Дело Ю́КОСа — события, связанные с уголовным преследованием основных совладельцев ОАО «Нефтяная компания „ЮКОС“» (ЮКОС) и вызвавшие ряд споров в обществе, оказавшие значительное влияние на политическую жизнь и деловой климат в России.

События начались в 2003 году по инициативе Министерства Российской Федерации по налогам и сборам (МНС), а позднее — Федеральной налоговой службы (ФНС). Преследованию подверглись Михаил Ходорковский и Платон Лебедев, а также ряд сотрудников и аффилированных с ЮКОСом лиц и организаций с последующей процедурой банкротства ЮКОСа, вызванного значительной (более 300 млрд руб.) суммой штрафов за недоплаченные налоги.

Дело ЮКОСа вылилось в ряд судебных решений российских судов, а также разбирательство в Европейском суде по правам человека (ЕСПЧ) и Международном арбитраже в Гааге (МАГ), основными из которых были:

Решение Мещанского районного суда Москвы от 31 мая 2005 года о назначении Ходорковскому и Лебедеву наказания в виде девяти лет лишения свободы. Решение Арбитражного суда Москвы от 12 ноября 2007 года о ликвидации НК «ЮКОС». Решение Постоянной палаты третейского суда (Международный арбитраж в Гааге (МАГ)) от 18 июля 2014 года о присуждении акционерам ЮКОСа 50 миллиардов долларов США, Решение ЕСПЧ от 31 июля 2014 года о присуждении бывшим владельцам ЮКОСа 1,86 миллиарда евро в качестве компенсаций Решение Окружного суда Гааги в апреле 2016 года об отмене решения Постоянной палаты третейского суда. Решение Апелляционного суда Гааги в феврале 2020 года об отмене решения Окружного суда Гааги () Решение Верховного суда Нидерландов в октябре 2025 года об отклонении кассации РоссииВерховный суд Нидерландов отклонил кассацию России по делу ЮКОСа.

Возможные предпосылки По состоянию на 1999—2000 годы СМИ сообщали, что ЮКОС активно прибегалТворчество нефтяных баронов // Новая газета, 7 августа 2000 к так называемой налоговой оптимизации, пользуясь многочисленными юридическими лазейками, позволявшими уменьшить объём налоговых отчислений — занижение налогооблагаемой базы, продажа нефти через трейдерские фирмы-«однодневки», зарегистрированные в регионах с льготным налогообложением, применение трансфертного ценообразования, применение схемы «обратного зачёта» и т. д. Уникальным для ЮКОСа был способ налоговой оптимизации путём перепродажи по заниженной цене добывавшейся из скважин нефтесодержащей жидкости под видом «скважинной жидкости» между подразделениями, например, расположенными в регионах с льготными ставками налога. Данный манёвр позволял уменьшить общий объём уплачиваемых сырьевых налоговМихаил Ходорковский: химия и жизнь // Юлия Латынина, «Совершенно секретно», No.8/124, 10 августа 1999«Дело ЮКОСа» — показательный процесс или плата за ошибки? // Эксперт, 5 декабря 2005. Многие подобные схемы в том или ином сочетании использовались всеми российскими нефтяными компаниями, однако вариант со «скважинной жидкостью» применялся только «ЮКОСом»Скважинная жидкость. И другие способы мошенничества / Сергей Пронин, Нефть, газ и фондовый рынок, 22 июня 2007. По утверждению Юлии Латыниной, идея продажи так называемой «жидкости на устье скважины», являвшейся основным способом минимизации местных налогов, была «лучшим изобретением ЮКОСа». В действительности же этот способ минимизации налогов был «позаимствован» в США.

Так, в 1999 году на тонну добытой нефти ЮКОС заплатил налогов в 10 раз меньше «Сургутнефтегаза» и в 5 раз меньше «Лукойла».

