Состав населения Йошкар-Олы по вероисповеданию и конфессиональной принадлежности представлен православными, мусульманами и язычниками. Часть населения Йошкар-Олы — атеисты.

В городе находится Йошкар-Олинская епархия.

16 марта 1999 года Указом Верховного муфтия, Председателя Центрального духовного управления мусульман России Талгата Таджуддина создано Региональное духовное управление мусульман Республики Марий Эл. В августе этого же года открыта Соборная мечеть Йошкар-Олы.

В городе присутствуют последователи марийской традиционной религии, которая основывается на вере в силы природы, которую человек должен почитать и уважать.

В городе действует церковь Святого Креста Евангелическо-лютеранской церкви Ингрии.

Православные храмы Йошкар-Олы

Из истории

От основания города до революции Датой основания города считается 1584 год, когда он впервые был упомянут в летописях. Возник деревянный город-крепость на берегу реки среди лесов и стали называть его Царёв город на Малой Кокшаге, Царевококшайск.

В русских городах церковь появлялась одновременно с их основанием. Интерес представляет документ, относящийся, правда, к Чебоксарам. Назначенный в 1555 году архиепископом Казани Гурий по пути должен был освятить новый город на реке Чебоксарке. С воеводами он выбрал место для Соборной церкви, где временно была поставлена палатка, полотняная церковь. В ней Гурий отслужил первую литургию, затем очертил территорию, где «граду быти», произнес поучение будущим жителям и властям города, благословил иконой Богоматери и обошёл с крестом и песнопением будущие городские стены. Можно полагать, что закладка города на Кокшаге происходила примерно так же. Он с самого начала представлял собой православный город. В числе его основателей был и священник. С предводителем военного отряда он определил место для будущей церкви. Им стал участок земли на правом возвышенном берегу реки, где и была заложена Соборная церковь.

К 1646 году в Царевококшайске действовали Соборная (Воскресенская), Приходная (Троицкая) и в Новокрещенской слободе Рождественская церкви. Они играли определённую роль в общественно-политической, культурно-миротворческой жизни Царевококшайска и Царевококшайского уезда, в распространении грамотности среди посадского населения. В 1690 году во время пожара в Царевококшайске деревянные постройки, в том числе церкви, сгорели.

В начале XVIII века в городе не было школ, но многие посадские люди знали грамоту, о чём в первую очередь говорят «рукоприкладства», которыми сопровождались показания горожан в ходе переписей. В 1720 году работали четыре церкви и службу несли 39 человек. В Царевококшайске широкое храмовое строительство началось в 1730-е годы (Троицкая церковь, 1736), но большинство городских церквей (Воскресенский собор, Входоиерусалимская и Вознесенская церкви) были построены в 1750-е годы в период царствования императрицы Елизаветы Петровны. В Козьмодемьянске первые каменные церкви Троицкая и Богоявленская были воздвигнуты в 1733 и 1734 годах. В основанных ещё в XVII веке монастырях возводились также каменные храмы. Первыми из них стали Спасский собор Спасо-Юнгинского монастыря (1704—1707 годы) и церковь во имя жён мироносиц Ежово-Мироносицкой пустыни (около 1719 года). Одним из первых каменных сельских приходских храмов стала Владимирская церковь в селе Владимирское близ Козьмодемьянска (1713 год). В луговой стороне края первой из камня была построена Спасская церковь в селе Цибикнур, построенная в 1765 году на деньги царевококшайского купца Ивана Андреевича Пчелина.

XIX век для Марийского края стал «золотым веком» храмового строительства. Более трети из сооружённых в это время храмов приходится на период с 1811 по 1829 годы. Тогда были построены церкви сёл Сотнур, Великополье, Покровское, Ронга, Кукнур, Верх-Ушнур, Семеновка, Новый Торъял, Морки, Кожважи, Пектубаево, Токтайбеляк, Еласы, Арда, Арино, Коротни (Ахмылово), Пайгусово. Главная причина строительства храмов — общий подъём русской национальной культуры, особенно после триумфальной победы России над Наполеоном в Отечественной войне 1812 года. Многие храмы закладывались всенародно как памятники победы и строились в традициях позднего классицизма — стиля, наиболее ярко отражавшего мемориальный характер церковного сооружения.

