Варианты SARS-CoV-2 — циркулирующие в природе разновидности коронавируса SARS-CoV-2. Некоторые из них считаются особенно важными и получают специальные обозначения буквами греческого алфавита. Генетическая последовательность WIV04/2019, вероятно, является исходным вариантом, заражающим людей, также известна как «генетическая последовательность ноль».
Система именования Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ), стараясь не использовать географическую привязку в названиях вариантов нового коронавирусаЗаявление о работе шестого совещания Комитета Международных медико-санитарных правил (2005 г.) по чрезвычайной ситуации в связи с пандемией коронавирусной инфекции (COVID-19) // Статья от 15.01.2021 г. // Всемирная организация здравоохранения, официальный сайт, 15.01.2021., в мае 2021 года приняла решение обозначать их буквами греческого алфавита. Тем самым исключаются именования «британский», «бразильский» и другие аналогичные идентификаторы, связанные с названиями тех стран, где были впервые обнаружены соответствующие вирусыКоронавирусные штаммы получат греческие буквы // 31.05.2021 г. «Вести.Ру». В частности, обнаруженный в ноябре 2021 года вариант SARS-CoV-2 получил название «омикрон»Новому штамму коронавируса присвоено название «Омикрон» // ООН, официальный сайт, 26.11.2021 г..
При этом от использования букв «ню» и «кси» отказались«Ню» упала, «Кси» пропала // «Москва 24», 29.11.2021.: первая напоминает английское слово new (новый), а вторая — китайское имя Си, которое носит, в частности, Си ЦзиньпинВОЗ объяснила название штамма «омикрон» и пропуск двух букв алфавита // 28.11.2021 г. РБК.Пропущенные буквы: почему ВОЗ назвала новый штамм «омикрон» // Газета.ru, 28.11.2021 г..
Классификация вариантов по ВОЗ ВОЗ поддерживает систему отслеживания вариантов SARS‑CoV‑2 и регулярно обновляет определения основных категорий вариантов. Классификация учитывает генетические особенности вариантов, их распространённость и потенциальное влияние на общественное здравоохранение.
Общие принципы классификации В рамках системы ВОЗ выделяют варианты, вызывающие озабоченность (variant of concern, VOC), варианты интереса (variant of interest, VOI) и варианты под наблюдением (variant under monitoring, VUM). Отнесение линии к той или иной категории основано на совокупности данных о её распространении, генетических изменениях, возможном иммунном ускользании и влиянии на клиническое течение COVID‑19. Риск, связанный с новым вариантом, оценивает техническая консультативная группа ВОЗ по эволюции вируса (TAG‑VE), которая анализирует результаты лабораторных исследований, эпидемиологические данные и информацию из систем геномного надзора.
Варианты под наблюдением (VUM) К вариантам под наблюдением относят линии SARS‑CoV‑2 с генетическими изменениями, предположительно способными повлиять на свойства вируса, либо демонстрирующие признаки роста распространённости, но ещё не обладающие убедительными эпидемиологическими характеристиками повышенного риска. Для таких вариантов требуется усиленное наблюдение, анализ динамики распространения и лабораторная оценка их влияния на диагностику, вакцины и терапию.
Варианты интереса (VOI) Вариант SARS‑CoV‑2 относят к вариантам интереса (Variants of Interest) при наличии подтверждённых генетических изменений, связанных с повышенным эпидемиологическим риском, а также признаков роста распространения в нескольких регионах. Для таких линий важны данные о возможном снижении эффективности иммунного ответа, изменении клинической картины и влиянии на нагрузку на систему здравоохранения.
В августе 2020 года впервые была обнаружена в Перу. В июне 2021 года в Перу на штамм «лямбда» приходилось 81% всех зарегистрированных в стране случаев заражения. В Аргентине и Чили доля «лямбды» составляет около одной трети.
Варианты, вызывающие беспокойство (VOC) К Variants of Concern относят линии, отвечающие критериям варианта интереса и дополнительно демонстрирующие подтверждённое ухудшение эпидемиологической ситуации или клинических исходов. К признакам такого влияния относят значимое увеличение заразности, рост частоты тяжёлых форм заболевания, снижение эффективности вакцин или терапевтических препаратов, а также нарушения в работе систем здравоохранения. В этой категории используются буквенные обозначения греческого алфавита, причём с 2023 года греческие буквы присваиваются только вариантам, вызывающим озабоченность.
Альфа (линия B.1.1.7)
Вариант 202012/01 (VOC-202012/01), ранее известный как первый штамм, находящийся на рассмотрении в декабре 2020 года (VUI — 202012/01), а также как линия B.1.1.7 или 20B/501Y.V1, был впервые обнаружен в октябре 2020 года во время пандемии COVID-19 в Великобритании из образца, взятого в предыдущем месяце. С тех пор его шансы на преобладание удваивались каждые 6,5 дней (предполагаемый интервал между поколениями). Это коррелирует со значительным увеличением частоты инфицирования COVID-19 в Великобритании. Считается, что это увеличение, по крайней мере частично, связано с аминокислотной заменой N501Y внутри рецептор-связывающего домена , который необходим для связывания с ACE2 в клетках человека.
Есть некоторые свидетельства того, что этот вариант имеет повышенную на 30-70 % трансмиссивность, кроме того, предварительные исследования предполагают повышение летальности.
2 февраля 2021 года официальные лица Британии сообщили, что среди 214000 образцов данного штамма, подвергнутых генетическому секвенированию, в 11 была обнаружена также и мутация E484K. Одна из мутаций (N501Y) также присутствует в штаммах «бета» и «гамма».
31 мая 2021 года Всемирная организация здравоохранения объявила, что для использования в общественных коммуникациях британский вариант следует называть «альфа».