В первой половине 2002 года в западноевропейской печати появилась серия статей, уличавших руководителей «ЮКОСа» в отмывании денегС. Бессон Швейцария — убежище для вывезенных фондов «Юкоса» (перевод из «Le Temps», Швейцария) // inosmi.ru, 4.03.2002C. Бессон Как новые русские нефтяные короли построили тайную финансовую империю в Женеве (перевод из «Le Temps», Швейцария). Серия была спровоцирована обнаружением французскими налоговыми службами швейцарских банковских счетов Елены Коллонг-Поповой, через которые прошли сотни миллионов долларов. По её утверждениям, эти счета она открыла по просьбе одного из акционеров «ЮКОСа» Алексея Голубовича. 19 февраля 2003 года на встрече представителей крупного бизнеса с президентом России В. Путиным М. Ходорковский обвинил в коррупции государственную компанию «Роснефть», приведя в пример покупку небольшой нефтяной компании «Северная нефть» за баснословную по тем временам сумму 600 млн долл. В ответ Путин напомнил Ходорковскому, что «ЮКОС» имел проблемы с налогами (хотя и не уточнил, какие) и поинтересовался, как нефтяная компания получила «сверхзапасы»Ирина Резник. Прокурорский дисконт // Ведомости, № 180 (1954), 25 сентября 2007. В апреле 2003 года «ЮКОС» объявил о слиянии с компанией «Сибнефть», на тот момент контролировавшейся Романом Абрамовичем. Велись переговоры о продаже блокирующего пакета акций объединённой компании с американскими ChevronTexaco и ExxonMobil. По словам Леонида Невзлина (одного из руководителей и совладельцев «ЮКОСа»), Ходорковский был уверен, что руководство страны одобрит эту рекордную сделку, но «Путина убедили, что Ходорковский его обманывает». Одной из причин начавшегося разгрома компании ряд аналитиков называл недовольство Путина финансированием Ходорковским и другими акционерами «ЮКОСа» оппозиционных партий — «Яблока», СПС, КПРФЗа что сидит Михаил Ходорковский (часть 3) // Известия. Из книги Валерия Панюшкина «Узник тишины», вышедшей в 2006 году: «Усилия акционеров ЮКОСа в начале 2003 года можно сложить в некоторую общую картину: они атакуют коррупцию, они выводят крупнейшую нефтяную компанию из-под контроля государства, они финансируют оппозицию, они воспитывают новое поколение свободных граждан, они развивают гуманитарную науку (см. „Открытая Россия“) — у них, кажется, есть какой-то бизнес-план для России. Ещё немного, и Россия выйдет из-под личного контроля президента Путина, станет совсем западной страной. В некотором смысле это действительно заговор, направленный на смену общественного строя. И глупо же думать, что Кремль не замечал такого заговора».

В мае 2008 года в интервью британской газете The Sunday Times М. Ходорковский прямо обвинил «бывшего офицера КГБ» Игоря Сечина в организации как первого, так и второго уголовного дела против себя: первого — «из жадности», второго — «из трусости»Jailed tycoon Mikhail Khodorkovsky ‘framed’ by key Putin aide The Sunday Times, 18 мая 2008Войну против ЮКОСа Сечин начал из жадности, заявил Ходорковский NEWSru.com, 18 мая 2008. Ранее Ходорковский опроверг утверждение своего партнёра по бизнесу, главы Menatep Group Леонида Невзлина о том, что часть вины за развал ЮКОСа лежит на Романе АбрамовичеВ моем сроке прошу винить… Михаил Ходорковский назвал инициатора «дела ЮКОСа» и условия своего возможного освобождения. Время новостей, 19 мая 2008. Бывший генеральный директор британской нефтяной компании BP Джон Браун утверждал в своей автобиографической книге «Больше, чем бизнес», что незадолго до ареста Ходорковского Владимир Путин в частной беседе заявил ему (Брауну): «Я этого человека терпел слишком долго». В июле 2009 года бывший премьер-министр России Михаил Касьянов передал в Европейский суд по правам человека письменные показания, согласно которым во время неофициальной встречи с президентом России Владимиром Путиным тот сказал, что Ходорковский «переступил черту», финансируя Коммунистическую партию без разрешения КремляCatherine Belton. Europe — Kasyanov reveals Putin’s pursuit of tycoon // Financial Times, July 20 2009 Анастасия Корня, Вера Холмогорова. Показал на Путина // Ведомости, № 134 (2404), 22 июля 2009. Представители КПРФ неоднократно утверждали, что ни партия, ни её члены никогда не получали финансирования от «ЮКОСа». Тем не менее, Михаил Ходорковский утверждал, что помощь этой партии оказывал один из акционеров компании из собственных средств. В 2003 году по списку КПРФ депутатами Государственной думы были избраны бывший член совета директоров «ЮКОСа» Сергей Муравленко и бывший глава аналитического управления «ЮКОСа» Алексей Кондауров. Как предполагал ряд экспертов, одним из факторов дела Ходорковского в 2003 году и национализации компании ЮКОС было лоббирование Ходорковским снижения налоговой нагрузки на нефтяные компании (в 2002 году Ходорковский выступал против правительственных инициатив в этой области). Британский еженедельник Financial Times высказывает мнение о политическом характере «Дела ЮКОСа»: Сделав несколько циничных ходов, президент Путин уничтожил политического оппонента Михаила Ходорковского и захватил его компанию. Действие, якобы направленное на усмирение жадного олигарха, на самом деле было сделано ради резкого укрепления власти Кремля.