Следующий этап приходится на 1760—1780-е годы, когда была построена почти половина из 60 храмов. Среди них церкви сёл Новые Параты, Азаново, Русские Шои, Звенигово, Помары, Оршанка, Емелево, Кузнецово (близ Царевококшайска), Кузнецово (близ Козьмодемьянска), Шулка, Хлебниково, Марисола, Косолапово, Илеть, Орша, Нежнур, Юрино, Троицкий Посад и других. Этот этап строительства был связан с новым периодом в жизни страны — общественным подъёмом, вызванным реформами Александра II.

В 1900—1910-е годы строились деревянные и каменные церкви в тех сёлах края, где они ещё не были воздвигнуты, или взамен обветшавших деревянных. Лишь Первая мировая война несколько приостановила этот процесс. А затем пришла революция с её потрясениями и разрушением православного уклада жизни.

Чудотворные иконы История утверждения православия на марийской земле неразрывно связана с обретением икон. В 1647 году образ Пресвятой Богородицы со святыми жёнами-мироносицами (икона Мироносицкая или Царевококшайская) положил начало основанию Мироносицкой пустыни в Царевококшайском уезде. Эта икона стала общерусской православной святыней, небесной покровительницей Марийского края. Святой образ притягивал к себе богомольцев из разных мест. Огромное стечение народа к чудотворному образу в Мироносицкую пустынь наблюдалось три раза в год:  — в день явления иконы; на 3-ю неделю после Пасхи — неделю прославления жен-мироносиц и  — в день Владимирской иконы Божией Матери. В монастыре собиралось свыше 3 тысяч богомольцев и паломников из Казанской и Вятской губерний.

В селе Большие Шапы Арбанской волости Царевококшайского уезда около 1740 года крещёному марийцу Аникейке был явлен на березе Нерукотворный образ Спасителя, прославившийся исцелениями больных. На горной стороне края чудотворениями особенно прославилась Владимирская икона Божией Матери — храмовая икона Владимирской церкви из села Владимирское — список с чудотворной Владимирской иконы, принесенный служилыми людьми из Москвы в XVI веке.

В Козьмодемьянском Троицком женском монастыре своими чудотворениями славилась икона Божией Матери Скоропослушницы. Она была получена из Афонского Дохиарского монастыря в благословение вновь открываемой женской обители. Как сообщалось в «Известиях по Казанской епархии», бесчисленные чудеса были явлены от этого образа: слепым она даровала прозрение, хромым — хождение, расслабленных — утвердила. Икона находилась в Троицком соборе монастыря в богато украшенной резной сени.

В 1920-е годы появилась Смоленская Седмиозерная икона Божией Матери. В XVII веке она принадлежала благочестивому иноку Евфимию, жившему в келье в 17 верстах от Казани на семи озёрах. В дальнейшем здесь была основана Казанская Богородицкая Седмиозерная пустынь, где икона хранилась как одна из главных святынь Казанской губернии. Икона известна многими исцелениями, особенно прекращением моровой язвы в Казани. Ежегодно икону крестным ходом приносили в Казань. После закрытия монастыря советскими властями верующие привезли в Петъялы один из чудотворных списков Седмиозерной иконы Божией Матери, находящийся там и поныне.

Очень частым явлением в Казанской губернии, куда входила большая часть территории Марийского края до 1917 года, стали хождения с иконами — крестные ходы. Мироносицкая икона ежегодно приносилась в Царевококшайск, в ближайшие селения. В городе икону носили по храмам, совершали обход вокруг города, крестный ход на реку Малую Кокшагу для водоосвящения. Прихожане принимали её в свои дома, служили молебны.

С 1667 года казанский митрополит Иоасаф по желанию населения городов Чебоксар, Цивильска, Козьмодемьянска установил крестный ход с Мироносицкой иконой в эти города, где святыня оставалась до Великого поста, а потом возвращалась в свою обитель.

