывал:

Стоит заметить, что, согласно гипотезам, временные (зимовья) или постоянные поселения русских могли существовать на территории Иркутска (на острове Дьячьем) в 1650-х годахРезун Д. Я. По поводу даты основания Иркутска // Земля Иркутская (журнал). — 1994. — № 1.. Существует и «народная» версия (поддержанная А. И. Лосевым, но не принятая современной наукой) об освоении этой местности землепроходцами ещё в 1620 году. Согласно же официальной истории, русские впервые достигли верховьев Ангары не ранее конца 1620-х годов, основанию Иркутского острога предшествовал выход казачьего отряда К. Иванова к Байкалу, случившийся лишь в 1643 году, а официальной датой основания Иркутска является указанный 1661 год.

Иркутский острог был одной из многочисленных острожных крепостей в Восточной Сибири, поставленных для сбора ясака. Первым приказчиком нового острога был назначен казачий десятник Василий Ездаков.

К концу 1660-х годов строения острога сгнили, и оборонительное сооружение было выстроено заново, с вырытым вокруг него рвом. Вскоре за стенами острога возник посад. В 1672 году построена первая деревянная церковь — Спасская, заложен мужской Вознесенский монастырь, а в 1689 году — женский Знаменский монастырь.

В 1682 году острог становится центром Иркутского воеводства, объединяющего все остроги Прибайкалья. Резиденцией воеводы становится государев двор. В Иркутску присвоен статус города. После урегулирования российско-китайских отношений Нерчинским договором (1689) через Иркутск потянулись торговые караваны на пути в Китай. Из Сибири везли пушнину, из Китая через Селенгу и Байкал — чай, сахар и ткани. В 1692 году в Амстердаме была издана книга Н. Витсена «Северная и Восточная Тартария», в которой так описывается Иркутск: Город Иркутской, примерно в 8 милях от озера Байкал, был построен несколько лет назад и снабжен крепкими деревянными башнями. Пригород его очень большой. Там можно достать в изобилии мясо и рыбу. В окрестностях этого города и в Верхоленске растет в изобилии хлеб, ибо земля там очень плодородная. Здесь поселилось много московитов… Осенью эта область часто подвержена землетрясениям… Иркутск теперь расцветает от торговли с Синой и население его увеличивается…Витсен Н. Северная и Восточная Тартария / Пер. с голл. В. Г. Трисман. — Т. II. — Амстердам: Pegasus, 2010. — С. 819, 825.

В 1696 году в Иркутске произошёл бунт забайкальских казаков против воеводы А. Савёлова, настроившего против себя местное население. В это время получили развитие кузницы, мастерские, кожевни, мыловарни. К 1700 году в Иркутске проживало около 1000 человек, в том числе 409 казаков, 110 посадских людей, 50 служилых, 13 детей боярских, 2 дворянина и другие.

XVIII век В 1701 году в городе появилось первое каменное здание — приказная изба. Организовано почтовое сообщение с Москвой — ямская гоньба, с использованием подводной повинности.

В 1708 году город Иркутской был включён в состав учреждённой Сибирской губернии.

В 1716 году пожар значительно повредил острожные сооружения, которые были восстановлены через год. За рекой Ушаковкой началось производство кирпича. О пожаре Иркутская летопись гласит:

В 1720-е годы Иркутск становится центром Иркутской провинции в составе Сибирской губернии. В 1722 году открыта ратуша, через год реорганизованная в магистрат. В середине 1720-х годов при Вознесенском монастыре под Иркутском открыта «мунгальская» школа для миссионеров и переводчиков с китайского и монгольского языков (существовавшая до 1748 года). Тогда же город посещают участники Камчатской экспедиции во главе с В. Берингом. Содействие Берингу оказывает владыка Иннокентий, с 1727 по 1731 годы возглавляющий новообразованную Иркутскую и Нерчинскую епархию.

В Иркутске развивается и упорядочивается торговля, начинается использование гербовой печати «для прикладывания к выдаваемым купечеству из таможен и из ратуш паспортам».

В 1730 году купец Ланин открывает железоделательный завод. В 1738 году открыт почтовый тракт на Охотск. В 1745 году был построен первый каменный жилой дом. В 1747 году посадский человек Прокопьев открывает стекольный завод и ткацкую фабрику. В 1750-е годы были учреждены школа навигации, в городе появились первые старообрядцы. В 1757 году учреждена полиция. В 1750-х годы в Иркутск пришла Московская столбовая дорога.

В 1758—1760 годах коллежский асессор Пётр Крылов вел следствие в Иркутске о злоупотреблениях при торговле вином (водкой) и при этом сам занимался вымогательством и другими беззакониями, фактически захватив власть в городе. Именем его еще в начале XIX века в Иркутске пугали детей.