Судебные разбирательства в России

Расследование налоговых органов В 2003 году МНС в лице Межрегиональной инспекции (МИМНС) провело повторную проверку ЮКОСа на предмет уплаты налогов в 2000—2003 годах. Претензии налоговых органов связаны со сделками по продаже нефти и нефтепродуктов между ЮКОСом и 21 организацией, зарегистрированной в регионах, предоставлявших в 2000 г. налоговые льготы (Калмыкия, Мордовия, ЗАТО «Трёхгорный»). Организации использовали данные льготы и полностью или частично не уплачивали ряд налогов. Налоговые органы утверждали, что эти организации были созданы исключительно с целью недобросовестного использования налоговых льгот и вся экономическая выгода от совершения ими сделок принадлежала ЮКОСу. Данный вывод основывался на следующих фактах, установленных налоговыми органами:

ОАО «НК ЮКОС» контролировало продажи нефти и нефтепродуктов вышеуказанными организациями; нефть и нефтепродукты продавались этим организациям по заниженным ценам; в продаже нефти и нефтепродуктов через посредников не было иного смысла и мотива, кроме минимизации налогов; сумма использованных организациями налоговых льгот была несопоставима с суммой произведённых в соответствующих регионах инвестиций (так, в ЗАТО «Трёхгорный» было инвестировано лишь 0,006 % от суммы использованных льгот); все организации имели счета в банках, подконтрольных ОАО «НК ЮКОС»; учредителями организаций нередко были одни и те же физические лица; организации рассчитывались с ОАО «НК ЮКОС» и друг с другом преимущественно взаимозачётами и векселями ОАО «НК ЮКОС»; бухгалтерский учёт всех организаций вели ООО «ЮКОС-Инвест» и ООО «ЮКОС-ФБЦ».

ОАО «НК ЮКОС» был признан ответственным за неполную уплату налогов по сделкам, совершённым иными юридическими лицами, и налоговые органы доначислили ОАО «НК ЮКОС»: налог на прибыль, рассчитанный исходя из прибыли вышеупомянутых взаимозависимых организаций; налог на пользователей автодорог; налог на содержание объектов социально-культурной сферы; налог на имущество; НДС, возмещённый из бюджета при экспорте; налог на реализацию горюче-смазочных материалов.

Постановление Итогом расследования стало решение МИМНС № 52/896 и требование № 175 и 175/1 от 16.11.2004, согласно которым компании предъявили штрафы.

Процесс в арбитражных судах В декабре 2004 года МИМНС подало иск к ЮКОСу в Арбитражный суд города Москвы с требованием уплатить около 72 миллиардов рублей.

Налоговые органы не сослались на какие-либо нормы законодательства для обоснования того, что вся экономическая выгода от сделок взаимозависимых организаций была получена ОАО «НК ЮКОС». Не была применена ссылка на статью 40 Налогового кодекса РФ (нормы о трансфертном ценообразовании). Кроме того, не были представлены доказательства того, что взаимозависимые организации фактически осуществляли свою деятельность (имели обособленные структурные подразделения) вне тех регионов, в которых они были зарегистрированы.