Владимирская икона Божией Матери из села Владимирское ежегодно приносилась в Козьмодемьянск, село Ахмылово (Коротни), приходскую деревню Рутка с , а в приходы сёл Арда, Отары, Юксары на второй неделе Великого поста. Крестный ход был официально установлен в 1719 году, но начался он ещё с середины XVII века в связи с моровой язвой в Козьмодемьянске в 1654 году.

Хождение со Смоленской Седмиозерной иконой Божией Матери совершалось по городам и селениям Казанской губернии с ежегодно. Икону Божией Матери Скоропослушницы из Козьмодемьянского женского монастыря сначала крестным ходом носили по Козьмодемьянску, а затем по городам и селениям Казанской губернии весной и осенью. Икону Божией Матери «Страстная» из Троицкой приходской церкви Козьмодемьянска отправляли ежегодно крестным ходом в село Палец Нижегородской губернии. Крестный ход по Козьмодемьянскому уезду совершали также с иконой святого великомученика Пантелеимона из Михаило-Архангельского мужского черемисского монастыря.

В храмах и монастырях края имелось много местночтимых икон, привлекавших всеобщее внимание. В Воскресенском соборе Царевококшайска особо почитался образ Спасителя — икона в сребропозлащенной ризе, принесенная по преданию стрельцами из Москвы при основании города-крепости на реке Малая Кокшага. Икону носили крестным ходом по дворам горожан, на реку Малую Кокшагу для водоосвящения, по улицам города. В Троицкой церкви Царевококшайска богомольцев привлекало резное изображение Христа (сейчас находится в церкви Рождества Богородицы села Семёновка). В Вознесенском храме чтилось прихожанами резное на камне изображение Николая Чудотворца и Георгия Победоносца. В селе Русский Кадам в деревянной Сретенской церкви имелась найденная в поле икона с изображением великомученика Дмитрия Солунского, писанная на камне.

«Известия» по Казанской и Вятской епархиям сообщали о наличии при храмах библиотек с раритетными изданиями. Так, в Старо-Торъяльской Казанско-Богородицкой деревянной церкви хранились в середине XIX века древние книги: Четьи-Минеи издания 1696 года, Великий Катехизис (Псков, 1776), Евангелие 1768 года и другие. В Черемисском Туреке в Казанском храме имелись копии и подлинные указы епархиального начальства с 1757 года, напрестольное Евангелие 1760 года, месячные минеи за май и август 1693 года. При храмах действовали церковно-приходские и начальные школы.

Храмы в советский период

Октябрьская революция 1917 года изменила строй России. Церковь была отделена от государства, объявлена контрреволюционной силой. В 1920-е годы большевики организовали «Союз воинствующих безбожников», члены которого начали кампанию по разрушению храмов и монастырей. В 1922 году началось изъятие церковных ценностей якобы в пользу голодающих, но значительная часть полученных средств пошла на другие цели. Церковь готова была помочь и помогала голодающим, однако власти представили дело так, будто духовенство скрывает деньги народа, поэтому изъятие церковных ценностей приобрело характер грубых реквизиций, распродажи национальных религиозных святынь за границу, настоящего грабежа храмов.

Надругательством над религиозными чувствами верующих стала кампания 1918—1920-х годов по «вскрытию мощей» русских святых. С середины 1920-х годов с началом индустриализации страны нехватка цветного металла во многом компенсировалась кампанией по снятию церковных колоколов. Их сбрасывали с колоколен, разбивали и отправляли для переплавки. В начале 1930-х годов официально в СССР был запрещён церковный звон. В 1920—1930-е годах массовые репрессии коснулись духовенства, служителей церкви и мирян. Только в 1990-е годы начался процесс их реабилитации.

В конце 1920-х — начале 1930-х годов прокатилась первая волна разрушения храмов. Она в основном коснулась городов. В Йошкар-Оле была взорвана монастырская Входоиерусалимская церковь, началось разрушение Троицкой церкви. Под разными предлогами расторгались ранее заключенные договоры исполнительных органов с религиозными общинами о передаче им культовых зданий.