Отмена царской монополии на экспорт пушнины в 1762 году открыла «золотой век» иркутского купечества. Крупнейшие купеческие династии — Сибиряковы, Баснины, Трапезниковы, Дудоровские, Солдатовы разбогатели на российско-китайской торговле, скупая и перепродавая пушнину, и препятствуя доступу иногородних купцов на местный рынок. Другим источником их обогащения было участие в поставках провианта и металла для государственных нужд, полученными из казны деньгами купцы делились с чиновниками. Многие купеческие династии были выходцами с Русского Севера. К концу XVIII века купечество стало играть ведущую роль в гражданской жизни Иркутска, составляя оппозицию государственной администрации. Занимая ключевые должности в органах городской власти, купцы получали доступ к выгодным им контрактам. Крепли традиции благотворительной деятельности купцов, на средства которых строились и содержались церкви, приюты, больницы, школы, театры, библиотеки. Фамилиями известных купцов впоследствии стали называть улицы: Баснинская, Ланинская, Медведниковская, Мыльниковская, Трапезниковская и другие.

В 1764 году образована Иркутская губерния в составе Сибирского царства. В 1770-е годы была официально открыта городская ярмарка и банковская контора. В 1780-е годы появилась публичная библиотека, духовная семинария, городская школа, училище, а также типография. В 1783 году образовано Иркутское наместничество под управлением генерал-губернатора. 1 января 1787 года учреждена городская дума, городским головой избран купец I гильдии М. Сибиряков, трижды переизбранный и удостоенный звания «именитый гражданин» за вклад в развитие города. В 1775 году пожар почти полностью уничтожил центр города. В 1790 году обветшалые стены острога были разобраны. В 1791 году в Иркутске в течение двух месяцев находился первый политический ссыльный в эти места — А. Радищев, осуждённый за публикацию «Путешествия из Петербурга в Москву». К концу XVIII века прежде патриархальный Иркутск стал приобретать облик европейского города, где развивалась культура, появилась современная одежда, большинство мужчин уже коротко стриглось и брило бороду.

В 1799 году при участии иркутского купца Г. Шелихова создана Российско-Американская компания. С середины XVIII века город стал играть роль главной базы тихоокеанских промыслов: здесь размещалась одна из контор РАК, принадлежавшие ей «американские казармы», кузнечный, смолокуренный, скорняжный и прядильный заводы. В Иркутске совершались торговые сделки и снабженческие операции, набирались команды промышленников и моряков, многие из которых были иркутянами. Жители города владели до 9 % акций компании. На могильном памятнике Г. И. Шелихова приведены стихи Державина: «…Не забывай, потомок, что Росс, твой предок, и на Востоке громок».

XIX век

В 1801 году открыт Кругоморский тракт в Забайкалье, проложенный при участии ссыльных. В городе каторжный труд применялся в ремесленном доме и на суконной фабрике. В 1807 году на частные средства была открыта первая больница. В 1812 году из Иркутска было отправлено 566 рекрутов на войну с Наполеоном. В 1813 году со стороны Московского тракта поставлены триумфальные ворота. В 1816 году образовано Иркутское казачье войско.

Находясь вдали от столицы, местное начальство располагало практически неограниченной властью: инструкции сверху дозволяли им «делати… по своему высмотру, как пригоже и как бог вразумит». Ещё в 1717 и 1736 годах за злоупотребления на местах в Петербурге были казнены иркутский воевода Л. Ракитин и вице-губернатор А. Жолобов, в разное время были уволены генерал-губернаторы И. Якоби, Б. Леццано и И. Селифонтов. Вице-губернатор А. Плещеев был падок на подарки, губернатор Ф. Немцов отличился непомерным взяточничеством. Губернатор Н. Трескин прославился наведением порядка и чистоты на городских улицах, расправой над купеческой оппозицией и высылкой «вредных членов общества». На период его руководства пришёлся расцвет коррупции. В 1819 году был отрешён от должности генерал-губернатор Пестель, на его место назначен российский реформатор Михаил Сперанский, которому было поручено «придать кого нужно законному суждению» и создать «на месте полезнейшее устройство сего отдалённого края». За 2 года пребывания Сперанского в Иркутске был отдан под суд гражданский губернатор Трескин, выявлено около 700 чиновников, причастных к беззакониям.

В 1822 году было образовано Восточно-Сибирское генерал-губернаторство с центром в Иркутске. В 1826 году в город прибыли первые ссыльные декабристы. После отбытия каторги С. Трубецкому и С. Волконскому разрешили поселиться в Иркутске. Согласно проекту конституции Н. М. Муравьёва Иркутск должен был стать столицей Ленской державы в составе Российской федерации. В 1836 году открыт первый частный банк. В 1839 году открыта первая публичная библиотека. В 1840-е годы Иркутск превращается в «столицу ленского золота», место концентрации капиталов золотопромышленников. В эти годы в город прибыл первый пароход, были открыты институт благородных девиц и театр.

С 1848 по 1861 год генерал-губернатором был граф Н. Н. Муравьёв-Амурский. Он присоединил к России Приамурский край, однако на месте проявлял необузданный деспотизм и крайнюю жестокость. С открытия сообщения по Амуру в 1854 году по пути из Санкт-Петербурга к Тихому океану начинает приходить в упадок старый Якутский тракт. В Иркутск прибывают ссыльные поляки. Население города составляет 28 тысяч человек, ссыльных насчитывалось 3768 человек. В 1864 году подведена телеграфная линия на Петербург. В 1866 году в Иркутске проходил суд над 683 поляками, поднявшими восстание на Байкале.