Бета (линия B.1.351)
Вариант 501.V2, также известный как линия 20C/501Y.V2 или B.1.351, был впервые обнаружен в Южной Африке, о чём сообщило Министерство здравоохранения ЮАР 18 декабря 2020 года. Исследователи и официальные лица сообщили, что распространенность этого штамма была выше среди молодых людей без каких-либо основных заболеваний, и по сравнению с другими штаммами он чаще приводит к серьезным заболеваниям в этих случаях. Министерство здравоохранения ЮАР также указало, что этот штамм может быть движущей силой второй волны пандемии COVID-19 в стране из-за того, что штамм распространяется более быстрыми темпами, чем другие, более ранние штаммы вируса.
Ученые отметили, что этот штамм содержит несколько мутаций, которые позволяют ему легче прикрепляться к клеткам человека. Речь идет о трех мутациях в рецептор-связывающем домене (RBD) в спайковом гликопротеине вируса: N501Y (вместо аминокислоты аспарагин (N) аминокислота тирозин (Y) в позиции 501), K417N и E484K. Две из этих мутаций (E484K и N501Y) находятся в рецептор-связывающем мотиве (RBM) рецептор-связывающего домена (RBD).
Новый штамм был обнаружен путем секвенирования генома. Несколько геномных последовательностей из этой линии были отправлены в базу данных последовательностей , например, последовательность EPI_ISL_678597.
4 января 2021 года газета The Telegraph сообщила, что оксфордский иммунолог сэр Джон Белл считает, что новый южноафриканский штамм вызывает «большой вопрос», поскольку он может быть устойчивым к вакцинам, тем самым разрушая надежды и заменяя их страхом. В тот же день профессор вакцинологии Шабир Мадхи заявил CBS News, что нет уверенности в том, что новый штамм 501.V2 сможет «обойти» защиту вакциной, но он полагает, что она «может быть менее эффективна». Дополнительные мутации в белке-шипе в штамме 501.V2 были названы доцентом кафедры клеточной микробиологии Университета Рединга Саймоном Кларком как вызывающий беспокойство фактор, поскольку они «могут сделать вирус менее восприимчивым к иммунному ответу, вызванному вакциной». Лоуренс Янг, вирусолог из Уорикского университета, также отметил, что множественные спайковые мутации этого штамма «могут привести к некоторому уходу от иммунной защиты».
Угур Сахин, исполнительный директор BioNTech, заявил, что необходимы дальнейшие исследования, чтобы убедиться, что нынешняя вакцина производства этой компании работает против штамма 501.V2, однако, если вакцину будет необходимо скорректировать, компания может сделать это примерно за 6 недель. 8 января 2021 года Guardian сообщила, что вакцина Pfizer и BioNTech от COVID-19 показала в тестах, включающих 20 анализов крови, что она способна обеспечивать защиту от штамма 501.V2. Необходимы дальнейшие исследования, чтобы установить точную степень защиты.
Гамма (линия B.1.1.248)
Линия B.1.1.248 была обнаружена в Токио 6 января 2021 года Национальным институтом инфекционных заболеваний (NIID). Новый штамм был обнаружен у четырех человек, прибывших в Токио из штата Амазонас 2 января 2021 года. Государственный бразильский фонд Освальдо Круза подтвердил свое предположение о том, что этот штамм был распространен в тропических лесах Амазонки. Данный штамм SARS-CoV-2 имеет 12 мутаций в спайковом белке, включая N501Y и E484K.
Препринт статьи Каролины М. Волоч и др. идентифицировал новую линию SARS-CoV-2, 'B.1.1.248', распространенную в Бразилии, и произошедшую от штамма B.1.1.28. В нем описывается, что новый штамм впервые появился в июле и впервые был обнаружен в октябре, но на момент публикации (декабрь 2020 г.), хотя частота его значительно увеличилась, его распространение все еще в основном ограничивалось столицей штата Рио-де-Жанейро.
Данный штамм вызвал вспышку заболеваемости в городе Манаус, несмотря на тот факт, что город уже испытал массовое заражение в мае, и исследование показало высокую распространенность серотипов антител к SARS-CoV-2.
11 февраля 2021 глава минздрава Бразилии Эдуардо Пазуелло сообщил о том, что данный штамм в три раза заразнее «оригинального» SARS-CoV-2.
Дельта (линия B.1.617.2)
В октябре 2020 года линия B.1.617.2 впервые была обнаружена в Индии. Во второй половине апреля 2021 года индийский штамм «дельта» попал в РоссиюСоздатель «Спутника V» рассказал об изменённом индийском штамме в Москве. Им объясняют третью волну COVID-19 , 16.06.2021.
14 июня 2021 года в Индии был обнаружен мутировавший вариант B.1.617.2, который известен как вариант AY.1 или «дельта плюс». «Дельта плюс» отличается наличием в спайковом белке мутации K417N, которая способна снижать активность антител у переболевших и вакцинированных людейВ Индии выявили новый штамм коронавируса «дельта плюс» , 21 июня 2021. Минздрав Индии назвал три отличительных признака «дельты плюс»: повышенная контагиозность, усиленная способность связываться с рецепторами клеток легких и потенциальная устойчивость к терапии моноклональными антителамиВ Индии обнаружили новый сверхзаразный штамм Covid , 24.06.2021.
В октябре 2021 года, отслеживая эволюцию штамма «дельта», британские вирусологи обнаружили новый штамм AY.4.2, обладающий большей контагиозностью, чем предыдущие штаммы. AY.4.2 на 10—15 % заразнее штамма «дельта». В Великобритании на его долю приходится каждый десятый случай заражения коронавирусом в странеВ Великобритании раскрыли подробности о новом штамме коронавируса , 20 октября 2021.
Омикрон (линия B.1.1.529)